商毅帶領著士兵保護著眾官員以及宮女、太監，還包括朱由崧的兩名嬪妃，以及朱由崧和朱師成的遺體，從皇宮西安門出了皇城，正好這時段鵬也帶領著人馬，分別從西安門外大街和珍珠樓西十八街趕到了皇城的西城牆邊。
雙方碰頭之後，商毅立刻命令段鵬布置防線，準備迎戰清軍，然後招集所有的官員，道：“各位大人，現在清軍己經殺入了南京城，皇城恐怕是守不住了，但我們不會讓清軍這樣輕意就占領南京，一定會和清軍死戰到底。現在隻有西北地區有商家軍駐守，隻要是過了鍾鼓樓，就可以保護大家的安全，因此大家都向西北地區轉移。”
這時有一個官員道：“商督師，我的府邸現在都在南城，我回去把家小都接出來，再向西北地區轉移，你看可以嗎？”
他這麼一說，其他人也紛紛道：“是啊，是啊，我的家也在呀，家裏的人都在府裏等著，我們要把他們接出來。”
商毅也點了點頭，道：“好吧，要去接家人的都快去吧，不過現在淸軍己經進了城，大家都要小心，接到家人之後，都到鍾鼓樓來聚集，我會安排人手在那裏接應大家。”
說完之後，眾官員連同不少太監，呼拉一下就散了一大半，本來一起出皇宮的，有近二百人，現在隻剩下三四十人沒有走。在官員之中, 隻剩下六七人，不過其中包括史可法和吳甡在內，因為他們的家人都不在南京，因此也不用顧及府裏。另外還朱由崧的兩名嬪妃，加上宮女、太監等二十多名，以及明石姬帶著得玄皇教眾十幾個人。
商毅道：“史閣老，吳閣老，這裏馬上就要打仗了，你們先保護著皇上的遺體，退到鍾鼓樓去吧？”
史可法和吳甡也知道，自己留在這裏也幫不上什麼忙，而保護朱由崧的屍體也是大事，因此也答應了一聲，帶著其他人離開。商毅又從自己的衛隊裏拔了一個排出來保護他們撤離。
等史可法等人都撤走以後，商毅才開始安排兵力，現在商家軍的兵力分布：是李定國部駐守在南京西邊的莫愁湖，守衛著石城門和三山門，一個步兵旅駐守在聚寶門，留守在南京城裏的，隻有特種兵旅。
城裏駐守的兵力，顯然是不夠的，而現在聚寶門是清軍的主攻方向，不能從這裏抽調人馬，因此隻能派人，從李定囯的第九師抽調一個團來，增援南京城裏的駐守兵力。
從南京皇宮西門到鍾鼓樓一帶是南京城的中部城區，也是最繁華的地區，這一帶的街道縱橫交錯，岔口眾多，密如棋盤，並不是一個好駐守的地方。商毅在計劃南京巷戰的時候，是把這裏當戰場，而不是據守點。而且現在隻有一個旅的兵力，更不可能守住了。
但原計劃以皇城和鍾鼓樓互為犄角的巷戰布局，也因皇城的失守而被破壞，因此也不能輕易就把這一塊中心區輕易就放棄掉，因此商毅下令將全旅分散成以營為單位，分別以府軍右衙、珍珠橋西十八街，西安門外大街，常府街、馬府街、中正街、太平裏這七個主要的街道、地區為主要駐守點。而商毅和段鵬帶著剩下的一個營以及商毅的衛隊，在花牌門樓橋一線駐守，做為預備隊。並且把臨時的指揮部設立在上元府。
商毅剛剛把防守的兵力分派完，隻有西安門外大街和珍珠橋十八街這兩條街布置好了防守的兵力，其他幾個街道和地區的駐守軍隊才剛剛出發，清軍就以經從皇城中殺出來了。因此商毅也立刻下令，駐守西安門外大街的特種兵營立刻出動，向清軍發動進攻，以吸引清軍的兵力，好為其地各路軍隊進入自己的防區蠃得時間。而預備隊馬上在街上布置防守陣地，準備接應。
淸軍也是從皇城的西安門裏殺出來的，在今天晚上，清軍由主將韓岱率領，同時從正陽門和朝陽門，向南京發動了突然進攻，雖然駐守這兩門的黃得功率領本部人馬，進行了頑強的抵抗，但這時清廷潛入南京細作的另一部份人員，也城裏開始行動，首先在朝陽門內發動襲擊。
雖然皇城裏的細作在和商家軍的戰鬥中，處處受製，但在其他明軍的戰鬥時，卻打得心應手，充份發揮他們個人武力出眾，近戰能力強的優勢，很快就朝陽門打開了缺口，清軍趁機也在城外發動猛攻，首先攻破了朝陽門，然後分兵兩路，一路由東安門攻入皇城，一路沿城牆來支援正陽門的人馬。
因此守衛正陽門的人馬同樣也抵擋不住，立刻棄守了正陽門，而黃得功也帶領著人馬，由通濟門逃出，沿著秦淮河向東敗逃。