就在多爾袞招見洪承疇的當天,遠在數千裏之外的杭州,商毅也招集自己集團各部門的主要付責人，招開會議，討論浙江集團下一步的發展方向。
首先要確定的，是自己集團下一步的路線，是繼續以軍事擴張為主，還是以恢複發展為主。在這一點上，大多數人都認為，應該暫時停止軍事進攻，先恢複一段時間再說。
這一點商毅從原則上來說，也是同意，商家軍的戰鬥力雖然強，但畢竟自己現在隻有浙江一個省、山東、江蘇的部份地區，基礎畢竟不厚，也難以再擴大戰爭。因為打仗不僅僅是動用軍隊，同時還需要征調大量的民役，這次收複南京的戰鬥，投入的軍隊在十五萬左右，而前後征調的民役卻超過了四十萬，而這些民役都是主要的社會生產力，被征調參戰必然會影響到社會生產。雖然現在商毅還有大量的庫存白銀，但白銀畢竟隻是一種貨幣媒介，不能當飯吃，如果社會生產跟不上去，一樣沒有用。
因此先停止戰爭，把新占領的地區穩固下去，恢複農業生產，發展經濟，積累再豐富一些，然後再進一步擴張，也符合現在的情況。而商毅也把恢複發展的時間，定在三年左右，按照現在的自己積累的行政經驗、資源和經濟條件，三年左右的時間，完全能夠穩固住占領的地方，並且積攢下足夠的物資，然後再向清廷發動進攻。
從現在的外部情況來說，南方的三個南明朝廷基本都是不思進取的貨，而且隻要是稍一穩定下來，首先開始的是內鬥而不是對外，也不足以對自己構成什麼危脅；而北方的清廷經過了這一次慘敗之後，至少在五年以內，難以再對南方發動大規模的軍事進攻，這也給自己提供了一段難得的停戰發展時間。
當然商毅也知道，對清廷來說，也同樣需要時間來恢複，雙方實際上就是在比誰恢複得便快一些，更早的作好發動下一次戰爭的準備。不過在這方麵，商毅到是有充份的信心，雖然自己最終占領的地區，可能還不到清廷的一半左右，但都是經濟發達，物產豐富的地區，而且各方麵的基礎也比清廷要好得多，因此發展速度絕對會比清廷快，完全可以比清廷搶先一步做好戰爭的準備。
但恢複發展並不等於完全停止戰爭，首先是江北的湖北、淮南還沒有取過來，無論是個戰略還是經濟發展的需求，這兩個地區都是商毅誌在必得，因此要不惜一切代價將這兩個地區奪取過來。而且即使是把目前所有的自標都實現以後，在局部地區，如果出現了比較好的時機，仍然也不要放過機會，堅決出擊。一方麵是可以逐步擴大自己的占領地區，另一方麵也是給清廷製造一些麻煩，不讓他們這麼輕輕鬆鬆的恢複發展。不過戰爭的規模盡可能的控製在一定的範圍以內，在這方麵由**部來根據俱體情況來決定。
另外就是如果清廷或都是南明的勢力，主動向商毅發動進攻，這種情況也不是不可能發生的，那麼也就講說不起，當然是盡全力奮起迎戰了。
眾官們也都同時商毅的意見，畢竟現在還是亂世期，並不是從容恢複發展，休養生息的時候，應打的時候，還是要打。
這一點通過之後，接著就是確定占領地區的行政組織結構。現在商毅的占領區大體是分兩塊，就是以浙江為核心，包括江蘇部份和台灣、另一塊就山東地區。而在行政組織結構，除了山東地區以外，其餘的地方都沒有省級行政，最高隻到了府一級，然後由杭州行政部來統一管理。
但現在商毅實際己經占領了三個完整的省，如果實現了收複南京的後續目標，將基本占領六個省，加上山東和台灣，實際有上八個省，因此府一級的行政單位顯然是不能適應現在的情況，必須建立省一級行政單位。
在中國古代，自宋代開始，由於吸取唐代藩鎮割據的教訓，害怕地方勢力擴大，因此不在設立正式的地方省級行政單位，但為了便於地方的管理，在必要的時候，由中央臨時派出官員，統管一省或數省之地，宋元時期的這種省級官員稱為安撫使或宣撫使，而在明清時，則是巡府或是總督，實際就是變相的省長。
但這種官職設立的隨意性仍然很大，雖然到了明中後期，各省巡府，己經成了常設職務。但從理論上說，仍然屬於臨時性的官職，而且官員的任職時間，地點也不固定，因此不利於地方行政的延續。同時就是巡府的設置，也不穩定，有的大省會分割出二到三名巡撫來。