目前商家軍己經發展到了師一級的編製，一個標準師下管轄著三個團。商家軍的第一師和第二師都己經樹旗成立，一個留守在浙江，另一個駐守在登州。
因為在以後師將成為商家軍的主要作戰單位，因此必須對每個師的兵力結成，做一些調整，使其配置更為合珵，充份的發揮戰鬥力。商毅也作出決定，將每個每的三個團分為兩個主戰團和一個輔助團。
主戰團將全由火槍兵組成，並將逐步淘態火繩槍，全部都使用燧發槍，同時毎個團還配備六十門中小型野戰火炮，中型和小型火炮的比例為一比二，毎個營十五門，以加強作戰火力。
而輔助團裏又分兩個後勤營，和二個火炮營，毎一個後勤營將配有三百輛車，三百匹馬驢，不僅責任運送全軍的糧食，還要保障充足的彈藥供應。而火炮營將配備四十到六十門火炮不等，將以中型火炮為主，並輔以少量的重型火炮，中型火炮和重型火炮的比例也三比一，另外還配三十到五十架管風琴槍車，在戰鬥中為主戰團提供火力支援，在暫時不給輔助團配置火槍，但等以後軍工發展了，輔助團也將都配上火槍，因此還兼有預備隊的作用。
每個師的兵力配置就是這樣，至於其他偵察兵、騎兵，在一般情況下，都不配備，而是在戰前，從其他隊伍中抽調搭配。同時商毅還發送一份配置標準到登州，讓二師的師長周少桓，也按照這個標準，來組建第二師。
接著商毅又下令，命六團去替換守衛蘇州的第五團，把五團調回杭州，並以四團、五團這兩個團為核心，組建商家軍的第三師和第四師。力爭在今年內，浙江地區的三個師都將整編齊全。
因為這次北京之行還得到了不少馬匹, 因此商毅也決定，從中選出一批充當戰馬，將騎兵團擴大升級為騎兵旅，仍然由楊武丞擔任旅長。而偵察兵團不變，原來的兩名團長，周琦和吳漢生各有新的安排了，因此偵察團的團長就由段鵬擔任，商毅的衛隊另選其他人。
同時商毅也對軍隊的製服也進行重新設計，步軍的軍服還是墨綠色，而騎軍為紅色，海軍為深藍色。
在士兵的裝配上，一個標準步兵的武器是一支帶刺刀的火槍，兩到四顆拉弦式手榴彈和六十發定裝子彈，手榴彈和子彈都用一個防水的牛皮包裝好。
而騎軍分為輕騎兵和重騎兵兩種，不過商家軍的重騎兵和傳統的重騎兵慨念不同，所穿的盔甲和輕騎兵差不多，隻是胸甲略厚一些，戰馬也隻是在頭部，頸部，正麵裝上鐵甲，實際上重騎兵同樣據有很強的機動性和速度。而輕騎兵和重騎兵的武器配置，都有一支帶護手盤的長矛，一把馬刀，一柄單刀。另外輕騎兵還會配五把短柄飛斧。而下一步，商毅還打算給騎兵配上短管火槍。
隻有海軍的裝配最簡單，海軍分為士兵和水手兩類，水手付責操作戰船以及火炮，因此都不配盔甲和火槍，所用的武器也隻是短刀或水手斧，而士兵則付責海戰中的接舷戰，或者是登陸作戰，也和步軍一樣，裝配護甲和火槍，但一般情況下不配手榴彈。
而這一次軍隊的重點調整是在海軍，商家軍的海軍成立己有大半年時間，既使不算西班牙雇傭海軍，總人數己達到五千五百多人，其中基地成員為一千二百多人。目前己經擁有各種船隻一百八十餘艘，包括西式戰船有五十二艘。論規模己不算小了，但因為海軍一直都處於草創和訓練階段，因此暫時還對海軍進行分類整編，各艘戰船也沒有命名。而現在海軍雖然還沒有進行過一次戰鬥，但也出航參加過幾次任務，也應該正式整編。
商毅首先把海軍的船隻進行分類，大致分為主力戰船、鋪助戰船、運輸船、哨船四個大類。所有的西式戰戰船全都劃歸為主力戰船；鋪助戰船包括有兩艘一千料福船，六艘六百料福船和六艘四百料福船、二十二艘蒼山船、十八艘艟矯船；運輸船有五十五艘，全是褔船；哨船有十八條，包括十二艘開浪船和八艘飛剪船。
同時又把主力戰船分為五個等級，兩千五百料以上為一級；兩千料至兩千五百料為二級，一千五百料至兩千料為三級，一千料至一千五百料為四級；一千料以下為五級。一級和二級都稱為戰列艦，三級稱為巡洋艦，四級稱為驅逐艦，五級稱為護衛艦。這個分類也是大體參考稍後一些時間，英國對戰艦分類的標準。毎艘船設船長一名，大副一名，其餘職位根據各船的大小不等，各自不同。
戰船的名稱，商毅決定一級戰列艦以中國古代名將的名字來命名，二級戰列艦，以中國神話中的神獸命名，而現在商家軍的一級戰列艦還沒有，二級戰列艦也隻有“銀河”號一艘，也就不改名了，等以前造出了新的戰列艦，再按這個標準命名。
三級巡洋艦也是以後重點發展的類型，以後也會是數量最多的一種戰艦，因此就以天罡地煞星來命名，不過現在商家軍隻有六艘巡洋艦，分別命名為：天魁號、天罡號、天機號、天閑號、天勇號、天雄號。