回到了杭州之後，這時周世奇等穆陵關轉移過來的行政人員和一批工匠早己經到達了杭州。眾人見商毅回來了，也都十分高興，因為這一分開就是半年的時間，互相之間也都十分想念，述說離別之情，講了好一陣子。
商毅立刻招集所有的人開會，首先將王夫之向眾人作了介紹，並且正式任命王夫之為文書司的主事，將直接受商毅的領導。其他人也都向王夫之的加入，表示了歡迎。
隨後商毅又宣布將在杭州成立正式的行政係統，其實商毅在穆陵關時就以經建立了一個十分完善齊備的行政班子，隻不過在當時有許多人都有些不理解，因為當時商毅的轄區很小，隻有穆陵關和南北的兩個縣城，完全沒有必要把幕僚的班子弄得這麼複雜而細致，而現在看起，用在浙江卻是正此合適，而且經過大半年的工作運行之後，也都有了一定的工作經驗，現在隻是把這套班子完整的移到浙江來，隻需熟悉一段時間，就可以開始發輝作用了。
隻不過讓周世奇覺得詫意的是，難道說這是商毅早就準備好了有這一天嗎？
現在己經是十一月末的時候，商毅要求各個部門用一個月的時間來熟悉情況，在新年左右，就要開始正式的開展工作了。並且提交各部門明年的工作計劃。
同時商毅還對行政班子進行了一些小的調整，因為現在商毅實際的控製地區有杭州、湖州、紹興、嘉興、寧波五府，而且這五府的原來行政機構都被叛軍破壞掉，朝廷也沒有派新的官員來。商毅當然知道，大明朝廷現在那還顧得上這些事情，那麼就由自已來組建五個府的地方行政機構吧，正好可以借這個機會，把這五個府的行政權力牢牢掌握在自己手裏。
當然商毅派出的官員現在還不能自稱知府，而是叫代理行政官員，但實際是行使知府的權力。因為杭州府是目前商家軍的駐紮地，因此由周世奇來出任，紹興府由周少卿出任，湖州府由原來的沂水縣知縣鄭茂出任，嘉興府和寧波府由原來十裏屯和八角台村的村長趙秉義和黃東山出任。
任務分派完畢之後，商毅道：“各位，雖然你們現在隻是代理官員，但我會向朝廷奏明，以後爭取會讓你們都成為正式官員，這一點你們盡管放心。”
眾人聽了，也不禁都喜形於色，因為在此之前他們中間最大的也不過是個知縣，向趙秉義、黃東山也就是個村長，壓根就沒有做過官，現在一下子就竄到了知府的位置，不亞於一步蹬天，同時毎個人心裏都明白，這完全就是受商毅的恩澤所致，因此也都死心塌地的根著商毅幹下去。
這時商毅又道：“不過各位，有一點我必須首先向你們說明白，我們商家軍自從成軍以來，一直秉承的都是保護地方，護境安民的原則，從來都沒有做過呈強淩弱，欺壓良善，危害鄉裏，魚肉百姓的事情。在山東是如此，現在到了浙江，還是如此。因此如果誰要是違返了我們商家軍建軍的原則，我決不會輕僥。諸位都是和我著商家軍的發展到今天，而且大多數都還是我的長輩，我不希望看到那一天的到來，因此還請各位都好自為之。”
他說完之後，周世奇道：“商毅，你放心吧，我相信他們都不會胡來。”然後轉頭對另外四人道：“你們剛才都聽清楚了吧，都好好想一想，是誰讓你們有今天的地位，是誰讓你們坐到這一步的，你們平時不是也都恨那些貪官汙吏嗎？現在自己可不要做了貪官汙吏。如果你們不好好的幹，對得起商毅嗎？”其他四人聽了，也都紛紛表態，表示自己一定不會辜負商毅的期望。
當然商毅也知道，不能就憑他們這幾句話，就能完全信任。靠官員自身的操守，是完全靠不住的。也許現在他們所說的都是出自真心，但到了任上之後，日久天長，各種誘惑太多，誰都不敢保證會不會變化，因此加強監督是完全有必要的。於是商毅也決定，成立正式的紀律檢查司，負責對各級官員的行為、工作進行監督工作，可以直接向自己彙報。不過現在先暫時由仲栽司兼任。
在最後，商毅又宣布了一項決定，如果自己以後出征打仗，或者是另有其他事情要離開杭州，將由葉瑤瑱代替自己主持浙江所有的行政事務，所做出的決定，全都有效。因此以後的所有行政會議，葉瑤瑱都將參加。
對這一點其實眾人到並不覺得有什麼意外，因為在商毅領軍南下的這半年時間裏，葉瑤瑱實際上就以經代替他主管商家軍的政務了。隻不過現在商毅正式硧認了葉瑤瑱的權力地位。
散會之後，其他人都離開，隻有王夫之留了下來，到了商毅的麵前，拿出一張紙遞給商毅，道：“大人請看，這是用活字印出來的小樣。”