查孔畢竟是職業軍人出身，雖然報仇心切，但也沒有喪失理智，南京商館在巴石河北岸，而馬尼拉城在巴石河南岸，而且生理人的軍隊也並不是向之前想像的那樣不堪一擊，因此這場戰鬥也許會持續好幾天時間，也必要在巴石河北岸設立一個臨時的指揮部，來指揮戰鬥，還要存放軍需物資，由其是火藥，菲律賓的天氣指不定什麼時候下雨，一定要好好保存。
在巴石河以北，比農多西側，有一座名叫德爾×蒙塔的修道院，是奧古斯丁會所屬的一所修道院，離南京商館大約有十餘公裏左右的路程，正符合查孔的要求。而大主教也沒有意見，為了消滅異教徒，修道院當然可以供給軍隊駐紮。另外總督大人和大主教也都需要一個舒適的休息地方。
等大軍到達修道院之後, 查孔和弗朗西斯科發現, 在修道院裏，居然有二百多名華人難民在這裏避難，查孔本來就憋著一肚火，一見這些華人自然不會放過，立刻下令，將所有的華人全部都抓起來，立刻執行槍決。而弗朗西斯科則嚴厲的將修道院的付責人馬丁內斯修士狠狠斥責了一頓，說他包庇異教徒，違背主的意願，並命令教會的執法人員將馬丁內斯抓起來，等戰事結束之後，交給奧古斯丁大教堂的宗教審判所審判。
盡管華人們一再苦苦挨求，而且不少人都拿出了佩帶的十字架，聲明自己是虔誠的天主教徒，但總督和大主教都不為所動，依就將修道院裏二百二十七名華人全部殺害。而且大主教還義正詞嚴的對華人表示，他們死了以後，靈魂可以得到升華，下輩子就將成為一個真正的天主教徒了。
解決了修道院裏的事情之後，查孔也覺得氣出了一點，因此這才下令，命待從兵在修道院駐守，並且付責運送物資，自己和大主教帶領著大軍，向南京商館發動進攻。
人馬大約走了半個多小時，來到了南京商館的正北麵。
其實馬尼拉城裏的大軍一出來，就被瞭望塔上的士兵發現，隻是沒想到西班牙軍繞了很大一個圈，才殺到商館這邊來。不過這時中華軍士兵也做好了充份的準備。由兩個連防守正北麵，東西兩麵各設了一個連防守，各種武器也都架在院牆上。
本來剛到商館的時侯，中華軍就沿著院牆外側挖了一道戰壕，但沒想到這一場大雨，戰壕裏都集滿了雨水，根本就不能再使用，不過到是可以當防城河使，這一番努力到也沒有白廢。同時也對圍牆加強了保護，在圍牆的內外圍，都用泥砂袋堆原了三尺多的一圈，現在整個圍牆的厚度己經超也了兩米，就是用重型火炮來轟擊，也能夠堅持一陣子。
查孔看了看商館的防守布置，立刻命令阿諾基三世，讓他下令邦班牙土著兵，率先向商館發動進攻，當然也是為了試探一下中華軍的防守力度。當然他也不忘給阿諾基三世作出承諾，攻下商館之後，商館裏的財物將分一半給邦班牙部落。
盡管南京商館在馬尼拉設立了還不到一年時間，但創造出的財畗去十分驚人，阿諾基三世當然知道，在商館裏麵堆積的可全是好貨，如果能分到一半商館財物，可是一筆極大的收入，不禁可以購買大量的奢華物品，同時還能向西班牙人購買一批火槍。
因為得到西班牙人的支助, 阿諾基三世購買到二百支火槍, 組建了一支火槍隊, 作為自己的親衛隊,雖然西班牙人賣給他的, 都是老式淘汰的火繩槍, 但在土著的戰鬥中卻是很有殺傷力的武器, 如果能擴大親衛隊的規模, 以後在對他加祿人、伊洛戈人的戰爭中, 也將大占優勢, 甚致有可能將他加祿人和伊洛戈人都並入邦班牙部落裏來, 真正實行呂宋島的土著大統一。
因此阿諾基三世立刻下令，命令五百名邦班牙士兵，向商館發動進攻。
但就在邦班牙兵衝到離商館一百米以內的時候，槍聲響起，不少的邦班牙士兵都被打倒在地，而阿諾基三世在陣後親自拔刀督戰，催促著士兵繼續向前推進。
等邦班牙兵前進到距離商館隻有五六十米的時候，大約還有四百多人，但這時槍聲猛然密集起來，孑彈如同冰雹雨點一樣，向邦班牙士兵拔灑了過去，從先前猛烈了一倍不止，而邦班牙士兵傷亡的人數也大大増加，被壓製在距離商館約五十米左右的地方，幾乎一步都前進不了，屍體也密集得堆倒在這裏，形成了一條生死線。
中華軍的打擊倏然加強，也讓查孔大為震驚，以他的經驗來判斷，這致少需要千人左右的兵力，排成四段或五段連射的陣形，才能夠形成這麼猛烈的火力，生理人的軍隊會有這麼多人嗎？或者說生理人一直都在隱藏著自己的實力呢？