六月十日，商家軍的運輸船隊到達登州，周少桓接受了物資之後，也立刻組織人馬，執征商毅的命令，進駐青州、萊州，並且率先對進駐山東的淸軍發動攻擊。但就在這時候，穆陵關獨立團的團長童大勇發來消息，青州城己被清朝的官員占領了。
原來淸軍進駐北京之後，首先擊敗大順軍人馬，鞏固了北京的周邊地區，隨後多爾袞也招集官員，商議下一步的進軍計劃，清都察院參政祖可法、張存仁兩人首先向多爾袞進言：“山東乃糧運之道，山西乃商賈之途，急宜招撫。若二省兵民歸我版圖，則財賦有出，國用不匱矣。”
多爾袞也同意兩人的意見，首先收取山東山西之地，於是一麵派兵繼續追擊大順軍，又於五月二十五日，派明降臣方大猷為監軍副使，招撫山東。六月初四日，又派明降臣王鼇永以戶、工二部侍郎名義，招撫山東、河南。
這時山東地區的局勢十分混亂，各方勢力交織在一起，錯綜複雜。一度在山東地區鬧得風聲水響的濟王朱帥在名議上雖然占據了山東、北直隸、河北的大部份地區，但實際上也是一盤散砂，朱帥隻不過是山東德州的鄉紳眾人推出一個傀儡，本身並沒多少號招力，而擁立朱帥的趙繼鼎、程先貞、謝陛等人也都不是什麼大將之材，雖然趕走了大順軍的官員，也派人去和南明聯絡，但即不知道應該安撫百姓，穩定地方，也不知道要整兵備戰，準備迎戰淸軍，結果隻是得過且過。至於張大雅、張千出、韓繼本、單之賞、張宇等人，則完全就是趁亂起事，混水摸魚。
朱帥起事之後，也曾派人來招撫過周少桓，但被周少桓以自己已奉南明之詔守衛登州為理由，不能奉詔給搪塞了過去。同時還勸朱帥到登州來聚議，但朱帥等人卻怕到了登州之後受製於周少桓，因此也沒有回答，就守在濟南府。而這時多爾袞派出的山東巡撫方大猷也率軍開始進入山東地區。
其實這時方大猷手下隻有一千多人馬，而且全是由在北京投降滿清的明軍組成，根本就是一幫散兵遊勇，沒有多少戰鬥力，而且方大猷是文官出身，不通武事，如果這時朱帥能夠團結山東、北直隸、河北等地聚眾的鄉紳官宦，齊心協力、共同抗敵，方大猷根本就進不了山東。
但明朝遺留下來的這一幹鄉紳也隻是一群烏合之眾，而且朱帥在濟南府裏整天也隻顧著花天酒地，完全就是當一天和尚撞一天鍾，結果是烏合之眾對散兵遊勇。
但散兵遊勇畢竟掛著清軍的頭街，雖然是山寨版的淸軍，但把頭發剃了之後，紮個小辮子還是很有些嚇人的，因此各地的鄉紳官員一聽清軍來了，頓時都嚇破了膽，幾乎是望風而降。因此方大猷一路順風，幾乎是兵不血刃，就先後平定了山東、北直隸邊界一帶的霸州、滄州、德州、臨清等地。並且又派歸降自己的德州知州張有芳，到濟南府去招降朱帥等人。
朱帥等一幹明朝的官宦鄉紳雖然不願歸附清朝。但手下都是些烏合之眾，那裏擋得住清兵的進攻，同時勸降的張有芳又極力誇大淸軍的兵力和實力，使盡了渾身解術，威迫利誘，朱帥等人畢竟都是難成大器之輩，隻好解散部眾，拜表歸順滿清。方大猷也十分順利的進駐了濟南府。
隨後明權德府事泰安王朱由率領明德藩各郡王宗室具表歸降，山東掌印都司蘇邦政、濟南府推官鍾性樸等文武官員、鄉紳也紛紛投順。明朝署東昌道事工部主事於連躍以東昌府、臨清州歸附。濟寧知州朱光和當地鄉紳潘士良、任孔當等人也歸附清廷，因此在名議上歸屬於清廷管轄的地區，也在迅速的擴大。而這時多爾袞派來的另一位明朝降官，戶部、工部侍郎王鼇永，也到達了濟南府。
王鼇永見方大猷人馬一到，山東各地紛紛歸附，一下子就撫平了不少地方，立下了許多功勞，也不禁十分眼紅，正好這時由於歸降清廷的地方實在太多，方大猷一時竟派不出官員去管理地方，因此也就暫時停駐在濟南府。因此王鼇永立刻自告奮勇，率領著自己帶來的人馬，進入青州府，並派人去招撫青州府的官員歸降。
青州府的知府肖文軍本是曾化龍的門生，和商家軍也有些交情，得知清軍殺到之後，來不及向商家軍求救，因此也不敢在府城中停留，立刻棄城而逃，投到了穆陵關來。而王鼇永帶領人馬來到青州城下之後，城中的通判李懋學、推官彭欽等官員也都開城歸附。
兵不血刃就占領了青州城，王鼇永也十分高興，一麵寫表回北京向多爾袞表功，一麵又傳檄到青州府的其他折城關縣，要求他們都向清廷歸附。同時也在積極準備，要進軍萊州府。