當然南京朝廷在混亂之中，到也不是沒幹一點正事，首先是要崇禎帝確定廟號和諡號，不過正事也是在爭論不休中完成的。
首先給崇禎定廟號是思宗烈皇帝，但南京守備勳臣趙之龍認為這個廟號不是太好，上奏要求改動。朱由崧先是不許。而禮部侍郎餘煜對據理力爭，說了一大通之乎者也之類的話，也不知道朱由崧聽沒聽懂，反正爭論了一番之後，終於改諡毅宗正皇帝。
而在最關鍵的對外政策方麵，無論是東林黨還是馬士英，卻都保持著高度的一致性，奉行借虜滅寇的政策，即借清軍的力量，剿滅大順軍。
當然，南明朝廷在這時提出借虜滅寇政策，到並不完全是出於對形勢的誤判，當時信息不通也有一部原因。吳三桂獻出山海關、投降清軍的事情，隻是一麵之辭，現在還沒有得到南明朝廷的確認，至少從表麵上看，也可以理解為吳三桂借來清軍，大敗李自成，是為崇禎報仇的舉動，甚至可以說是一心為明朝社稷的不貳功臣，也不為過。而且清軍當入關時，也打得是為明朝報仇的旗幟。而滅亡明朝，攻入北京，逼死崇禎皇帝的是大順軍，因此南明朝廷上下都認為，自己的首要敵人是大順軍而不是清軍，為先帝報仇雪恥才是最重要的，
同時，在目前南明朝廷內部關係尚未完全理順的情況下，和滿淸講和，並借助吳三桂的力量，聯合清軍打擊大順軍，實行借虜滅賊的政策，並天真地認為此舉可以使清軍與大順軍在交戰中兩敗俱傷，而南明朝廷趁機坐收漁利，不失為一種可行之策。事實上不僅僅馬士英這樣想，就連史可法、劉宗周、黃宗義這些正人君子也同樣是如此想的。但他們都沒有清楚認識到，現在的南明朝廷麵對的最大敵人不是“賊”，而是“虜”。
盡管也有一些中下級官員，如兵科給事中陳子龍、吏科給事中章正宸等人，都曾上疏，提酲南明朝廷，不可盲目輕信滿淸的承諾，並且列舉出當年北宋借金滅遼、南宋借元滅金的曆史教訓。可惜的是，這時在南京朝中，並沒有多少人聽信。馬士英和東林黨一邊鬥爭著，一邊積極準備安排北使團，並且己經確定了左懋第為使臣，去和滿清接觸，好實施借虜滅寇的政策。
其實在南明朝廷的各官員心裏，對清軍都懷有一種很深的恐懼感，因為自從袁崇煥死後，滿清先後四次入關奔襲，並在關外發動大淩河、鬆錦之戰，在這六場大戰中，明軍都以慘敗而告終，盡管滿清在最後一次入關奔襲中，商毅在濟南和青州都重創了清軍，但這隻是一個局部戰場取得的勝利，放眼整個戰役來看，依然還是明軍失敗。
因此在眾人的潛意識裏，沒有人願意和清軍交戰，文官是如此，武將們內心更是膽怯，要知道他們連大順軍都打不過，又怎麼敢與打敗大順軍的清軍交戰呢！放眼整個南方，真正不怕清軍的，還真就隻有商家軍這一支人馬。隻可惜沒有人相信，僅靠商家軍就能夠抵擋得住清軍。
當然借虜滅寇的政策本身並沒有錯，但無論講和還是聯合，都必需是建立在自身有足夠的實力基礎之上，南明君臣隻是一味幻想借虜滅寇，但自身卻沒有任何進取的動作，隻有偏安坐等之心，不僅喪失了趁亂收取山東、河南的大好機會。同時也把自己的怯弱無能，逐步暴露在滿清麵前。
南眀朝廷於六月間任命王燮為山東巡撫，丘磊為山東總兵，但這些都是表麵文章，因為沒有武力作後盾，委任的方麵大員根本不敢赴任。事實上南明朝廷的潛意識裏，根本就是打算放棄山東算了。
而在這個時候，商家軍在山東大敗清軍，連續收複青州、濟南，生擒王鼇永的捷傳回到南京時，也使南京朝廷上下都十分尷尬的局麵中。
不僅僅是馬士英，就連在東林黨內部，也有不少人心裏都在怪商毅多事，青州、濟南丟就丟了貝，好端端的沒事去惹清軍做什麼，雖然收複了青州、濟南，但都是兩塊燙手山芋，拿不得放不得，現在朝廷正準備派出北使團赴北，萬一在這個時候把清軍惹急了怎麼辦？但這話是沒法說出口的，不管怎麼說，商家軍是打了勝仗，總不能說商毅不該收複山東的失地吧。
而且這個消息也經過【杭州時報】傳遍了江南地區，在中下層官員和士大夫之中，也引起了很大的轟動，因為朝廷己經很久沒有在軍事上取得勝利了，因此這個消息也是大振人心，而商毅和商家軍也得到了很高的評價，不少人都紛紛要求朝廷出兵，全麵收取河南、山東之地。
在輿論的壓力下，南明朝廷也不得不對商毅進行嘉獎，並且拿出一些實質性的行動出來，而當務之急就是要趕緊再派出一位山東巡撫，以表示朝廷絕對沒有放棄山東等地的意圖。
但山東巡撫的人選卻是一個大難題，雖然商家軍在山東打了一個勝仗，但南京的官員對商家軍的戰鬥力到底多強並不清楚，而更為重要的是，都看出南明朝廷在山東事務上依然是在敷衍，因此對山東巡撫這個差事，人人都避之不及，誰也不敢接這個燙手的山芋。