得到了李自成南撤，史可法和吳甡辭職的消息之後，商毅也意識到，本來己經好轉了的南方形勢，一下子又變得非常遭糕了。甚致比上一次清軍南侵的時候還要遭糕得多。因為自己的情報網絡基本己經查覺到清軍的調動情況，這也說明，清軍在今年以內，就很可能再次展開南侵，而且這一次南侵的規模，也不會比上一次小。
因此這一次南京發生的順逆之爭，顯然是清廷早有預謀的行動，先煽動東林黨人鬧事，使南明朝廷和李自成分裂，然後逼使李自成南撤。這樣一來，南京以西的防守幾乎是一片空白，清軍可以順江東下，想指望劉良佐和黃得功擋住清軍東進的大軍，根本就是不可能。完全有可能一舉而攻克南京。
但也不可否認，清廷的這一整套計劃確實十分巧妙，完全是針對東林黨的脾氣秉性而製定的，充份利用了東林黨人自以為是，不顧大局的性格弱點。
那麼從現在的情況來，雖然不排除南京朝廷到了危險的時候，還會調自己出兵去保護南京，但以東林黨的性格和眀朝拖拉的辦事效率，估計等到自己出兵時，清軍也己經兵臨南京城下了。這樣一來南京也就等於是一座死城，而浙江直接麵對清軍進攻的可能性，己經很大了。
好在是一個月之前，商毅就己經有這種預料，因此在浙江內部也都做好了充份的思想準備，並不覺得有什麼突然和意外。另一方麵，在江淮戰役的勝利，也充份證明，商家軍確實是一支能打硬仗的強軍，因此浙江省內軍民人等、士農工商，上上下下都對商家軍信心十足，到也沒有引起多少恐慌情緒。
而且在這幾個月的時間裏，商家軍的擴軍編製工作己經完成，現在浙江包括蘇北、淮西地區，一共有七個步兵師，分別是第一、三、四、五、六、七、九師；四個步兵旅，分別是第一、五、六旅，另有一個騎兵師、一個特種兵大隊，相當於一個旅。總計兵力為十二萬左右。不過由於兵工廠的生產能力有限，現在第七師，和第三、五旅，都是裝配了半數的兵器。另外還組建了五個預備旅，正在加緊訓練，預計在年內，再組建一到二個師，或二到三個正式旅。
在山東戰區，這時己經編製二個步兵師，為第二、第八師；三個步兵旅，為第二、四、七旅，另有一個騎兵旅和一個特種兵團。總計兵力為五萬左右。其中三個步兵旅都隻裝配了半數的武器。另外也有三個預備旅，計劃年內再組建出一個師來。
目前商家軍陸軍部的總兵力超過了十七萬，盡管不是所有的部隊都裝配上足夠的兵器，但和江淮戰役的時候相比，無論是兵力總數，還是整體的作戰能力，都得到了明顯的提高。另外在海軍部的，下屬還有三萬六千多兵力，其中可以用於陸戰的兵力可以達到一萬五千人，這也是一支不可忽視的輔足力量。
因此在盤點完了自己現有的兵力之後，商毅又一次清楚的認識到，和自己剛剛來到這個時代相比, 自己己經擁有了足夠強大的實力, 手下有一支強大的軍隊, 有超過二十萬平方公裏的領地, 有八百多萬民眾, 擁有足夠的財力物力, 甚致還占領了兩個大型海島, 也就是說，就算是失敗了，也有足夠的後路可退，那還怕什麼，就再和清軍大戰一場就是了。
不過由於軍隊的擴大，也使商家軍在未來的大兵團作戰會增加，而目前最高的師級編製顯然不能符合現在的作戰要求，因此商毅也決定，在師級以上，再提高一級，進行軍級編製，將目前的全部兵力編成五個軍。
浙江戰區，第一軍：下轄第一、五、九師，第一、五旅。由成進任軍長，趙英傑任副軍長，尤洪亮任參謀長，付責駐守江南地區，總指揮部設在杭州；第二軍：轄第三、四師、六師，第三旅，由羅運斌任軍長，王信任副軍長，劉伯濤任參謀長，付責駐守江北地區，總指揮部設在揚州；第三軍：轄第九師、騎兵師、特種兵大隊和第六旅，由楊武丞任軍長、段鵬任副軍長。屬於機動兵力，江南江北調動作戰，但總指揮部仍然設在杭州。
山東戰區，第四軍：轄第二師、第二、四旅、騎兵旅和特種兵團。由周少桓任軍長、蔣義渠任副軍長，唐鎮任參謀長，付責駐守整個山東戰區，總指揮部設在登州；第五軍：轄第八師，第七旅，軍長由周少桓兼任，童大勇任副軍長，鮑銅鋼任參謀長，付責駐守靑州地區，總指揮部設在穆陵關，平時由童大勇代理軍長的職權。
對於這樣的新編製，統戰部的其他人員都沒有意見，畢竟現在全軍己經有十個師的編製，如果還按師為最高級戰鬥編製，確實會使指揮權過於分散。稍微有一點出人意料的是，由周少桓一人身兼兩個軍的軍長，不過山東戰區離浙江確太遠了，既使是有了飛鴿傳書，也來不及做到極時的指揮，因此需要一個統一的指揮部。而且第五軍的人數明顯偏少，實際隻有半個軍。