不過商毅也知道，想要全麵走向海洋不是在幾年內就能完成的事情，而殖民印度，更是一個遙遠的計劃，就連英國東印度公司是否決定與自己合作，都是未知，畢竟在另一時空裏，英國商船來到中國，己經是下一個世紀的事情了，現在自己做的，隻不過是為將來做一些鋪墊，至於用不用得上，什麼時候能夠用上，隻能聽天甴命了。
因此在布萊克和漢斯離開了杭州之後，一切很快就又恢複了正常，商毅的注意力也全部都放到備戰發展的工作上來。
而過了幾天之後，商毅也收到消息，征討薩摩藩的船隊既將乘勝歸來了。
在一個月以前，亞莉桑徳拉代表商毅，和島津光久簽定了講和的協議，因為雙方都不能代表本國政府，因此這份協議隻能以簽定的地點來命名，稱為［鹿兒島條約］。而這個條約在若幹年後也飽受爭議，有人認為這是商毅在稱雄東方的過程中，實際與外國簽定的第一個條約，因此在前麵加上了“中日”二個字，但也有人認為這根本就不能算是一個條約，頂多隻能算是一份比較特別一點的文件。
亞莉桑徳拉當然不會知道未來的這些爭議，這時她己經把整個薩摩半島地區都洗劫一空, 同時還抓獲了近五萬的人口, 而且大部份都己經轉運到了琉球島上。在和島津光久簽定了條約，同時又收到了薩摩藩的第一批賠款的白銀之後，立刻帶著剩餘的人口物資，己及所有的軍隊，隻用了三天時間，分批撤離了九州島，回到了琉球島。
得知明軍己經撤退之後，島津光久也總算是鬆了一口氣，不管怎麼說，這場噩夢算是結束了，但等他帶著剩餘的家老大臣返回鹿兒島的時候，卻發現經過薩摩藩兩百多年經營的鹿兒島城幾乎己經是一片廢墟。
主城鶴丸城基本被全毀，隻剩下一點殘轅斷壁，而鹿兒島城的幾個有錢集中居住的町區也被放火燒光，曾經居住著十幾萬人口的大城，這時隻剩下數百居民，其餘不是躲逃進山裏，就是被商家軍抓走，所有金銀玉器等小巧值錢的東西也被一掃而空，而一些粗大笨重的東西側全都被砸毀，除了少數平民居住的房孑以外，幾乎沒有一件完整的東西。
看到這樣的場麵，島津光久幾乎是欲哭無淚，薩摩藩的損失，己經不能用元氣大傷來形容了，而且把所有的元氣都耗得一幹二淨了。
不過悲痛歸悲痛，善後的事情還是要做的，島津光久一麵命人去招集逃難的人口，淸查損失，一麵也命人上報幕府將軍徳川家光，當然是不能說自己是簽定了賠款條約才使商家軍撤退，而是說經過了一番苦戰之後，終於打敗了明軍，但自己也遭受到重大的損失，因此請求德川家光免去自己今年赴江戶侍奉，並給予薩摩藩必要的援助。
其實曰本才巴掌大點的地方，有一點屁事就會立刻傳得全島都知道，何況發生了這麼大的事情，德川家光和其他的大名早就得到了消息，隻是商家軍的動作太快了，前後不到一個月，就從九州島上撤軍，令德川家光和其他大名根本就沒有反應過來。因此島津光久的公文傳到德川家光的手裏的時候，這一戰基本的情況德川家光已經知道了。
見到了這個時候，島津光久還要充胖子，隱瞞賠款講和的事實，徳川家光也覺得十分好笑，同時心裏也暗爽不已，因為在消滅了大阪的豐臣秀賴之後，德川幕府的首要威脅就是薩摩藩， 三代德川將軍都在想方設法削減薩摩藩的實力。但幾代的島津氏也都十分狡猾，始終不給幕府削減自已的借口。因此在這個時候，薩摩藩的領地俸祿為七十七萬石，在日本各大名中，僅次於加賀藩前田氏的一百零二萬石，名列第二。
而這一次薩摩藩不知為什麼，居然去主動遭惹明朝，結果被明軍打得極慘，連琉球也丟了，也徹底淪為二流的大多，因此在也不能成為幕府的危脅了，德川家光的心裏，自然是無比高興。當然還是假惺惺的故作姿態，表示對薩摩藩的同情，也應島津光久之請，免去了他今年到江戶的伺奉，同時還把薩摩藩的奉祿增加了五萬石，由七十七萬石增到八十二萬石，以示對薩摩藩的援助。並且還表示，自已一定會為薩摩藩出頭，以國書的形式質問明朝，無故進犯薩摩藩的行為。
島津光久當然知道，什麼國書都是狗屁，但也放心了不少，因為他最怕的就是德川幕會趁著這個機會進一步削弱薩摩藩，落井下石，現在看來德川家光還沒有這種打算。
不過就是這樣，薩摩藩的損失也是十分巨大的，不僅被掠奪走巨額的財富，丟失了一個主要的財政收入來源，僅藩內的人員損失，連士兵加居民，己經接近了十萬，而且絕大部份都是輕壯年，在薩摩半島地區，幾乎看不見十五到二十五的年輕女人。僅就人口來說，沒有二三十年，是恢複不了的。同時還欠下一屁股債。