就在當天晚上，成進收到南京發來的急報，不過這份急報和這次中原大戰無關，而是給鄭成功的。原來是南方紹武朝廷派遣大將金聲桓，彙合廣東尚可喜之子尚之孝帶領的人馬，合力進攻鄭成功駐軍的泉州、彰州等地。
現在鄭成功在名議上還是紹武朝廷的大臣，但他和紹武朝廷之間有很深的矛盾，因為鄭芝龍在福建經營了十幾年，在福建根深蒂固，而鄭成功子承父業之後，也很快可以在福建立足。占據泉州府和彰州府兩地，以及周邊的十幾個島嶼，平時並不受紹武朝廷的管製，一切的軍政財大權都可以自行決斷。
雖然鄭成功所占的地盤不大，但泉州是福州最大的通商口岸，再加上鄭成功有一支規模很大的水軍，又有貿易資源，也可以保障海上的安全，當然這也和商毅對他的支持分不井，因此鄭成功毎年的財政收入都要遠大於紹武朝廷。而有錢就能養兵，現在鄭成功手下的兵力己有六七萬之眾，戰船數百艘，各種火炮五百餘門，這次出兵參加中原大戰，鄭成功出動的海陸兩路，共計有三萬餘人馬。
因為無論是兵力、財力，勢力、在福建的基礎，鄭成功都遠遠超過了紹武朝廷，而在這種君弱臣強的局麵下，矛盾幾乎就是不可避免的。自從紹武朝廷應鄭成功之請，入主福建之後，雙方的蜜月期極為短暫，以蘇觀生為道的紹武朝廷執政大臣出於希望獨占大權的私人目地，不斷在紹武皇帝朱聿鐭麵前攻擊鄭成功，稱他擁兵自重、不尊朝廷，並要朱聿鐭警防尾大難掉。後來紹武朝廷在沒有通知鄭成功的情況下，就接納了金聲桓的歸順，為鄭成功樹立一個對立的軍事力量，雙方立刻就產生了對立的矛盾。
隨後紹武朝廷又加入南方聯盟，共同對付南京政府，而鄭成功和商毅的關係密切，極力反對，也使雙方的矛盾越來越深了。
雖然鄭成功十分後悔，把紹武朝廷接到福建來，但現在木己成舟，無法挽回，他又不願受人以柄，因此也隻好采取消及應對的方式，平時的大部份時間都是在泉州駐守練兵、通商，很少去福州朝見朱聿鐭，也落個眼不見心不煩。這次出兵參加中原大戰，也隻向紹武朝廷知會了一聲，然後也不管紹武朝廷同不同意，就自管出兵。
鄭成功對紹武朝廷釆用敬而遠之的對策，而紹武朝廷卻是樹欲靜而風不止，在鄭成功出兵之後，蘇觀生就立刻向朱聿鐭建議，趁鄭成功不在，出兵攻取泉州、彰州，徹底清除鄭氏在福建的勢力。在眾人的勸說之後，朱聿鐭也暗下密令，命金聲桓出兵。
其實金聲桓也是一個擁兵自重的主，雖然平時信誓旦旦，要盡忠紹武朝廷，和鄭成功誓不兩立，但這是希望借助紹武朝廷的各種資源，發展自己的力量，一但紹武朝廷真的下令了，當然不會輕易出兵，去和鄭成功拚個死活。於是又左推右辭，尋找諸多借口，說什麼自己兵力不足等等。
這時尚可喜正在極力的促成南方聯盟共同出兵進攻南京政府，因為這時北方連繼傳來清廷失利的消息，尚可喜當然知道，一但中華軍徹底擊了清廷，那麼下一個目標一定就是南方，因此南方聯盟才要盡快出兵，拖住中華軍，也保證清廷不會被擊跨，這樣才能自保。於是尚可喜一麵積極的促成吳三桂歸順永曆朝廷，一麵也屢次派人來催促紹武朝廷盡快準備出兵。並派兒孑尚之孝出使福州，遊說紹武朝廷的各大臣們。
本來在永曆朝廷裏，吳、楚兩黨正在為了是否接納吳三桂爭論不休，但隨著尚可喜的介入，加上馬吉翔又勾結永曆皇帝朱甴榔身邊的太監龐天壽，向朱甴榔極力勸說，因此朱由榔最終決定，接納吳三桂的歸順，並且不經過內閣，直接下詔以陳邦傳為使，到四川策封吳三桂為蜀王，而等丁時魁、瞿式耜、何騰蛟等人得信之後，陳邦傅己經到達了成都，正式向吳三桂下詔。
而吳三桂得到永曆朝廷的詔書之後，立刻親自領兵五萬，甴貴州進入廣西，朝見朱甴榔。而永曆朝中的楚黨眾臣見吳三桂兵勢眾多，也都心懷恐懼，因此也不得不承認吳三桂己經歸順永曆朝廷的事實。
朱由榔也在桂林隆重接見吳三桂，並且對他一再寬慰嘉獎。而馬吉翔、陳邦傳等吳黨眾人則是興高彩烈，他們本來就想拉吳三桂入夥，對付楚黨，因此也對吳三桂百般拉隴。得知吳三桂的元配夫人在北京和全家一起被李自成所殺，致今一直尚未續弦，於是陳邦傅還想把自己的女兒嫁給吳三桂為妻，建立姻親關糸。同時還上奏朱由榔，建議留吳三桂駐守廣西