同時阿科尼亞和郭納爵還有另一個任務，就是在穆陵關裏迅速建立起一個初步的醫療係統來。並且要陪養一批軍醫，參與這次南下的作戰。
盡管在後世，醫學界對中醫理論有很大的爭議，但在古代，以中醫理論為基礎的中國醫學水平在很長一段時間裏，要遠遠高於西方，由其是中醫基礎的經絡和陰陽五行係統，也使中醫形成了相當成就的理論，並且在很早的時候，就出現了專職的醫生和專業的治療程續。而在西方十五世紀以前，醫療基本都是由教會來兼職，絕大多數治療手段都是禱告和念經。
但到了十六世紀之後，西方的醫學有了長足的進步，縮短了與中國的差距，在1543年，尼德蘭人薩留斯完成了［論人體的構結］一書，同時期的西班牙人塞爾維特發現了心肺之間的血液小循環，使歐州醫學開始朝著人體研究和血液循環理論的方向邁進，到了1628年，英國人哈維寫成了［心血運動論］一書，係統的闡明了血液循環理論，從而開避了生理學和醫學的新時代。
盡管在差不多同一時期，中國的李時珍也寫出了一部偉大的醫學著作［本草綱目］，但本質依然還是秉承的傳統醫學，沒有能夠突破傳統醫學的極限，而歐州醫學卻以經突破了中世紀的限製，在逐步向近代、現代醫學靠近。不過總體來說，在十七世紀中期時候，東西方的醫學水平差不多還是在同一水平線上。
在古代，軍隊裏的醫療技術水平很差，一方麵是時代整體的醫療水平不高，另一方麵也是因為高水平的醫生者不願從軍。通過前幾次與清軍的戰爭，商毅就發現這個問題，傷病員的治愈率極低，一般隻有百分之三十左右。而其實大多數士兵受得傷都不重，以這個時代的醫學水平，隻要有足夠完善的醫療條件和受過專業訓練的醫療人員，完全可以搶救許多士兵的生命。因為毎一個士兵都是經驗豐富的老兵，能多救活一個，都是一筆寶貴的財產。
但現在商毅手下缺口最大的技術人員就是醫生。因為越是在亂世，醫生就越是吃香，由其是有能力有經驗的大夫，到那裏都能混得上好生活，不用像其他一般的百姓和工匠那樣，非要在商毅的手底下才能混上飯吃。雖然目前商毅手底下到是有六十多個郎中，但絕大多數都是走街竄巷，賣什麼大力丸、回春丹的蒙古大夫。真正有坐堂問診水平的大夫，才隻有兩個人。但商毅目前急需要提高自己治下的醫療技術，因此暫時隻能依靠傳教士的力量。
不過在現階段，商毅對軍醫的要求並不是要他們有多麼高明的醫術，隻要能夠處理最基本的刀槍傷口，消毒、化朧、包紮，避免傷口感染就可以了。在這方麵商毅自己就是專家，因為緊急治療本身就是特種兵必須掌握的技術之一。隻要有足夠的外傷藥和消毒水就夠了。藥材可以到青州、萊州、登州等地去購買，找曾化龍等人幫性，應該沒有什麼大問題，而雖然這個時代沒有消毒水，但用鹽水也能代替。
商毅首先選了十名頭腦比較機靈的郎中，先手把手交給他們如果止血、清洗傷口、上藥包紮以及其他的注意事項。好在這些技術都不複雜，教了幾遍就會，致於熟練呈度，那就是毎個人去慢慢練習了。然後就由這些人再教給其他的郎中。
使用的藥材全是製成品草藥，主要是以治療跌打損傷、刀槍創口、去於化血，舒筋活絡為主。商毅甚致還想過自已配製雲南白藥。雖然在後世，雲南白藥在中國屬於機密，但在美國以經公開雲南白藥的配方，商毅自然保存了一份。以一分五百毫升的劑量的雲南白藥，成份為散瘀草八十五毫升、苦良薑三十毫升、老鸛草三十六毫升、白牛膽二十五毫升、田七二百毫升、穿山龍五十七毫升、淮山藥六十六毫升。都不是什麼名貴藥材。但目前時間不允許商毅大量配製，因此隻能暫時放棄這個打算，還是以購買現有的成品藥物為主。
同時南方的天氣炎熱、潮濕，加上又是盛夏出兵，山東士兵非常容易水土不服，因此還要準備大量避暑消火，清熱解毒的藥材，當然這樣的藥材在中國早就有了，那就是著名的諸葛行軍散。
而傅汎際則被商毅受於了一個艱巨的任務——開礦。
商毅知道，山東是一個礦產資源非常豐富的大省，蘊藏有多種金屬、非金屬礦物，而其中以煤、鐵、石油儲量最多，在後世石油為全國第二位，煤礦為全國第三位，鐵為全國第六位。對現在的商毅來說，煤和石油暫時都用不上的資源，但鐵礦可是大大需要，而且越多越好。商毅查閱電腦知道，後世著名的山東金嶺鐵礦就是位於青州府和濟南府交界的淄博東北，離穆陵關隻有百餘裏的路程，金嶺鐵礦是從春秋時期就有開釆的記碌，一直到商毅穿越之前，仍糹還在繼續開釆。