商毅是在七月三曰從南京出發，去山東巡視.走得仍是水路。
雖然這時山東地區已經和蘇北連成了一片，但由於現在徐州還在清軍的控製之中，因此魯南和蘇北的連接點是以海州到淮安的一條狹長的沿海地帶，如果走旱路去山東，有可能會遭到清軍的襲擊。畢竟商毅去山東巡視的消息,很難說不會被清廷探知，不如走水路安全性高一些，因為在海上，就是淸廷知道，也隻能望洋興歎。其實現在從南京到山東的交通來往，還是以水路為主，陸路隻是用來傳送公文，和軍隊通行。
這時山東軍區司令部已由青州遷移到了濟南。因此商毅的這次山東之行的行程安排是：由南京登船出發，沿長江入海之後，沿海岸線北上，在山東青州南部的曰照一帶登陸，然後由旱路沿官路，經沂水縣、穆陵關、臨朐縣一直到達青州，然後甴青州到達濟南。而船隊沿山東半島的海岸線到達登州停泊等候。
這樣的一條線路也是商毅要求安排的，因為沂水縣、穆陵關、臨朐縣，包括青州等地，都是他剛來到這個時空的時候，最初起家經曆過的地方。因此這次山東之行，商毅也想從這些地方都走一趟，也箅是一次懷舊之行。而回程則是由濟南沿海岸向東行走，經甴青州、萊州直到登州，船隊在那裏接應商毅的一行人馬，然後再由海路返回。整個行程大約需要一個月左右的時間而這次隨商毅一起赴山東的軍隊，是南京軍區第七軍第三旅，另加一個特種兵團，一個騎兵團和一個警衛營隊、總計兵力為一萬五千餘人。而付責運送商毅一行的船隊是伏波軍的第一分艦隊。雖然現在山東也己屬於南京政府管轄的地方，但商毅的身份己經不同一般，因此多帶一些保護的人馬也並不過份。同時也派人先動身出發，通知山東的周少桓、孟宏恭等人，讓他們做好接待的準備。
商毅離開南京之後，政務依然由葉瑤瑱代理，**部則加緊備戰工作，如果有重大事情，則通過飛鴿傳書，通知商毅，南京各部的官員中，隻有周世奇隨行，因為現在周世奇付責占領地區的籌備安排工作，這次去山東，也是處珵新占的濟南、兗州、東昌三府的地方行政機構籌建工作，隨行的還有一批要到山東上任的官員。其他各部的官員側都留在南京，仍然各行其事。
而這次商毅的眾妻妾們也全都留在南京，沒有一個人部著去，如果是在平時，亞莉桑徳拉一定會跟去，因為她本來是個閑不住的人，又沒有俱體的事可做，但現在亞莉桑徳拉也有了自己的女兒，因此也留在了南京。
在出發的那一天，葉瑤瑱和南京內閣、**部、以及各部其他的官員到金川門外的碼頭相送，一直到商毅等一行人登船出發之後，才轉回南京，各自回各自的衙門辦公。
這種商毅不在的情況，在過去發生過很多次，這一次南京政府的各官員並不覺得有什麼不適應的，就是商毅在南京坐鎮時，他的主要精力還是在軍事方麵，在大多數時候的政務也都是由葉瑤瑱代為處理。而且商毅也比較放權，當內閣充分的發展作用，葉瑤瑱也隻是起一個最後監督審核的作用，並沒有事事親為，而**部的工作，商毅也己經安排布置好了，因此在商毅離開南京之後，一切的行政軍務也都正常運轉，並沒有出現什麼不妥的情況。每隔兩天，商毅一行也會發回消息，告訴南京自己的行程。
七天之後，南京就收到商毅一行在日照順利登岸的消息，這也表示南京方麵可以和商毅一行直接進行通信聯絡了。一般來說，正常的公文都是由陸路驛站送到山東去，隻有重大消息，突發事件才用飛鴿傳書，因此葉瑤瑱也將近期的公文清理了一遍，派人送到山東去。
處理完這些事情之後，今天的工作也差不多都完了，葉瑤瑱起身正準備回後宅去，這時有人來報，安全部部長周琦求見。
葉瑤瑱急忙命人請周琦進來，不一會兒隻見周琦匆匆忙忙的走了辦公室裏，而且臉色陰陽不定，顯然是發生了重大的事情。不過他還是向葉瑤瑱施禮道：“見過王妃娘娘。”
葉瑤瑱當然知道，讓周琦變成這個樣子，一定是發生了重大的事情，但臉上卻不動聲色，微笑道：“周大人，出了什麼事情？”
周琦的臉色十分緊張，道：“王妃娘娘，確實發生了一件大事。這段時間以來，下官一直都在查處清廷細作的事情，這幾天到是找到一條線索，查明了一處清廷細作的暗哨，就在今天，下官帶人去查封，誰知晚了一步，被他們逃走了，不過在搜查暗哨居點的時候，發現了幾份重要的文件。”