弗朗西斯科的行蹤其實是被他自己主動透露出來的。
馬尼拉城破之後，弗朗西斯科在阿諾基三世的保護下，逃到了邦班牙族的居地，然後和阿諾基三世聯名，傳信到呂宋島各地去，招號散布在呂宋島的傳教士一起發動聖戰，維護天主教的光榮，讓他們鼓動信仰天主教的土著們，共同抵抗中華軍的的侵略。
但奧古斯丁會的傳教士基本在馬尼拉城裏被中華軍一網打盡，逃出去的人不多，在呂宋島其他地區的傳教士甚本都是方濟各會或多明我會的傳教士，對大主教的命令，並沒有奧古斯丁會那樣奉若神明，另外也有不少傳教士都十分清醒，連馬尼拉城都被中華軍占領了，西班牙軍也全軍覆沒，靠當地的土著又能成什麼事，抵抗隻能是自取滅亡，還不如不抵抗，和中華軍的幾名傳教士聯糸，看看能不能有別的辦法。因此響應大主教號招的人並不多
而就在這時，耶穌會的傳教士也開始在呂宋島活動，向各個土著部落，以及在部落裏的傳教士說明，與中華軍作對隻是死路一條，投降才能獲得生路。中華軍可以保證對土著部落不予追究，而其他的傳教士隻會被驅逐出呂宋群島地區，也不會傷亡他們。但如果執意要和中華軍做對，等待他們的隻是死路一條，甚致是滅族之禍。
這麼一來支持大主教的人就更少了，有些本來己經決定支持大主教的部落，也立刻打了退堂鼓。結果隻氣得弗朗西斯科整天跺足捶胸，大罵其他的修會己經倒向了異教徒，不在忠誠於天主。
其實弗朗西斯科和阿諾基三世並不是笨蛋，當然也知道和中華軍對抗是死路一條。但他們更清楚，其他人投降或許都有活路，唯有自己就是投降也是死。
因為這次馬尼拉大屠殺事件中，弗朗西斯科是主要的策劃者之一，早就上了中華軍的黑名單。而阿諾基三世雖然沒有出麵，但邦班牙族也出力不可，受西班牙殖民者直接指揮的土著兵幾乎全部來自邦班牙族，加上以前邦班牙族一直都是西班牙殖民者打壓華人的主力幫凶，因此是怎麼樣也好不了，還不如拚死一戰。
果然就在幾天之後，中華軍的第二批船隊抵達了馬尼拉，又帶來了一個步兵團，這次出征馬尼拉的南京軍區第七軍第三旅也在馬尼拉聚齊。商毅也下令，以三旅為核心，輔以一千海盜和一千民兵，總計兵力九千餘人，進剿邦班牙部。
這個時候邦班牙部一共才三四萬人，雖然阿諾基三世將部族裏拿得起兵器的男子包括壯年女人全部都招集了起來，拚湊出兩萬多人，但在中華軍凶猛的火力麵前，人數上的優勢幾乎沒有任何作用，戰鬥連續進行了三天，邦班牙部的陣亡人數達到一萬五千餘人，終於全軍潰敗了而邦班牙部的營地也被中華軍占領，不過這時在邦班牙部裏，剩下的隻是一些小孩和老人。
而弗朗西斯科和阿諾基三世到是有足夠經驗，在戰場上見勢不妙，立刻率先逃跑了，這次他們逃到了中科迪勒拉山南部的一個他加祿部落，去尋求保護。可惜到了這個時候還有誰敢收留他們，部落酋長正愁沒機會向中華軍投降，這可是天上掉餡餅下來，立刻抓住他們兩人，送到馬尼拉城裏。
抓住了大主教和阿諾基三世，也宣告中華軍征剿邦班牙部落以全勝結束。商毅也立刻組織了一個調查團，對抓獲的傳教士、土著進行調查，他們在這次大屠殺中的行為，而對西班牙士兵則不問調查，全部處以死刑。
同時商毅也正式宣布將呂宋地區並入自己的版圖中，稱呂宋海外行省，直接受南京內閣管理。設立行政總督，管理省內行政事務，在行政總督以下，按南京政府的模式，設置其他各部門，管理事務。而在省下設市縣鄉，實行分級管理。
不過在目前階段，呂宋的各級行政機構不可能一下子就會部建立起來，還要逐步完善，因此商毅也不打算向呂宋省派遣官員，現在全部官員都從當地的華人中間選出，實行當地人自治。而呂宋行省的第一任行政總督，由商毅指定張庚秋擔任。
張庚秋在馬尼拉的華人當中就有比較高的聲望，馬尼拉戰爭結束之後，又得到進一步提升，由他出行政總督，也是名致所歸，而總督府以下的官員，也由張庚秋付責提名。
接著商毅又正式任命李華梅為中華軍駐呂宋軍區司令員，兼任呂宋艦隊司令員，軍街為少將。呂宋軍區直接歸屬於南京軍區管轄，屬於小軍區一類，行政級別相當於一個軍，而呂宋艦隊則歸屬於海軍部，與五大分艦隊同級。在馬尼拉地區繳獲的西班牙戰船，全部都劃呂宋艦隊，這一來呂宋艦隊的戰船數量達到了二十七艘，按海軍的戰船劃分，擁有三級巡洋艦二艘，四級驅逐艦十一艘，五級護衛艦七艘。輔助戰船七艘。