這一戰一直打到了第二天正午才結束，叛軍的主力終於被商家軍擊潰。但由於戰場過於零亂, 因此直到當天傍晚時分，戰果才初步統計出來，這一戰一共殺死叛軍二萬五千餘，其中有近半數是燒死或自相踐踏而死，生擒一萬五千餘人，才加上散逃的叛軍，可以說確實是其本消滅了叛軍的主力。而商家軍自身的傷亡還不足百人。
不過叛軍的主將馬進忠又一次逃脫了性命，但這時他身邊也隻剩下兩三百餘人了，馬進忠心裏也知道，這一次基本可以算是全軍覆沒，雖然主要是因為商家軍過於強大的原因，但自己身為全軍的主將，自然也是難逃其責，回到杭州隻怕也沒有好結果。而且遭此一敗，玄皇教也元氣大傷，十年之內，恐怕難以再有大作為了。因此馬進忠也不回杭州，帶著這二三百人逃離了浙江，脫離玄皇教另尋去處。
商毅對戰果也十分滿意，在第二天隻留了楊武丞的騎兵營、一個新兵營和輔兵看守俘虜，率其餘的人馬，趁勝進軍，去攻取杭州。
那知商家軍的人馬到達了杭州城西北角的武林門前的時候，隻見武林門的城門大開，吊橋放下，全無設防，竟然沒有一名叛軍的士兵守衛。不過隱隱聽到城中有喊叫的聲音，而且不時還有百姓從城裏跑了出來，還都是十分驚慌的樣子。
商毅也不禁覺得有些意外，攔住了幾個跑出來的百姓詢問，杭州城裏，到底發生了什麼事情。
見是官軍來了，百姓們才稍稍有些放心，這才向商毅說起城中的情況，原來自從叛軍占領了杭州城之後，對城中的大戶富豪人家裏進行掠奪，錢財物資搶獲一空，充為軍用，當然這期間也殺了不少人，但對一般的平民百姓，甚致是小康之家，沒有過多的迫害，更沒有像流寇那樣屠城，而且城中的秩序也有一定的恢複，畢竟叛軍是打算把杭州作為自己的根據地。
但不知為什麼，從昨天晚上開始，叛軍的士兵就在城中四處搶奪，也不分富戶窮人，見什麼搶什麼，稍有反抗就格殺勿論，還放火燒毀了一些房屋。因此城中的秩序也大亂了起來。而且在天亮之後，有人看見一部份叛軍趕著馬車，逃出城去。但城裏還是留下了不少叛軍，同時也更為凶惡，燒殺掄掠，什麼事都做，於是許多百姓都逃出城避難。
商毅聽他們說完之後，估計是玄皇教見大勢以去，死守杭州城以經毫無意義，因此隻完留下一部份精英，撤離杭州，或隱居起來，或另投他處，而其他招募拉隴的叛軍士兵，也就都棄之不理了。而其他被棄的士兵無人約束，又充滿了絕望的情緒，隻能借用殺人放火來發泄，當然也有人是想搶完一票之後跑路，結果造成了杭州大亂。這到是很有可能的事情。
不過雖然是這樣想，但商毅也不敢大意，命段鵬先帶一個偵察連進城，觀察城中動景，是否如事所說，並且占領武林門的城樓和城門。
段鵬領軍進城之後不一會兒，就派人回報，以經完全控製了武林門，城中確實一片混亂的樣子，而且也沒有人組織抵抗。
其實商毅在城外也看得十分清楚，有一部份商家軍以經蹬上了城樓，還有一部份就守在城下，確實完全控製了武林門。於是商毅立刻下令，全軍進城。
大隊人馬進城之後，商毅蹬上了城樓，向城中看去，城裏確實是一片混亂，滿街都是跑的居民，地上還躺倒了不少屍體。因此啇毅立刻下令，留下第二團的火炮營守住武林門，自己和周少桓帶一個火槍營、二個偵察連和兩個新兵營去占領州府衙門，剩餘的一個火槍兵營和一個長槍兵營都分散成以連為單位，立刻在城中去製止叛軍的暴行，將他們全部都抓到州衙來，敢反抗者一率格殺匆論。
商毅領軍趕到了杭州的府衙門，這裏早己以人去樓空，商家軍毫不費力就打開了府衙的大門，占領了府衙。隨後商毅又分派三個新兵營，分頭去攻占杭州城的各個城門，不許進出。
杭州曾經是宋朝南渡之後的都城，在南宋時期，共有十三座旱門，五座水門。而南宋滅亡之後，元、明以來，杭州城已固定為十個城門。分別為東有慶春門、清泰門、望江門，南有候潮門、鳳山門，西為錢塘門、清波門、湧金門，北為武林門、艮山門。都要分派兵力把守。每個城門分派一個連把守，剩下的三個連則留在府衙，準備看守俘虜。
這時叛軍正在城中肆意施暴，但很快就發現，街頭巷尾，出現了一隊隊衣甲鮮明整齊的軍隊，有人首先喊，命令他們放下兵器，立刻束手就擒。