在這個時代，“清軍來了”基本就等於近三百年以後的“鬼子進村”的意思。因此當兗州府失守的消息公布之後, 盡管眾人心裏都有這個思想準備, 但還是在軍民之中引起了一陣恐慌。
由其是唐鎮、蔣義渠、鮑銅鋼、王信、尤洪亮、周奇、吳漢生等人，他們都曾經的朝廷軍官，並且和清軍交過戰，深知清軍的厲害，因此在心裏以經先怵一頭。反而是周少桓、童大勇、成進、成剛這些年輕人，他們沒有見識過清軍的戰鬥力，加上跟著商毅征戰這幾個月來，連戰連勝，因此心氣都比較高。反到是有些擦拳磨，掌躍躍欲試。到是有幾分初生之犢的氣勢。
不過商毅對清軍的到來早就有了心理準備，而且自從組建民團以來，自己就一直以抵抗清軍的入侵為目標來備戰，而且在事實上，穆陵關的備戰工作，也一直都在有條不紊的進行著，那麼現在到是檢驗準備成果的時候了。而商毅招集眾人，一方麵是例行的消息通報，另一方麵也是把城中的軍民都動員起來，進入緊急狀態。
等眾人的反應都告一段落之後，商毅首先下令，讓周世奇加快安置難民的速度，盡快將難民都安置到妥當，青壯少年男子也都馬上整編訓練，好盡快形成戰鬥力，利於城中的下一步備城。
然後商毅又命令偵察隊，加強對兗州方向的偵察，並且在穆陵關外十裏的範圍內設立了五處暗哨，並且又安派騎兵隊不斷在關外巡邏，以便能盡早發現清軍的動態。同時又下令軍隊提高警惕，不能有半點鬆懈，還加強了夜間的值守人員。
到了第二天，商毅也不顧還在新年之中，帶領著軍民人等出城，開始構築城外的陣地。
穆陵關地方不大，雖然容納的人口少，但可以用來的攻城麵也不多，因此隻用少量兵力就足夠守住所有的城牆了。而且穆陵關原來就有一條護城河，隻是沒有水源，河床都以枯幹了，其實成了一道溝壕。目此商毅下令，城外的陣地就從護城溝壕開始，先將護城溝壕進一步擴大，寬度達到三丈，深度也超過一丈，同時還在溝壕低部插滿木刺。
另外穆陵關的地理位置確實非常好，位於群山之間，是南北交通要路的路口，而東西兩麵都是山地，離關城不到一二百多步，就是山地叢林，兵力難以展開，不是攻城的理想場所，因此淸軍隻可能以南北兩麵為主要的進攻麵，當然也無法進行圍城。
不過商毅還是不敢掉以輕心，命令居民又將東西城外的地麵上挖出無數大小不等的坑道、溝渠，近一步破壞東西兩麵的地形，不僅使其徹底無法用兵，而且也難以通行，從而也在一定程度上，還切斷了南北的通路，使清軍無法進行南北連通。
同時商毅又在南北兩方離城牆一百五十米的距離內，挖了三條壕溝，一方麵是用來阻擋淸軍前進，另一鄉麵也是便利於穆陵軍判斷距離，好根據清軍的進度，使用不同遠程武器攻擊。而且毎條壕溝都隻有一米多深，但卻有三米多寬，無法躲藏。但隻保留在城門正麵，約六十米的距離沒有動，這是為了便利城內的人馬居民出入。
而軍民們也都知道淸軍馬上就要殺來了，因此雖然是在過年期間，但人人都沒有怨言，努力幹活，男女老幼一起動手，隻用了十佘天的時間，就把這些工事都做完了。
在另一方麵，穆陵關一帶的詳細山區地形圖也以經繪製好了，在這段時間裏，商毅已從軍隊中抽調出兩個大隊，跟著偵察隊一起，進行山地作戰的訓練，並且讓他們記熟地圖，又返複走了幾趟，做到萬無一失。並且還在山裏設置了十二處秘密的補給點，儲藏著淸水、食物、藥品和武器，使在山地作戰的士兵們不用回城，就可以得到一定的補充，能夠達到連續作戰的目地。同時商毅還在山林裏布下了一些土機關，以防製清軍搜山。
而在關內的防守，十五門火炮都以經在城頭上架好，以三門中型佛朗機炮居中，八門虎蹲炮分居左右，另外四門小型佛朗機炮分守城牆兩端。每一門炮由三名炮手付責。另外魯密銃也開始正式裝配給士兵，並進行了幾次城頭的防守演習。
火藥作坊，鐵匠作坊的工匠經過這候時間的搶工，一共做出了三萬顆紙殼子彈，實心彈五百餘顆，霰彈八百餘發。簡易手榴彈一千多個，不過也把諸備的火藥用去了八成多。這時工匠們正在加緊趕工燒木碳，製硝，搜羅硫璜。
另外孫和鼎造出的簡易鑽床經過了試運行之後，一切良好，也開使投入使用。