出訪英國的船隊是在二月十二日，從南京出發，隨行的還有李華梅等呂宋的駐軍。於二月三十曰抵達呂宋, 彙合呂宋方麵派出的人員, 一共六艘船組成船隊, 揚帆西行。
商毅也對這一些出航，舉行了一個盛大的歡送儀式，這是繼宣德五年（1430年），鄭和第七次率船隊出航西洋，二百餘年之後，中國首次由政府出麵組織的航海活動，同時也是中國曆史上首次主動派遣船隊，訪問歐州的航海活動，因此盡管這一次出航的規模，無論在船隻的數量還是出航的人數，都遠遠小於鄭和七下西洋中的任何一次，但這一次出訪英國的意義，對後來的影響力，以及曆史的評價，都遠遠得超過了鄭和下西洋。
而在若幹年以後，南京政府攻占呂宋群島和派出艦隊訪問英國，也都被認為是中國走行世界，參與大航海時代競爭的標誌。
從南京出航的船隻有三艘，分別是一千一百噸級福船，福山號，八百五十噸級三級巡洋艦天安號，六百二十噸級四級驅逐艦井木犴號。另外在呂宋群島方麵，也作好一切的準備，出動的兩艘船隻一艘為五百五十噸級，一艘為三百八十噸級。
這到不是說呂宋方麵沒有大船，而是因為商毅聽從了英國人的勸告，航海不能一味全是大船，也應該加入一定的小型船隻，雖然大船在穩定性，抗風浪的能力上要優於小船，但在某些危險海域，需要探路，或需要靠岸停泊時，小船要大船方便得多。這些可都是英國人百餘牟航海的經驗之談。
商毅對這次出航，也製定了詳細的計劃，首先是繪製從中國到歐州的航海路線圖。雖然商毅手裏有世界地圖，但世界地圖和航海路線圖還是有很大區別的。由其是在這個時代，由於蘇伊士運河尚未開通，東西方的航線必須經過整個非州，在非州大陸最南端的好望角轉彎，然後一路北上，才能到達歐州，整個航行時間約為七到十個月，就是走上一年，也不是不可能。
因此在途中有那些參照點，那些地方可以躲避風浪，那此地方可以停泊船隻休息，那裏能夠得到淡水和食物的補充等等，都是在航海路線圖上應該注明的。有了這樣一份詳細的航海路線圖之後，中國也就能夠自行與歐州通航，而不用英國人領路了。
另外商毅對這次出訪的目地，並不僅僅隻訪問英國這一個國家，而是應該爭取多訪問幾個歐州國家，首先是法國，雖然現在法國在海外還沒有多少勢力，但在三十年戰爭之後，法國己經成為歐州大陸最強大的國家，而且從此以後，一直都是歐州最主要的國家之一，因此這次出訪歐州，法國也是首選的要訪問的囯家。
其次是荷蘭與葡萄牙，荷蘭是歐州的新興國家，也是在南中國海地區最大的殖民者，同時在表麵上，還是南京政府的親密夥伴關糸，因此來到歐州之後，不去一趟荷蘭，怎麼也說不過去。
葡萄牙也是一個衰弱的老牌殖民國家，但現在葡萄牙還租借著中國澳門，另一方麵葡萄牙和西班牙之間的關糸是恩怨交織，十分錯綜複雜，因此也想通過葡萄牙，向西班牙遞交商毅的指控信，指控西班牙殖民者在呂宋屠殺華人的罪為，目地當然是試探一下西班牙對於失去了馬尼拉的態度，以決定是否出訪西班牙。同時也打聽一下岡薩雷斯家族的情況。
還有一個主要訪問的對像是羅馬教廷，當然首先還需要讓傳教士先去和羅馬教廷溝通，也遞交商毅對馬尼拉傳教士的指控。商毅估計，教庭應該比西班牙好對付，畢竟在這個時代，羅馬教廷己經勢微，對歐州大陸並沒有多少影響力，實際大國爭霸的工具，因此教廷多半會承認馬尼拉的事實，不管怎麼說，還保留了耶穌會，如果和商毅翻臉，呂宋、中國這兩個亞州重要的教區控怕都保不住。
商毅製定的，就是這些國家，同時也給了使團一定的自主權，可以根據實際情況，增加二到三個訪問國家。當然要完成這些訪問，也需要英國的大力幫助，雖然英國東印度公司當不了這個家，但他們還是保證會盡力說服囯會，全力幫助中國使團。
這一次出航共計出動人員二千三百四十七人，其實這五艘船最多可以裝下三千到三千五百人，但因為路途遙遠，需盡可能的多帶糧食和淡水，另外也要攜帶大批的商品，和贈送的禮物，以及銀錢。因此也盡可能減少隨行人員，保證有足夠的儲存空間。