商毅收成進的作戰計劃時，己經是二十九日了，而時間很快就到了弘光元年（1645年）的最後一天。商毅在清早送別了黃震的艦隊之後，也開始布置南京守衛，準備參加今天的除夕晚宴。
商家軍的第四、五分艦共有戰船四十八艘，分別是三級巡洋艦十艘，四級驅逐艦十二艘，五級護衛艦八艘。一千料輔助戰船四艘、六百料輔助戰船十艘。二百料飛剪船四艘。巡洋艦的噸位一般都在八百噸左右，而長江下遊一帶的江寬河深，足以保證航行了。
離開了南京的金川門之後，黃震指揮著船隊一路逆江而上，行駛了大約有一個時辰，經過了秦淮河的長江入口，龍山船廠是位於秦淮河的西岸，現在雙方在長江的勢力基本是以秦淮河的長江入口為分界，上遊屬於清軍，下遊屬於商家軍。
因此商家軍的船隊一接近秦淮河的長江入口，就被清軍的巡邏船隊發現，然後立刻通知給清軍的水軍大營。
現在淸軍已征集到各種船隻約有四百餘艘，數量雖然是不少，但基本都是二三百料的小船，最大的也不過五百料，連一百料也有，甚致連一些純靠劃漿為動力的小舟的都有不少，水軍有一萬餘人。
付責管理水軍的清軍將領叫金朔，是漢軍鑲紅旗的一個甲喇額真，清軍並沒有專業的水軍，這支水軍完全就是為了應付這一場戰場，另時組建的，因為無論是滿旗還是漢旗，都是北方人，不習水戰，因此水軍基本都是由明降軍組成，鋪以少量漢旗的將領指揮。其實就是明降軍，也都不是什麼專業的水軍出身，隻要會遊泳就行了。反正清軍也不打算組建一支專門的水軍，隻要攻下了南京之後，這支水軍的任務也就結束了。
得知商家軍的船隊從水上進攻過來，金朔也不敢大意，因為在二天以後，清軍曾派出過一支船隊從水上進攻南京，結果雙方剛一接戰，就被商家軍的戰船打得落花流水，被擊沉了十七艘船，損失了近千名士兵。居逃回來的敗兵說，商家軍戰船數量雖然不多，但十分巨大，而且每一艘船所載的火炮數量極多，火力極為犀利，淸軍的戰船根本就無法靠隴過去，就被火炮給擊沉了。那麼這一次商家軍主動進攻過來，一定是來者不善，因此金朔一麵派人飛報給阿齊格，一麵也調集船隊出擊迎戰。
有了上一次的教訓之後，金朔也知道，單以戰船的實力，清軍肯定不是商家軍的對手，這幾天的時間裏，金朔也惡補了一點水戰的知識，因此唯一的辦法就是以數量取勝，采用群狼戰術，幾艘船去圍攻一艘船。爭取靠近商家軍的戰船，施行登船作戰，利用人多的優勢取勝。
因此這一次金朔帶領了二百三十多艘船出戰，其中四百到五百料的約有八十餘艘，二三百料的有一百餘艘，一百料以上的船有五十餘艘，這己經是淸軍所能派出的最大規模船隊了，至於一百料以下的船，就是派出去也是當炮灰的命，還不如留在船廠裏。
但二百多艘戰船的調動可也不是一件容易的事情, 何況清軍的水軍基本都業餘級的，等清軍的所有戰船都駛出了龍山船廠之後，還沒等他們列好陣勢，商家軍的艦隊也已經駛過秦淮河的長江入口，接近了龍山船廠的江麵上。因此也不容金朔有多餘的時間布置，隻好立刻下令各船進攻。
雖然清軍的戰船布置得雜亂無章，但二百三十多艘戰船全部排開之後，足可以將千餘步之內的江麵全部都鋪滿，因此看上去的架式還是十分嚇人的。
黃震把第四分艦隊的指揮艦天智號，當作自已的旗艦，這時也已經在船樓上看清了清軍的水軍，雖然清軍的戰船布滿了整個長江江麵之後，但黃震卻忍不住要笑出聲來。畢竟經過了連續幾次海戰之後，黃震基本能算一個合格的海軍指揮官了，以他專業的眼光來看，清軍的水軍的船隻數量雖然多，基本上就是一群烏合之眾，完全就是在江上放好的活靶子，等待著商家軍來打。
而且通過望遠鏡，黃震也可以清楚的看到，清軍的所謂戰船，其實不過就是一些商船、客船，絕大多數都沒有什麼船載武器，隻有少數戰船上會裝了一二架弩槍，而裝配了火炮的戰船，大約隻有十幾艘，基本都隻有一二門火炮，可以說清軍的全部火炮加起來，也沒有自己這艘天智號一艘船的火炮多。天智號裝配的火炮是七十四門。