慈禧等人在大敵當前、困難深重之際仍然致力於清算戊戌變法，孤立乃至廢掉光緒，接連下令殺害曾支持戊戌變法和光緒帝的官員。榮祿對慈禧的舉動有點擔心，在殺五大臣時，榮祿曾對慈禧委婉地說：“祖宗時不輕易殺戮大臣，臣誠請太後三思而行。”但榮祿的委婉規勸絲毫無效，反遭到慈禧的一頓怒斥。隻是在殺大學士王文韶時，榮祿又出麵勸解，以“文韶忠謹，曆事多，人言不足信”為由，王文韶方才獲免。
聽說八國聯軍打到北京了，慈禧驚惶失措，同榮祿策劃，準備西逃。榮祿建議道：“應當首先給使館一封書信，請求停戰、議和，我想，他們是會同意的。”慈禧聽後似感到絕處逢生，連連點頭，但又擔心光緒會落到洋人手中，所以還是決定西逃。
慈禧西逃後，榮祿充任留京辦事大臣。不久，慈禧又命榮祿為全權大臣，與洋人議和，但洋人不允。榮祿在義和團運動期間，曾以武衛中軍攻打使館，而董福祥又是榮祿的部下。洋人殺禍首，榮祿自然在名單之中。榮祿於是求救於李鴻章。李鴻章與榮祿交情甚篤，又經常與洋人打交道，經他出麵求情，榮祿才得以脫身事外。
慈禧逃到西安後，成立了督辦政務處。不久，榮祿赴西安，成了督辦政務處的要員，管理戶部事務。榮祿在西安呆不久，又得到準備回京的上諭，之後又被封太子太保的頭銜。幾個月後，榮祿又被授予文華殿大學士的稱號。此時榮祿以老病為由，誠請解除各項重要差使職務，讓其它官員頂替，但沒有得到應允。
光緒二十八年(公元1902年)二月，河南沁陽縣教案發生，榮祿上疏民、教相安的策略，大致內容為：教案的發生，層出不窮，大多因為中國人人心渙散。地方官對於案情的曲折，不能詳細分析辨明，致使平民被抑製，難免會引起民憤。加上教堂賠款，無非是向地方攤派，地方又向老百姓收斂。教會的懲罰愈重，仇視教會的怨憤愈深，所以一波未平，一波又起，星星之火，可以燎原，這一事非同小可。所以應當馬上懲前毖後，正本清源。應當妥善訂立規條，通行各教士，一律照辦。對於民教交涉之案，也應公平審理。隻有民教相安，國家才能安定穩固。這一建議立即得到了慈禧太後的應允。
公元1901年屈辱的《辛醜條約》簽訂後，慈禧集團開始搜刮金錢。主持朝廷大政的榮祿也熱衷於賣官得錢。天下無恥貪婪之徒，投機鑽營之輩，都聚集在榮祿門下，他本人所得到的金錢以億萬計。榮祿利用其重權要職，大肆受賄，甚至軍國大事，隻要有金錢，他也可以“通融”。曾有一個叫陳澤霖的軍官大發國難財，侵吞了大批軍餉。開始，榮祿嚴令催逼，並要治他的罪。陳澤霖就趕緊托人送給榮祿4萬兩白銀，20斤白燕窩，4箱綢緞。於是，榮祿馬上同意陳澤霖以“行軍遺失”的名目予以報銷。這個時候，政以賄成，天下大事大抵都由榮祿來決定了。
光緒二十九年(公元1903年)，榮祿病死，贈太傅，諡“文忠”，晉一等男爵。
從出道任職到死諡文忠，榮祿走過了一條風雨坎坷而又顯赫、扶搖直上的人生之路。他能言善變、察言觀色，博取了曾控製清王朝近半個世紀的西太後的歡心與寵信，從而成為大權在握的重臣。他雖不能稱為保國之忠臣，卻有忠太後之赤心，為西太後的統治付出了大半生的精力。
榮祿曾鎮壓維新變法運動，幫助太後冊立“大阿哥”，在義和團運動期間，對義和團又表現出似剿實撫的態度，以此來對付洋人。後人評價榮祿，或是或非，莫衷一是，但他在清末曆史舞台上對當時的時局產生過一定的影響是毋庸置疑的。