在其他各項工作進行的同時, 軍隊的統計工作也完成了。目前商毅手下一共有正規軍二萬二千四百五十七人，民兵及少年軍八千三百七十八人。另有戰馬六千五百七十三匹，各種火銃二千零四十八支，大小火炮計三十四門。各種盔甲計有三萬四千五百佘件，刀槍盾牌等武器四萬五千多件。
而經過了唐鎮和孫和鬥對士兵們詳細解釋，成為正式士兵之後能夠亨受到的優惠條件，加上這一段時間以來，穆陵軍連續獲勝，商毅也從未苛刻士軍的軍餉，有不少士兵都覺得當職業兵其實也不錯，而且還有相當一部份士兵和清軍有仇，覺得跟著商毅，有希望報仇，因此絕大多數人都想繼續當職業兵，紛紛報名。當然也有一部人不想再當兵了。一切都以他們自願的原則進行。
最終有一萬八千七百五十二人願意繼續從軍，其餘的人，就則都全部轉為民兵。而商毅也馬上開始著手，對全軍的編製進行一番大的整編。
軍隊的編製方法，在戚繼光所著的［紀效新書］裏有過詳細的說明，現在的明朝軍隊，也基本都是按照戚繼光的方式來編製軍隊。但商毅顯然不打算釆用這種通常模式。
其實就在清軍退兵之後，商毅就以經在考慮重新編製軍隊的問題，他的目地是要把自己的軍隊，打造成一支全新的軍隊。因此準備借鑒後世的軍隊的班、排、連、營、團、旅、師等分級的建製來編製軍隊，以表示和這個時代的其他軍隊的區別。
當然雖然在後世，世界各國幾乎是全部釆用班、排、連、營、團、旅、師等分級的建製來編製軍隊，但俱體編製的人數，並沒有一個定論，不僅是在不同的國家各不相同，而且就是在相同的國家，在不同的時期，也是不一樣的。商毅也沒有必要去死搬硬套。在這幾天的時間裏，以經完全考慮成熟了。
因此唐鎮和孫和鬥將統計出來願來從軍的人數上報給商毅之後，商毅立刻招集全軍的主要將領，招開軍事會議，並將自己製定出來的建製向眾人宣布。
按商毅製定的軍隊建製，以十人為一班，設班長一名、副班長一名；五個班為一個排，設排長一名，副排長一名；四個排為一個連，設連長一名、副連長一名；四個連為一個營，設營長一名，副營長一名；四個營為一個團，毎個團設團指揮部，團長一名、副團長一名、團參謀長一名，文書二名，團部警衛班一個，由十人組成。兩個團為一個旅，三個團為一個師。若幹個旅師組成軍團或縱隊，但目前的建製隻到團級為止。而各級軍官也都從以前各大隊、小隊的隊長、以及有戰功的士兵中選撥。
本來按商毅的想法，還計劃引入後世共和**隊的政治委員這一職位，在連、營一級設立政治指導員，團級以及未來的旅、師、軍團、縱隊設立政委，以加強對全軍的政治思想教育和控製，但目前自己手頭上缺少有文化並接受自己思想觀念的軍事人員，另外在大明朝還在的情況下，在軍隊中設立政治委員這樣的職位，也過於敏感了，因此商毅隻能暫時取消這個打算，等以後再說。
對商毅這的安排，眾將都沒有意見，一來商毅在眾將心目中有很高的威信力，他的意見在一般情況下，都沒有人會反對。二來在這個時候，天下大亂，軍隊的編製方式其實也沒有一個嚴格的規定，而團長、營長、連長這類叫法都是各級軍官的名稱，和官級大小並沒有關係，因此眾將雖然都覺得很新鮮，但並沒有什麼不妥的地方。
這樣一來，全軍目前共分為五個團、毎個團的標準人數為三千三百八十三人，可以成為一個獨立的作戰部隊。另有兩個獨立營，毎個營的標準人數在八百四十二人。
各團的軍官人選分別是：一團團長唐鎮、副團長蔣義渠、參謀長鮑銅鋼；二團團長周少桓、副團長童大勇、參謀長黃震；三團團長成進、副團長成鋼、參謀長趙英傑；四團團長王信、副團長趙英豪、參謀尤洪亮；五團團長羅遠斌，副團長劉伯濤、參謀長趙拓。
兩個獨立營分別為騎軍營和偵察營，騎軍營的營長由楊武丞出任，而偵察營的營長為周琦、副營長為吳漢生，四個連的連長分別是何衝、田楚、張達江和段鵬。
按照商毅的計劃，每個團的備配為兩個全火槍兵營；一個火炮營，擁有火炮二十到四十門左右，由一個炮兵連操縱火炮，一個鋪助連，使用其他火器，另有一個火槍兵連，付責保護火炮，並使用其他火器，一個騎兵連，付責偵察敵軍動作，為火炮提供射擊方向，另外每一門火炮將配驢馬三到四匹，包括有炮車一輛，彈藥車一輛；剩下的一個營為後勤營，付責運輸物資和後勤保障。