就在清廷下旨，對北京百姓進行安撫之後，多爾袞又立刻下令，招洪承疇入見，商議軍務。
北京動亂發生之後，洪承疇也奉旨率領本部的新軍進入北京，平定這一次動亂，在動亂平息下來之後，多尓袞也沒有讓洪承疇回去，而是讓他將人馬就駐紮在北京的西南郊外。一方麵是動亂平息之後，還要穩定一段時間來穩定，另一方麵多爾袞也要向洪承疇了解一下新軍訓練的情況。
多爾袞心裏十分清楚，這場動亂是南京政府在背後組織、謀劃。那麼這個消息很快就會傳到南京去，而商毅一但收到這個消息，他絕不會錯過這個機會的。因此現在也有必要了解一下，新軍的訓練達到一個怎樣的水平，是否可以出戰了。而如果中華軍向清廷發動進攻，會選擇從那裏動手，清廷應該怎樣布置防禦。
現在清廷的兵邊布置是：在邊境的主要分南陽、徐州、濟南三個地區駐守。駐守南陽的是懷順王耿仲明部，總計兵力為八萬餘人；駐守徐州的是順郡王勒克德諢，兵力為十三萬左右；駐守濟南的是僥餘郡王阿巴泰，兵力為十萬餘眾。
另外清廷在西安還布置五萬人馬，由尼堪率領，一來是駐守西北地區，二來也是防備吳三桂的川中人馬。而在天津也駐守了六萬人馬，以防中華軍再從海路進攻，同時還在遼東也駐守了十萬人馬。而在北京周邊地區，駐軍約有二十餘萬。也形成以北京為核心，向外圍散放的兵力布置。
而被淸廷寄於厚望的新軍現在共有九萬三幹餘人，比當初擴大了二萬餘人，共分為六個營，俱體的番號和分布為：
神武營：由滿八旗組成，共計兵力二萬人，配有火槍一萬五千支，火炮四百餘門，統領是宗室洛托，現在駐守北京周邊；
神威營：由滿蒙八旗組成，共計一萬五千人，配有火槍一萬一千支，火炮二百八十餘門，統領是阿巴泰的幼子嶽樂，現在駐守濟南；
神勇營：由滿蒙八旗組成，共計一萬五千人，配有火槍一萬一千支，火炮二百八十餘門，統領是代善的孫子巴爾楚渾，現在駐守徐州；
神兵營：由漢軍八旗組成，共計一萬三千人，配有火槍八千支，火炮二百二十餘門，統領是李永芳的三子巴顏，現在駐守南陽；
神工營：由漢軍八旗組成，共計一萬五千人，配有火槍一萬支，火炮二百四十餘門，統領是佟圖賴，現在駐守北京周邊；
神軍營：由綠營軍組成，共計一萬五千人，配有火槍九千支，火炮二百二十門，統領是金維城，現在駐守北京周邊；
全部新軍一共擁有火槍六萬五千餘支，火炮一千六百餘門，火槍比率為七成五，平均每萬人擁有火炮一百七十餘門。其中火槍的比率和中華虎賁軍相差無幾，火炮還要少一些。但像神武營、神威營、神勇營的火炮配置率要高一些，己經接近了萬人兩百門火炮的比率。
不過這些隻是數字上的對比，而實際中，清軍使用的火槍仍在六成以上是火繩槍，燧發槍的總數還不足二萬支，但每種火槍到是都裝配了刺刀。而火炮基本都隻能發射實心彈和霰彈，開花彈、拉弦式手榴彈清廷始終還沒有製造出來。但和以前相比，清廷的新軍確實更接近於一支近代軍隊了。
看到這些數字, 多爾袞也頗有些欣慰, 這兩年多的時間以來, 清廷在新軍上確實花耗了大量的心血，現在總算也是有了一些成效了。
在名議上，洪承疇是所有新軍的總統領，但在實際上，他隻能直接指揮神軍營的這一萬五千人馬，而從中華軍那邊收降過來的教官營成員，現在也都在神軍營裏任職，也成為清廷的正式軍官。李本深和趙嶽都擔任參領，其餘分別擔任千總﹑把總等職。
洪承疇當然也知道，清廷不可能把所有的新軍全都交給自己統領，能給自己留下一個營的人馬，就己經很不錯了。在北京動亂發生之後，洪承疇率兵進京，等動亂暫時平息了下來之後，洪承疇駐軍在密雲縣，維持北京周邊地區的治安。對於北京內部對於這次動亂善後的爭論，洪承疇心裏雖然清楚，應以安撫為主，不可再施行強硬手段，但他同樣也清楚，這不是自己應該參與的事情，因此對此也一聲不吭。
不過對於逃到密雲縣的北京百姓，洪承疇還是盡量安撫，並使他們在密雲地區安置下來 ，並給他們提供糧食和住所，差不多等於是建立了一個難民營，到了後來，差不多收容了約有七八萬百姓。