敗回大營之後，阿巴泰計點清軍的損失，這一戰清軍出動了二萬五千多人馬參戰，出戰的人數多達近二萬餘人，陣亡的人數竟高達六千餘眾，其中包括滿八千的披甲兵一千六百餘人，輔兵二千五百佘人。有六個牛錄基本全軍覆沒，如果再加上第一天損失的人馬，清軍戰死的人數以經達到了全軍的三成以上，雖然不算是元氣大傷，但也是損失慘重了。大清自建國之後曆年以來，五次攻明之戰，還沒有那一次敗得這麼慘的。
而在當天晚上，阿巴泰就病倒在大營裏。原來阿巴泰畢竟也是年過五十的人，在第一次攻城戰中淋了一天的雨，寒氣就以經侵入體內，今天一戰在戰場上還吐了血，雖然當時還強自撐著，但回營之後，阿巴泰又羞又氣，心裏著急加上火，因此就兩眼一黑，就昏倒在地不醒人事了。
圖爾格和其他的眾甲喇、牛錄見了也都大吃一驚，趕忙找軍醫來給阿巴泰看病，其實在這個時代，無論是清軍還是明朝，軍隊裏的醫療水平都很低，軍醫隻能看一些簡單的刀劍傷，基本都是聊勝於無。被找來的兩個軍醫費了好半天的勁，揉前胸、捶後背、掐人中，好不容易才算是把阿巴泰給弄醒了過來。然後又給開了幾付藥，這才退了下去。
雖然知道阿巴泰病重，需要休養，但現在可不是平安的時候，大軍也不可能就這麼紮在濟南城下。因此圖爾格隻好坐在病床前和阿巴泰商議，濟南城恐怕是打不下來了，還是盡早撤軍北返算了。
阿巴泰雖然人昏昏沉沉的，但腦子卻還很明白，雖然現在清軍剩餘的兵力還有兩萬三四千人，但最精銳的滿八旗披甲兵卻拆損大半，而且全軍的士氣低落，在這個時候，別說繼續攻打濟南，就是想全身而退，返回關外都不是一件容易的事情。就算明軍中不出第二個商毅，隻要是再有一二個盧象升這樣敢打的人，在中途再攔截清軍一下，隻怕也夠清軍受了。因此還不如盡早撤軍，趕上博洛的前隊人馬，合兵之後一起撤退。同時，阿巴泰也因為自己有病，不能理事，將全軍的指揮大權交給了圖爾格。
兩人商量確定之後，圖爾格立刻下令，放棄營中的所有輜重，全軍隻帶十天的口糧，連夜就撤軍。而隨軍充當苦役的三千多名明朝的百姓全部殺死，連同留下來的輜重糧草物資一把火燒光。同時又命人去通知駐守東昌府的嶽樂，讓他將東昌府全城屠盡，放火燒光，然後與自己的人馬彙合，一起北返。
到了第二天一早，等商毅接到了消息之後，來到濟南城西南的清軍營地時，這裏己經隻剩下一片瓦礫廢墟，其中還有三千多俱燒得焦黑的屍體。不用猜也能知道，這些屍體一定都是被俘的明朝百姓了。
到了這時，商毅也終於能夠確定，清軍以經完全從濟南府境內撤走了，比在另一個時空裏, 差不多提前了一個月。根據史料記載，這次清軍入關奔襲，一共掠走了明朝的人口三十六萬九千餘人，雖然商毅解救了十五萬左右的百姓，但還是有超過二十萬的人口被淸軍掠到關外。
不過商毅對此也無能為力了，他以經盡了自己的全力，在這次清軍的入關奔襲中，能夠保護一方的百姓，能夠守住穆陵關，能夠從清軍的虎口中奪下濟南，解救出十幾萬人口，這以經就是一個奇跡了，商毅當然知道,自己不可能做得更多了。
感概了一番之後，商毅命人清理百姓的殘骸，找地方掩埋。同時又開始打掃昨天激戰之後的戰場。
這一次守衛濟南，一共頂住了淸軍兩次攻城，共計斬首六千七百三十五級，生擒二百五十七人，如果不是有許多屍體被炸爛，還有一部份屍體被掩埋在地下，斬首的數量將會超過七千。而繳獲的戰利品有火炮八門、鐵甲二千八百二十七件、鎖甲一千五百七十七件、棉甲三千一百五十九件、皮甲二千二百八十二件，刀槍盾牌鑼鼓旗幟等器械計有七千四百八十三件，同時還奪得了戰馬一百一十七匹，並且又從淸軍們身上搜出了白銀七萬佘兩。勝利也算是十分輝煌了。
而穆陵軍自身也戰死了一千零七十三人，大部都是在濟南府招募的新軍，這也就是老兵和新兵的差別。但經過了這一戰的磨礪之後，相信這些新兵也會加快成熟的時間。
雖然商毅估計這一回清軍是真的撤走了，但還是不敢大意，仍然派出偵察兵向去打聽清軍的動向，一直到三天以後，清軍以經完全走出了山東境內，連東昌府的清軍也撤了，雖然在清軍撤走時，進行了一次屠城，並且又放了一把火，將東昌府燒了個幹幹淨淨，但畢竟東昌府不是在商毅的防區內，他也才算完全放下心來。自己穿越到這個時代之後，大半年的努力，就是為了對付這一次清軍進攻，現在這一關終於抗是過去了。