商毅帶領著人馬從杭州出發, 沿路都可以看見來往不絕的民夫車輛, 都裝載著各種各樣的物資，排著長長的隊伍。雖然跟隊押運的軍隊並不多，但秩序井然，並沒有出現混亂的局麵。
而且幾乎所有的在許多車輛上都插著各種顏色的旗幟，或者貼著標語，寫著“恢複中華、驅逐韃虜”，“收複南京，打敗滿清” 等字語。沿途還有不少年輕人在大聲鼓勵民夫們努力，把物資盡快送到前線去，為抗擊清軍，保衛家園貢獻自己的一份力量。
看到這些情景，也讓商毅十分滿意，看來宣傳組織工作確實做得十分到位。
三天之後，商毅的一行人馬到達南京外城的小安徳門附近，成進的第一軍己經在這裏紮下了大營。這時其他各路人馬也都基本到達了自己的陣地。
南京分內外兩城，內城才是真正的南京城區，城牆都是用米湯、蛋清調灰燒製的青磚砌成，高大寬厚。而外城實際是一道不高的土圍牆，而且連續長達一百餘裏。
這時清軍在南京城中的總兵力約有九萬左右，其中滿旗和三大營的人馬約有兩萬餘人，漢軍和綠營約有二萬六七千人，其餘全是其他降軍。主要的將領有：屯齊、鼇拜、滿達海、劉之源，李思忠、士彥、郝效忠等人。另外有各種火炮二百七十餘門，火銃一萬餘杆, 霹靂火箭六百餘簡，震天雷六千多個。
自從商家軍對南京地區的合圍完成之後，多鐸也知道大勢不妙，於是也在南京城內開始布置準備守城的計劃，雖然說清軍的兵力確實不算少了, 但南京的地區實在太大，而城牆又太長，清軍的兵力仍嫌不足，根本不可能把防線擴大到外城一線，因此多鐸也決定把南京的外城全都放棄，把防線布置在內城和內城的外圍地區，集中兵力駐守。
清軍占領南京時，南京城裏的居民隻有七八萬，經過了近一年的時間發展之後，現在南京城裏的居民也已經接近到二十萬，雖然離正常時期還相差甚遠，但也恢複了幾分元氣。而這時多鐸也下令在南京城內實行軍管，所有人員一率聽從清軍調度，所有糧食、財產、物資也全都交出來，由軍隊統一分配，違令者立斬。
為了彌補清軍的兵力不足，多鐸首先下令將城中的居民十五歲以上，四十五歲以下的男孑全部都編組成軍，一下子就擴充了近五萬人，發給武器，進行短期訓練，平時付責修築工事，在商家軍進攻時，也要全都參加戰鬥。同時也把年輕婦女都組織起來，付責做飯洗衣照顧傷員等後勤事務。
同時多鐸雖然沒有勇氣放商家軍放進城裏來打巷戰，但對南京的防守也布下了三道防線，第一道是在南京的城牆外，依托城外的山河湖泊布置，主要集中在二湖二山一壇，二湖是指莫愁湖和玄武湖、二山是指神烈山和聚寶山，一壇是指東南角的天壇。
多鐸下令，由郝效忠守聚寶山；李思忠守莫愁湖、佟岱守神烈山、土國寶守玄武湖、夏成德守天壇、在這五處駐點都派駐了一萬人馬，另有五千民兵駐守，不過人馬中隻有滿漢軍各一千五百人，其餘全是降軍，當秸其中包括有三十門火炮，一千支火銃等武器。並且修築了大量的防禦工事。
第二道防線就是南京的城牆，這也是多鐸寄於了厚望的一道防線。
而第三道防線是在南京城內的皇宮，同時也在南京城內的各條河流邊上，主要的街道上也都修築防線，準備等商家軍攻入南京城裏之後，一麵守衛皇城，一麵和商家軍進行巷城。這一點多鐸到是參考了不少在十個月以前，商家軍守南京時的做法。
多鐸的且地是首先利用降軍和民兵在城外消耗商家軍的兵力，並且拖延時間，而將最精銳的滿漢旗主力軍留在城內駐守，爭取堅持到援軍趕來。按多鐸的預計，如果有援軍的話，在一個月左右的時間，應該是能夠趕到南京來的，因此多鐸分派的計劃是每一道防線都要守住十天，加起來也就是一個月。要是一個月之後還不見援軍，那就隻好殉城而亡了，反正到了這一步，多鐸也做好了最壞的打算。
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由於這時南京城裏實行了軍管，一度恢複了幾分往日繁華的秦淮河也再度冷清起來，開張了幾個月的酒樓妓院也全都關了門，夥計都被編入軍隊，準備參加戰鬥，而妓女們也都全被監管起來，付責後勤事務，當然年輕貌美的都被有頭有臉的將領拉回去暖床。
雖然紫明樓有墨經緯和紫玲瓏罩著，到是逃過了被清軍征調的命運，不過這個時候顯然已經無法再繼續營業下去了，因此也關張停業了。除了摩門的弟子以外，其他人也都被遣散回家。好在是樓裏到是積攢了不少食物和酒，還能夠保證幾個月的生話。