“陛下，也許您應該再考慮一下，我們到現在為止還沒有證明，牛痘是否對天花有預防作用，也不清楚它是否對人體有害。再我看來，您應該推遲接種牛痘的實驗，直到我們能證明它足夠安全。”
鄧玉函在做好了接種的準備之後，憂心忡忡的再次對崇禎進行了勸諫。
他倒不是擔心崇禎接種牛痘之後，會出現什麼不良反應。他是擔心當崇禎出現不良反應之後，那些一向敵視他們這些天主教傳教人士的士大夫們，會不會有什麼過激的反應。
畢竟當初這些士大夫們僅僅以一個謠言就製造了南京教案，把天主教的傳教士們都趕到了澳門去。
但是在太醫院的太醫們拒絕為皇帝接種牛痘之後，大明皇帝讓他來替自己接種牛痘，這無疑是一個成為皇帝親信近臣的好機會。
隻要牛痘接種成功，那麼代表著西洋傳教士找到了一條如何接近皇帝的途徑，他們將不需要再通過徐光啟等中國士大夫們，去間接施加對於皇帝的影響。
但是信心滿滿的鄧玉函，現在卻顯得猶豫不決，完全是因為房間外麵，那一陣陣的反對皇帝接種牛痘的聲音。
太醫院的太醫們都跪在了太醫院內，對著幾名錦衣衛守衛的，門扇緊閉的房間，涕淚交織的大聲阻止著。
朱由檢側耳靜聽了一會，就對著鄧玉函說道：“中國是一個有著悠久曆史的國家，雖然大明開國不過200多年，但是我們日常的行為禮儀和道德標準，卻是來自於2000多年前一位賢人建立的學說。
就好像你們認為的古希臘文明深深的影響了你們的生活一樣，這位叫孔子的賢人推崇的倫理道德，現在依然掌控著大明的道德標準和倫理秩序。
想要在這樣龐大而古老的文明國家之中推行一樣新事物，重要的不是同那些反對者辯論，而是要用事實去證明，新事物是有益的。
鄧先生，牛痘的接種技術同你熱愛的解剖學一樣，隻有讓民眾先了解了它們的好處，才能消除他們對於新事物的恐懼。”
朱由檢努力說服鄧玉函的時候，連善祥同王承恩正緊張的監視著這個一臉大胡子的西洋番人的舉動，唯恐他會做出有害於皇帝的舉動。
鄧玉函糾結了一會，終於還是忍不住對於接種牛痘的好奇心，同想要獲得這位異教徒皇帝的好感，他努力使得自己接受了崇禎對於他的說服。
當黃立極帶著內閣成員及九卿重臣匆忙到太醫院的時候，正好看到皇帝從房間內走了出來。
黃立極有些氣急敗壞，他今日正召集群臣討論公推入閣的人選。結果會開到一半，突然就傳來這幾天安分的待在宮內的皇帝，居然跑去太醫院接種牛痘了。
這讓內閣及九卿大吃一驚，更為讓人驚訝的是，皇帝幾天前就通知了太醫院，而這些迂腐的太醫院的醫官們，隻顧著討論皇帝接種牛痘有沒有危險，居然沒有一個人想著要先同內閣彙報一聲。
看著崇禎從房間內走出來，黃立極頓時迎了上去，他匆匆帶著群臣對著皇帝行禮之後，就趕緊帶著希望說道：“陛下，您現在應該沒有接種什麼牛痘吧？”
崇禎一邊招呼著院子內的太醫們起身，一邊對著首輔滿不在乎的回答道：“朕已經接種完成了，黃先生，你可能不知道，接種牛痘原來是件很簡單的事。如果這樣就能預防天花的話，那麼大明的百姓今後將不必再擔憂天花惡疾的傳播了。”
黃立極頓時頭有點暈，他有些顧不上君臣的禮儀，對著崇禎提高了聲音責怪道：“陛下如何能如此輕佻，這牛痘尚沒有證明對天花是否有效，也沒人知道它是否對人有壞處。
要是陛下的龍體出了什麼問題，將置大明社稷於何地？來人，把那個蠱惑陛下行事的西洋妖人拿下，還有這些太醫院的醫官們，勸阻皇帝不力，都先收押起來。”
黃立極憤怒之下，頓時把矛頭對準了，替崇禎接種牛痘的鄧玉函和這些醫官身上去了。然而院子內的錦衣侍衛們卻對於首輔的命令充耳不聞，幾名侍衛武官都緊緊的關注著崇禎的指令。
“黃先生真是太愛說笑了，這接種牛痘是朕的意思，怎麼能怪到旁人身上去。不管如何，朕現在都已經接種了，黃先生你再發火，時間也不能倒退啊？
朕倒是覺得，接下來幾天朕小心觀察自己的身體會不會不適就可以了，沒必要興師動眾。現在京畿連續發生了兩次變亂，正是宜靜不宜動。
如果黃先生在太醫院掀起大案，京中要是有人借此妖言惑眾，那豈不是搬起石頭砸自己的腳了嗎？朕看，這件事就到此為止，黃先生還是和眾卿回去辦自己的事，這邊讓太醫院繼續研究牛痘的事，你看如何？”