在一個小時以後,伏波軍的登陸士兵攻占大沽口南岸殘餘炮台，並且在炮台上清除殘餘的火炮、工事等設施.
成功的攻占了大沽口南岸的炮台之後，艦隊的士氣大振，而且這時輔助戰船也己經淸理剛才海戰戰場，趕來和主力戰船彙合。伏波軍的輔助戰船都是據有相當戰鬥力，兼有戰鬥和運輸功能的船隻，因此輔助戰船的到來，也完全可以彌補在進攻南岸炮台中受到的損失。
同時南岸的炮台被摧毀之後，清軍的水軍基地也完全失去了一側的保護，因此成鋼也決定，將艦隊一分為二，共時向大沽口北岸的炮台，和清廷的水軍基地同時發動進攻。
當下艦隊立刻分開，在進攻南岸炮台受傷的戰船暫時靠岸，進行搶修。同時成鋼派出三十二艘戰船，進攻清廷的水軍基地，自己率領其他戰船，向大沽口的北岸進發，攻擊北岸的炮台。
這時清軍在水軍基地中停泊的各種戰船大約還有近一百艘，雖然都是小船，但也並非全無一戰之力。隻是剛才中華軍的艦隊進攻南岸炮台猛烈的火力對攻，以及最後那一下爆炸，令清軍的海軍士兵們心驚膽寒，誰也沒有勇氣再出港去與中華軍的作戰。
另外鄭芝龍也看得十分清楚，這一戰無論出不出擊都是輸，如果冒然出擊，隻怕還會落得個全軍覆沒，因此不如索性放棄基地撤退，敗個幹脆，這樣還能夠保住一部戰船，而且鄭芝龍更是不想和兒孑對陣。於是也立刻下令，所有的戰船都向海河裏麵撤退，到天津衛去彙集。如果多爾袞要因此而怪罪自己，那也是沒辦法的事情，要殺要剮，也隻能悉聽尊便了。反正自己死了，也有人會力自己報仇。以商毅現在的實力，完全可以擊敗清廷。
結果艦隊向清廷的海軍基地發動進攻之後，竟未遇到一點抵抗，等轟開了基地的水牆，殺入基地的時候才發現，原來清軍所有的戰船都在爭先恐後的向海河裏麵逃竄。
清軍的戰船基本都是小船，到是幾乎都可以在海河的河道裏行駛，但海河本身也並不是什麼大河，通過入海口之後，河道逐漸縮窄，百餘艘船想一下子全部都駛進海河裏逃走，根本就不可能，何況這裏麵還是有幾艘比較大的戰船。而清軍一聽到撤退的命令之後，也都立刻起錨揚帆、蕩槳擊櫓，紛紛搶著向海河裏趕去，生怕自己落到了後麵，結果你爭我搶，秩序大亂，不少戰船都互相撞碰在一起，擠成了一團，反而把本來就不寬的河道也給堵了一個嚴嚴實實。
就在這時，中華軍的船隊也殺入了淸軍的水軍基地，尾追著撤退的戰船趕了上來。因為這時清軍的戰船太過密集，伏波軍的各條戰船連艦炮都懶得用，直接點燃了幾個霹靂火箭的發射筒，向戰船堆裏發射過去，結果有不少戰船都被霹靂火箭擊中，燃燒起火焰來。而有一些火油雖然落到水裏，但由於這時戰船太過密集，根本就無法閃躲，明明看見了前方海麵上有一團火焰，但還是身不由已的撞了上去。
而著火的船在船群中左右撞擊，又將火焰不斷向身邊的其他戰船上蔓延，結果沒過多久，就有二三十條戰船都被點著了，大火燃炸起來，映紅了整個河海交彙的水麵。而著火戰船上的清兵們也隻得紛紛跳船逃命。有些船隻見實在擠不進海河裏去，也隻好就退了出來。但馬上又遭到中華軍各艦的炮火打擊。
有的戰船見勢不妙，隻好降下了船帆，掛起了白旗，表示投降。不過著火的戰船卻將海河的入海口給堵住了，因此進入海河的戰船居然就這樣輕易的逃脫了中華軍的追擊。
鄭芝龍在這方麵十分機靈，在下達了撤退的命令之後，自己就首先閃人，而且還沒有乘座荷蘭造的大船，而是改乘一艘三百料的小船，率先進入海河的河道中，十分平安的撤離了基地。
等到達天津衛之後，鄭芝龍清點剩餘的戰船，還有四十三艘，而且居然還有兩艘荷蘭造的大船，雖然其中有一艘在離天津衛十餘裏的海河裏擱淺了，但畢竟還是平安的逃了出來。鄭芝龍自覺得這樣的結果，對多爾袞還是能夠交持得過去的。因此就在天津駐紮下來，然後派人向北京報告。
――――――――分割線―――――――――分割線――――――――中華軍的聯合艦隊無法進入海河裏追擊，隻好把目標都放在被堵在河道以外的戰船上，結果這批戰船大多都選擇了投降，隻有少數幾條船誓死抵抗，但在一頓猛烈的炮擊之後，都被打得支離破碎，進水下沉，同時也震懾了其他投降的戰船，都不敢反抗。