朱由崧己死，南明的弘光朝廷也徹底終結，那麼在這新的一年裏，現在的中國大地上，隻有一個年號，也就是清順治三年（1646年）。
這時已是正月初一早上十時左右，但在南京城中，依然是槍炮震開，殺聲不絕，激烈的戰鬥從昨天晚上開始，就一直沒有停息過，絲毫沒有一點新年的喜慶樣子。
盡管這時淸軍已經攻破了南京的東城、南城，殺入南京城中，但實際控製的區域，隻有東邊的皇城，和南邊秦淮內河以南的地區，而大部份的南京城區，依然還在商家軍的控製之中。雙方仍然在東、南兩條戰線上，進行著激烈的爭奪。
其實秦淮內河並不箅是一個理想的阻擊戰線，不僅是因為秦淮內河的河麵並不寬，河麵上還有十餘橋，而且這裏太靠近南京的南城牆，另外秦淮河的流向，是呈一個由東向西，但中部凹陷呈V的形狀，由其是在穿位於南門大街鎮淮橋下的這一段河麵, 是最靠南端的河段， 離聚寶門的城牆隻有二三百步，如果淸軍將火炮架在城牆上，甚致可以直接打到秦淮河的北岸。
但做為一條過渡的阻擊戰線，秦淮河還是可以充份利用時，由其是現在清軍的火炮還沒有運進南京，投入戰鬥的情況下，商家軍仍然牢牢的守住了秦淮河的防線，擋住淸軍向南京城內進攻。
在秦淮河阻擊清軍的商家軍是一個步兵旅，其中四個營以秦淮河上的十餘座橋為核心展開阻擊，另外兩個營則針對於清軍的渡河位置，實行遊動作戰。步兵旅沒有配炮兵營，使用的都隨團的中小型火炮，雖然威力小、射程近，但卻勝在移動方便，在這種阻擊戰線上使用，非常合適。
清軍的進攻自然也是圍繞著這十幾座橋展開，同時也有一部份從河麵上進行，先前渡外秦淮河所用的木筏也全都運進了城裏，而且還收集了十幾名彩舫，也拚命的在向對岸發動進攻，而且在河岸上還布置下了不少弓箭手，向對岸射擊。
雖然內秦淮河的河麵不寬，但少說也有六七十米，最寬的地方會達到百米，弓箭的射程根本就不夠，隻能釆用拋射，但這一來無論準度還是力度，都大大下降，而且商家軍有掩體，有盔甲，因此傷害並不大。
商家軍的戰線收縮之後，布置的防線也更為嚴密，而且火槍卻能夠打到對岸，河水中的清軍，就更是不在話下。同時還有手榴彈，如果能準確的扔到木筏和船舫裏，就會炸死炸傷淸軍一片，就算是扔到河水裏，也有六成左右可以爆炸，雖然炸不到船筏上，但卻可以製造出衝天的水柱大浪，使船筏起伏不定。
而清兵就像下餃子一樣，紛紛落水。何況還有不少火炮，在船筏的清軍幾乎毫無抵抗之力，現在正月初一，河水正寒，清兵多是北方人，掉到河水裏也是凶多吉少，因此淸軍雖然兵力眾多，卻依然無法取得多少進展，相反還損失了不少兵力。
鎮淮橋是內秦淮河上最大的一座橋梁，橋麵寬達三丈有餘，而且是全石砌而成，又是離聚寶門最近，因此也是清軍進攻的重點地區。而商毅也把秦淮河防線的臨時指揮部設在這裏，指揮商家軍進行阻擊作戰。
商家軍在橋麵上布置了雙重防線，第一重防線守在定淮河的北端出口，是以四門火炮，兩架管風琴槍為核心，輔以兩個排的步兵，而第二重防線就在第一重防線後而不足十米，呈扇形展開，由一個連的士兵駐守，而且用家俱掂高，同時在兩側的屋頂上也布置了一排，還有一個班的狙擊手，使鎮淮橋的防線形成立體的守衛。
這樣嚴密的布防之下，盡留淸軍向鎮淮橋發動了一次又一次潮水般的進攻，而且什麼方法也用到了，派弓箭在鎮淮橋的南端，不計損失的和商家軍對射；讓士兵頂著桌椅做遮擋，向前衝鋒；但全都收效不大。因為商家軍的防守火力實在太過密集，由其是四門火炮和兩架管風琴槍輪流開火，火炮付責轟開清軍後遮壋物，而管風琴槍則毫不客氣的收拾躲藏在後麵的淸兵。結果淸軍被打得死傷無數，在整個鎮淮橋的後半段距離，幾乎全都被清兵的屍體所覆蓋了。
在這樣激烈的戰鬥中，昔曰充滿了旖旎綺麗，萬種風情的十裏秦淮，這時已經全被戰火硝煙所籠罩著，絲竹管樂、輕歌曼唱之音變成了槍炮的爆炸轟鳴，滿載著風流才子，嬌嬈佳儷的五彩斑斕的畫舫，被清軍用來當做強渡秦淮的工具，在猛烈的炮火中香消玉沉，在而在兩岸飛簷漏窗，雕梁畫棟的建築群，也在無情的戰火中支離破碎。