從蘇州剛回到杭州，商毅就收到江北的消息，清軍正在從安慶、廬州、鳳陽等江淮的各地區進行大規模撤退。
本來這是一件好事，清軍主動撤出江淮地區，也省了自已許多事，但清軍並不是一次單純的退軍，而是一次破壞性的撤軍。
這種做法在過去清軍也經常做，在清廷未入關之前，一共發動過五次對明朝的進攻，毎次都深入明朝境內，大肆燒殺搶掠，而在撤退的時候，不僅會虜走大量的人口，還會毀盡所過的一切城地，帶不走的人口則全部殺光。不過這一次清軍改變了過去撤軍屠城的做法，在毎撤離一個城市之前，清軍會首先將百姓手裏的糧食、銀錢盡量全部收走，然後將百姓全驅逐出城，然後放火將全城燒光，但卻並沒有屠殺百姓。
不過沒有屠殺百姓，並不表示清廷變得仁慈了，而是在學習商毅的做法。商毅在突襲遼東的時候，也是釆用的這種做法，毀城留民，結果在遼東地區造成了大量的難民。也使商家軍撤軍之後，清廷仍然不得不在遼東駐守大量軍隊，以防難民變成暴動。而現在清軍在江淮地區，也來了一個以其人之道，還治其人之身。也在江淮地區製造出大量的難民來，目地就是為了牽製商毅的精力。
在收複了湖北之後，商毅也曾想過，清廷有可能會放棄江淮之地，把人馬都撤到淮北去，但最終認為這種可能性並不大。“不計較一城一地的得失” 這句話說起來雖然輕鬆，但做起來卻不是那麼容易，主要撤地，不僅會大傷軍心士氣，而且也會在本國承受巨大的輿論壓力，商毅當初敢放棄南京，那是因為當時南京本來也不是自己的地方，而到了後來南京失守，商毅可不敢放棄任何一塊浙江的地區了。因此商毅也並不認為，多爾袞敢有這麼大的氣魄。
但現在看來，商毅的判斷顯然是出現了錯誤，事情並沒有絕對，清廷偏偏就放棄了江淮，而且還是最極端的做法，毀城留人，製造難民。因此商毅也不禁苦笑了起來，真是應了那一句話，出來混，都是要還的。不過商毅還是有些納悶，難到多爾袞真的就不怕承擔這個後果嗎？
但就像清廷不可能放任遼東不管一樣，商毅對江淮地區本來也是誌在必得，因此同樣也不能不管，明知是一塊燙手山芋，也不能不拾起來，收拾清軍就下的亂攤子。盡管江淮地區離浙江很近，商毅手頭上還有相當的存糧，隻要是救濟得極時，還是可以穩定住江淮地區的局麵的，但也至少花四五個月的時間。
而且江淮地區包括安慶、廬州、鳳陽、淮安四府，曆來都中國的人口稠密地區，在萬曆年間，總計人口達二百七十餘萬，雖然現在幾經戰亂，大約隻剩不足一半，但也不是一個小數字，足以耗光目前商毅存餘的糧食物資，也就是說，就算把江淮地區穩定下來，至少在今年，商毅基本是不可能發動五萬人規模以上的戰爭了。而等到明年的時侯，清軍估計也能夠緩過了這口氣來。因此也不得不說，清軍的這一計用得確實很高明。
不過事情己經發生了，後悔牢騷都沒有用，隻能去積極麵對現實，好在也算是把江淮地區得到自己手裏了，並非是一無所獲。因此商毅下令，第一軍立刻向江淮地區進軍，駐守揚州的部隊馬上進駐鳳陽府；駐守和州、滁州的部隊進軍廬州府；駐守江南的部隊進駐安慶府，一麵接管地方，維護治安，穩定住百姓，一麵追擊清軍，將清軍的破壞活動降到最低。
同時又命周少桓領第四軍立刻占領淮安府，然後向徐州地區發動進攻，迫使清軍收縮兵力，盡快撤軍。而湖北軍區也由黃州府跨過大別山，向河南府的汝寧州地區發動進攻，也是牽製清軍的兵力。
隨後又命行政司立刻安排人手，分別向江淮地區運去大量的糧食、鹽、帳蓬等生活必用品，以免引起難民暴動，但對己經發動暴動的難民，則要給予堅決時打擊，絕不能手軟。如果人手不足，就從湖南、江西地區抽調一部份軍隊。
周士奇、王夫之等人也深知流民的危險性，一但處理得不好，就容易引發大規模的農民起義，說起來明朝其實就是毀在流民，因此也都不敢怠慢，立刻開始布置起來。
一直到一個月之後，商毅連續收到了北京發回來的情報消息，才知道這次清軍的江淮大撤退，其實是有著非常複雜的政治鬥爭背景的。
原來丟失了湖北之後，濟尓哈朗退守到南陽，這個時候他己經完全明白，自己根本不是商家軍的對手，湖北、江淮本來就是守不住的地區，自已被派南下督師，根本就是自找罪受，反到是替多爾袞承任了這次失敗的罪名。因此濟爾哈朗也是又氣又恨，但心裏也明白，自己想借南征慘敗來扳到多爾袞的計劃，己經徹底失敗，在連失湖北、江淮之後，自己想取代多爾袞是根本就不可能的事。於是也主動上奏朝廷，為自己這次失敗請罪，並表示自己願意退歸林下，永不問事。其實就是向多爾袞認輸了。