這時商毅收到琉球發來的消息時候，永安朝廷派來的代表張煌言和尚之孝己經到達了南京，紹武朝廷那一邊的代表鄭鴻逵和顧元鏡也己經出發了，而永曆朝廷也正式答複，也將會派出使臣到南京來參加會談，現在就等著三方的代表到齊。
因此就趁著這個空閑的時候，商毅也開始布置打擊日本的軍事計劃，前一段時間，曰本正式關閉了大阪的商館，同時又扣壓了中國的商船，抓捕了中國的商人和船員，經過了［杭州時報］的大力報導之後，在江浙一帶也引起了不小的憤慨。
這個時侯的中國人對日本雖然並不仇視，但都帶有一股天朝上國的敖視心裏，加上這幾年來商家軍在海上幾乎所向無敵，兩敗西班牙，收複台灣，進軍琉球，大敗曰本薩摩藩，雖然沒有打出保護商人的旗幟，但也使在海外經商的中國商人揚眉吐氣，腰杆也直了不少。
而在連續開通了日本和馬尼拉的通商直航之後，雖然時間並不長，但卻給中國商人帶來了明顯的利益，有不少人都準備加大投資力度，大幹一場，而小小的日本雖然敢拒絕和中國通商，而且還敢扣壓中國的商船、抓捕人員，當然引起了不少人的憤怒。至少在民間，有不少人都認為應該好好教訓日本一頓了。
另外在商毅的暗中安排下，被曰本抓捕的中國人的妻兒老小等家屬、以及家人、夥計、學徒等也聯合組織起來，到南京來商毅政府請願，請南京政府出來，幫忙救回自已的親人。而商毅也和行政部的官員們親自出麵，接見了請願的代表們，並且表示南京政府將會盡全力解救被日本抓的人員。
再加上［杭州時報］在背後推波助瀾，對日本的反感情緒的進一步擴大起來。就連一部份官員也都覺得曰本人做得確實有些太過份了，不願和中國做生意就算了，幹嘛扣船抓人呢。
在商毅的政府內，正統士大夫出身的官員並不多，相反由於江浙地區的商業發達，大多數的官員都和商人有著千絲萬縷的聯係，因此在商毅的統治區內，商人有較高的政治地位，在商毅的政府裏，也有一批商人利益代言人，不過這股力量並不算大，還沒有能左右政局的地步。
雖然在這時，商毅己經下令海軍部開始準備對日作戰，但在南京政府中，還沒有提出對日本進行軍事，隻是把這做為一種解決問題的手段之一。而更多人則傾向於先向曰本幕府提出抗議，然後看日本幕府的態度，再作打算。
但就在這時，又傳來日軍襲擊琉球，占領了首裏城，並且下令驅逐所有中國人的消息。
這一下在商毅的統製區裏頓時開了鍋，因為現在的琉球相當於是商毅的藩屬，日本就這麼悍然的出兵，襲擊了琉球、占領首裏城，還要驅逐中國人，實在是太有些是可忍、孰不可忍了。而且琉球與曰本直航不一樣，杭州和日本直航通商才三個多月，大部份的商人在這裏麵都沒有什麼利益，但琉球己經被商毅控製了三年多，許多江浙商人都在琉球設立了自已的分店，不僅牽扯到巨大的經濟利益，同時還有大量的人身安全。
而且隨後又發回消息，大約有一千五百餘名中國人被困在琉球的軍營裏，被曰軍團團包圍，危在旦夕，急需援軍解救，而琉球被困人員的家屬再一次聯名向南京政府上書，這一次也明確提則,請求政府出兵琉球, 解救自己的家人。因為這一次被困的人員數目更多，因此上書的人數是上一次的十數倍之多，同時在浙江還有一批商人也表示，隻要商家軍出動，他們願意聯合承擔這次出兵的軍費。
［杭州時報］再一次扮演了搖旗呐喊，推波助瀾的角色，而且這次也直言不違，認為商家軍應該出動，救援琉球，解救中國商人，並且狠狠教訓日本一頓。
［杭州時報］一直都是商毅政府的口舌，因此不少人都從中嗅到了一絲火藥味, 在行政都招開的會議上，也有人正式提出，如果條件允許，應該出兵。
費了這麼多事，其實商毅等的就是這一刻。盡管商毅決定，以武力打開日本的國門，迫使日本開國通商，這也是後世列強慣用的手法，而且還堂而皇之的冦以維護本國利益的名議。
但商毅知道，自己現在並不能以通商為理由，對日本用兵。一來是現在中日直航通商的利益並不大，中國的損失也沒有到要用戰爭來解決的地步，二來雖然說在自己的政府內部，隻會滿口仁義道德的衛道士並不多，而且在中國曆史上也不是沒有純侵略別國，而發動戰爭，但是為了要和別國做生意而發動戰爭仗，在這個時代來說，是絕對不可想像的。