魯南戰役結束以後，商毅下令，留下王信的笫三師分別駐守淮安府和揚州，羅遠斌的第四師駐守泗州,其他人馬返回浙江駐紮，並將這一勝利的消息發向南京。
這時南京的動亂也終於被平定了下來，南明的南京朝廷總算是慢慢的開始恢複了正常狀態，並且能夠得以繼續運行下去。
原來在史可法帶著商毅上疏回到了南京的時候，南京還是一遍混亂，城中暴徒到處滋事，打架搶劫從來就沒有停止過，百姓傷亡己達數千人，南京的守備勳臣趙之龍手下雖然有好幾幹士兵，但每天都躲在府裏，隻派士兵把守備府保護得水泄通。
要不史可法回京時還帶著心腹大將史德威和商毅送給他的一個營的衛隊，差一點都進不了南京城。而進城之後，隻家家戶戶，關門閉戶，買賣商鋪也都停止營業，街頭巷尾幾乎空無一人，不時還可以看到地上躺著百姓的屍體，若大的南京城顯得死氣沉沉。
而在朝中，跟本就無人理事，另外南京城外的黃得功和劉良佐都己連上三份疏本，向朝廷質問馬士英的死因，而且言詞也越來越激烈，官員們隻顧著互相爭吵指責，推禦自己的責任，整個朝廷幾乎成了一個亂攤子，吳甡雖然想維持大局，但也是有心無力。
幸好這時史可法回京，也給朝廷上下打了一針強心劑，畢竟這時江淮戰役中，史可法也一直堅守在揚州，在勝利之後也獲得不少威信，因此大部份官員也都盼著史可法能夠拔亂反正，恢複南京的秩序。而朱由崧也立刻加封史可法為兵部尚書並出任內閣首輔，馬上整頓南京的秩序。
到底是經過了生死的戰場，史可法總算是也學到了一些決斷之力，首先立刻代商毅上奏給朝廷，並向整個南方宣布商毅對南京朝廷的支持態度。然後嚴令南京城中的百姓嚴守秩序，又把商毅給他的一個衛隊營分成四部，在南京城中抓捕暴徒，敢拒捕者一率當場格殺，然後又強命令趙之龍, 命他立刻分派人馬，維持南京秩序，否則就撤職另選他人。
趙之龍這回也不敢不從了，隻好調動人馬，在南京城中巡邏搜查。而商家軍也狠狠打擊了幾夥暴亂勢力，結果隻用了二三天時間，立刻使南京的秩序大為改觀。
隨後史可法又隻身親往駐守蕪湖的黃得功大營，對其曉以大義，安撫黃得功部的軍心，並聲明朝廷隻誅馬士英一人，絕不牽連其人，讓黃得功放心。
黃得功對史可法到是還有幾分敬意，而且現在也知道商毅的上疏內容, 看來商毅是支持南京朝廷的，又得到了史可法的保證，不會受馬士英的牽連，因此也馬上向史可法表示，自己絕無反心，原意繼續為南明朝廷盡忠，並馬上上表南京，說明自己對誅殺馬士英的支持，表達自己的忠心。
隨後史可法又趕到劉良佐的大營，見黃得功已經被史可法勸服了，劉良佐自己也不再硬抗下去，其實他們兩人這一番鬧滕並不是想為馬士英翻案，而是為自己爭取最大的利益, 既然 這個目地達到了, 劉良佐自然也就見好就收, 也學黃得功一樣上疏表忠心。
安撫住了黃得功和劉良佐，史可法這才又回到南京。最大的外部危脅也解除了，南京城裏的秩序也在逐漸的恢複，官員們這才都鬆了一口氣，總算是熬出頭來了。下一步也就是恢複朝廷的秩序和運作，首先是確定內閣人選，首輔已由史可法出任，原來的兩名閣臣吳甡以次輔兼任戶部尚書，錢謙益兼任禮部尚書。
而被馬士英罷職的一批東林黨人，也都陸續紛紛被招回朝中，又選了高弘圖和黃崇羲入閣理事。薑日廣出任吏部尚書，候恂出任刑部尚書，王鐸為工部尚書，黃道周、張慎言分別任都察院左右都禦史，複社四公子這一次也都入朝為官，候方域任禮部待郎，方以智任少詹兼侍讀，陳貞慧和冒避疆出任禦史，就連林之湖也弄了個戶部員外郎，比以前的主事到是升了一級。
對這些人選任命朱由崧到是言聽計從，一一照辦，顯得十分配合，這樣一來朝中的主要位職幾乎全由東林黨人出任，既使有些位置不是東林黨，但也沒有所謂的奸邪之徒了。
而就在第二天，候方域就上疏內閣，指出馬氏雖誅，餘黨猶在，要求朝廷查除馬士英的餘黨，這一建議也得到了許多人的支持，除了候方域的另三名好友，還有張慎言、黃道周等人，也都主張徹底淸查馬黨餘勢。
但這份上疏很快就被內閣駁回，史可法代表內閣答複，朝廷己經言明，隻誅馬士英，不牽連傍人，不可出爾反爾，而且馬士英本無黨閥，不必清查，同時以後此事也不可再論。