錢謙益很是吃驚的看著遠處和外國人談的正開心的皇帝陛下，他原本以為皇帝是前來迎接他的，這讓他剛剛下車時興奮莫名。
但是沒想到，當他下車之後才發現，皇帝居然跑去了二等車廂的門前，和一群外國人熱情的交談了起來，這讓會錯了意的錢謙益很是尷尬。
不過再尷尬，他也不能對皇帝視而不見，山不來就我，拿便隻好我去就山了。錢謙益很快就向著皇帝那邊小跑著過去了，試圖想要和崇禎打個招呼。
“陛…”
朱由檢轉過頭來，趕緊用食指豎立在嘴邊，示意錢謙益閉嘴之後才說道：“我現在不過是一介平民的打扮，錢先生就不必在這裏製造混亂了。
錢先生你穿著官服還是別湊過來了，免讓旁人知道朕又溜出了宮，到時又有人要上書批評朕了。先生你旅途勞頓，不妨先回家中去休息休息，有什麼話，我們明日宮內再說。
今天我要做一回向導，帶著這位伽利略先生參觀下京城和他今後將要生活、工作的地方。就沒空聽你彙報了…”
錢謙益悵然若失的看著皇帝帶著大隊人馬離開了車站，站台上很快就隻剩下他們這些剛剛回京的官員了。他心裏不由歎了口氣，早知道皇帝這麼看重這些西洋人，他在路上時就應該多攀談一二了，真不知那個叫伽利略的西洋人究竟有什麼特殊之處。
在另一方，跟著崇禎離去的伽利略，很快就在這位熱情的年輕皇帝麵前放下了心防。他能夠看得出，這位東方的君主的確對科學很有興趣，並不像教廷那些無知而驕傲的主教那樣，總想著讓科學來證明神靈的偉大。
邀請了伽利略和自己同乘一輛馬車的朱由檢，在一番閑聊之後，便切入了正題說道：“伽利略先生，我已經拜讀過你的新作《對話》。
當然，我也得到了耶穌會成員的抗議，他們認為您在《對話》中塑造的那個頭腦簡單、思想守舊的辛普利邱，就是在影射教皇本人。他們的證據是：辛普利邱經常以教皇慣用的辭句，在書中發表一些可笑的錯誤言論。我想知道這是事實嗎？”
伽利略低著頭趕緊否認道：“不，不是這樣的。我隻想說，這是耶穌會在汙蔑教皇，如果不是他們把教皇和辛普利邱聯係起來，沒人能看到出辛普利邱就是教皇。比如陛下您，如果沒有耶穌會會士們的彙報，您能往這方麵想嗎？”
朱由檢聳了聳肩後說道：“好吧，我願意接受您的解釋。不過您應當知道，我的權力隻能在東方保護您，當您返回歐洲時，恐怕教皇未必會聽您的解釋。所以我建議您，在教皇忘記《對話》之前，您還是別回去自討沒趣了。”
伽利略縮了縮脖子，他心裏的確有些沒底，畢竟宗教裁判所可沒眼前這位年輕至尊好說話，他趕緊轉移話題問道：“感謝陛下的庇護，我一定會慎重考慮您的意見的。
能夠見到陛下是我的榮幸，不過我更希望知道陛下能夠給我一份怎麼樣的工作，能否留給我一些個人時間，讓我作一些感興趣的研究？”
朱由檢微笑著回道：“您從歐洲遠道而來，我覺得您沒必要立刻進入工作狀態，而是先看看我國的教育和科學研究工作，了解下我國在這方麵和歐洲之間的差異，然後幫助我們找出一些問題來。比起科學成果，我更希望有一套研究科學的有效製度，這能夠讓我們集中更多的人力資源並有效的發揮出來…”
皇帝對於西洋學者伽利略的尊重，甚至親自作為向導，帶領他參觀了皇家科學院、燕京大學和鍾樓內的崇禎大擺等等地方，其實並不被科學院的院士所理解。耶穌會會士雖然知道伽利略的學識，但作為教廷的屬下，他們很難接受伽利略一來就位居於他們之上的結果。
而中國的院士們對於伽利略的學問所知不多，自然更難以接受，皇帝敬重他甚至超過了整個皇家科學院，這簡直有些傷他們自尊了。
因此，科學院的院士們，曾經一度跑去同徐光啟交涉，認為不應該就這麼輕易的把科學院院士的資格頒發給伽利略，起碼也要對他進行一場考試雲雲。
看到眾人都是這個態度，徐光啟不由跑去向皇帝請示了一番。雖然朱由檢並不認為伽利略需要進行什麼考試，但也不願意雙方的矛盾繼續惡化下去。於是建議科學院拿出幾道研究上的難題，由徐光啟帶去請教一下伽利略，就不必以考試的名義進行了。
徐光啟接受了皇帝的建議，帶著五道難題跑去和伽利略暢談了一整天加半個晚上，第二天他就跑來向崇禎建議，自己的皇家科學院院長職務可以交卸給伽利略了，對方的學問比起利瑪竇顯然更為深厚，足以領導整個科學院了。