在朱由崧升朝的第二天，朝野上下都錢謙益、黃宗羲、候恂等人群起而攻之，就連有一些東林黨的成員為加入了攻擊他們的陣營中，彈亥的奏章也如雪片一樣飛向朝中來，僅僅隻一天的時間，彈亥的奏章就達到二百多份，昔日的正人君子，道德楷模，在一夜之間就變成了王莽、曹操之流的叛逆謀位之臣。而就在當天，錢謙益、黃宗羲、候恂等十七人因為承受不住這輿論巨大的壓力，終於集體辭職。
好在朱由崧隻是批準了他們的辭職，到也沒有對他們進行什麼追究。然後立刻下旨，將史可法和吳甡官複原職，仍出任首輔和次輔。而東林分裂之後的南京的政治爭鬥又一次發生了戲劇性的變化。
因為史可法現在就住在南京，因此當天就被招入宮中複職，全權負責南京的防務，而史可法一上任，並且代表內閣提議，調商毅率軍進南京駐守，也立刻得到了朱由崧的批準，並且決定以高弘圖和司禮監掌印太監王德化為使，到杭州去調商毅，同時也是招吳甡回南京任職。
而且史可法還怕商毅不來南京，又親自給商毅寫去了一封信，請他千萬以大局為重。並又給吳甡也寫了一封信，請他盡力勸說商毅出兵。
高弘圖和王德化是十二月二十日從南京出發，兩人也知道現在情況危急，不容耽誤，因此也是一路急行，這時江南入冬以後的第一場大雪已經過去了，氣溫也有些回暖，雖然路上還有不少化雪的積水，但也算比積雪好走，而且由其是從湖州到杭州的這段路，都是新路，寬闊而平整，也沒有積水，行程也大大加快，在二十二日就到杭州，而在進城的時候，兩人也受到了商毅和吳甡的熱烈歡迎。
在宣讀完朝廷的詔書之後，商毅也立刻表示，自己和東林黨人並無私仇，為國效力，義不容辭，而且在浙江地區的兵馬糧草物資都己經準備好了，明天自己就會出兵，趕到南京去駐守，也請兩位使者放心。
高弘圖和王德化聽了，也不禁大為安心，想不到商毅一口就答應了下來，而且連史可法的書信都沒有出示。不過這樣一來，南京到是還有守住的希望。
原來就在高弘圖和王德化到達杭州的前一天，玄皇教的密使明石姬己經趕到杭州，麵見商毅陳述利害，並且表示，現在東林黨己經不是障礙了，而且玄皇教可以控製南京的局麵，因此隻要商毅願意率軍入南京駐守，玄皇教願意盡一切力量配合商毅，守衛南京，抵抗清軍。
其實在南京發生的事情，商毅也早就知道了，也覺得在金殿上發生的事情十分好笑，想不到朱由崧居然能夠想出這麼一招，在金殿上讓東林黨吃這樣一個悶虧，當然這一切都玄皇教在背後指使策化的，到是真不容易。不過皇帝當到這一步，也確實夠可以了。商毅並沒有懷疑明石姬的話，因為憑朱由崧的智商，肯定想不出這種損招，看來玄皇教確實己經牢牢的把朱由崧抓在手裏了，在剪除了東林黨之後，也的確可以控製整個南京的局麵。
雖然商毅己經做好了南京淪陷，以浙江的力量來抵抗清軍的打算，但那些都是建立在東林黨死都不肯調自己去駐守南京的最壞打算上，從商毅心裏來說，還是十分希望能夠守住南京的，因為南京不失，清軍就不可能繞過南京來進攻浙江地區，這樣一來，浙江地區不用直接去麵對清軍的兵鋒了，也可以大大減輕戰爭給浙江地區帶來的破壞和影響。對浙江地區還是大有益處的。而且還可以加強自己抵抗清軍的縱深空間，和回旋餘地。
另外同時南京是整個南方的政治經濟中心，又是現在南明的首都，因此無論是在戰略意義上還是在政治意義上，守住南京，整個南方的抗淸局麵，都是十分重要的。因此商毅在和明石姬商談過之後，也決定立刻出兵，盡全力守住南京。
不過雖然決定出兵，但商毅也知道，想守住南京可並不容易。現在南京麵臨的局麵確實十分危急，因為清軍從長江兩岸齊頭並進，沿江的戰略要占幾乎全都失守，南京城也直接暴露在清軍的兵鋒麵前。
雖然南京城的城防設施十分堅固，但需要防守的麵積太大太廣，至少也需要五到六個師才能完全守住，而現在的商家軍，也不可能把這麼多的兵力都集中在南京城裏駐守。因此商毅也迅速作出計劃，隻以少量兵力駐守在南京城裏，守住幾個關建的要點，在清軍進攻時，可以適當棄守幾處城門，把淸軍放進城裏來，並且利用城市內的街道要點地區和自已對南京環境的熟悉，和淸軍打巷戰。