雖然商毅也想通了，先打誰後打誰都差不多，但也這並不是說馬上就做出決定，總是還要比較一下，先選擇一個容易的動手，不過商毅也給自己定出了一個時間，在十二月十五日之前，一定要做出最終的決定。
不過首先被商毅排除掉的，是對南北兩線同時用兵。
盡管以現在中華軍的兵力來說，確實已經可以支持雙線作戰了，但戰爭從來都不僅僅是兵力的多少的事情，還有後勤保障，物資供應,這些又涉及到征調民役。而雙線作戰的人力物力消耗, 由其是在完全不在一方向上的兩個戰場上作戰, 要比在單一的戰場大得多。因為這就需要設立兩個後勤供應中心，什麼都必須是雙份供應。假設說在南北兩條戰線上分別投入十萬兵力作戰，那麼所需用後勤保障的人力物力，要遠遠超過隻在一條戰線上投入二十萬兵力作戰的需求量。因此任何形式的雙線作戰，都不是上策，要盡力避免。
雖然說以目前南京政府的實力，還是供得起這樣的消耗，但在現在大局己定，勝券在握的時候，也沒有必要選擇這種消耗過大的雙線作戰。而且經過了中原大戰之後，南京政府為戰爭儲備的物資也己經消耗了大半，白銀的庫存到是還足夠，但物資己經不那麼充裕了，如果再要進行大規模的戰爭，要麼加征稅收，要麼大量發行貨幣，引發通貨膨脹，才能保證戰事的供應，而同時還需要征調大量民役來保證後勤運輸供。因此最理想的做法還是控製戰爭的規模，南北二線一線主攻，一線主守，這樣一邊打仗，還可以一邊慢慢積累國力。
因此商毅也排除掉其他的因素，僅從純軍事角度考慮，南北二線進行對比，首先是現在清廷己經元氣大傷，在短時間內沒有力量再向中華軍發動進攻了，而全麵恢複到戰前的國力，估計需要二十年左右的時間。而南明各朝這幾年都沒有發生戰事，還都保持著相當的實力，有能力發動戰爭的能力。
其次從心理上來說，這時清廷的大臣和武將，對中華軍己經產生了極大的恐懼心理，就算國力有所恢複，也未必敢輕易向南京政府發動戰爭，就算朝廷下令，前線的軍隊也會再三考慮；而南明各朝因為和中華軍交戰較少，而且南明的皇帝和執政大臣又多以正統自居，這種顧慮也少得多，因此如果中華軍向北用兵，南明肯定會在背後搗亂，而相反如果中華軍舉兵向南，清廷出兵的機率就小得多了。
再次是現在商毅政權的重心還是在南方，因此向南用兵，戰線也要比向北短得多，可以直接以南京為後勤基地，另外南方的福建，廣東、廣西均是沿海地區，可以發揮中華軍的海軍優勢和海路運輸能力，因此從消耗上說，向南也比向北要小。
最後一點是中原地區久經戰亂，現在己經十分荒廢，現在剛剛收複，急需要招撫居民，恢複生產，如果繼續對北方用兵，中原地區也一定會受到影響，因為所有的軍隊，物資、用度的調配都要從河南省通過，必然需要從河南省抽調人力物力，甴其是開年之後，馬上就要開始春耕，如果在這時進攻北京，也會對中原地區春耕造成一定的影響。那麼恢複重建工作就還要推後。
基於這幾點因素的考慮，商毅也逐漸傾向於先平定南方，然後再向北用兵。
而就在這時，又發生了二件事情，也促使商毅的想法最終被確定下來。
一個是清廷向南京派出使者，正式向南京政府提出了議和的請求。
原來在福臨和幾名親信大臣商議決定，以割讓土地和稱臣為條件，與南京政府議和，並委任濟爾哈朗付責擬定議和的詳細條件，濟爾哈朗和洪承疇、範文程等人進行了詳細的協商之後，決定可以向南京政府割讓陝西省的西安、鳳翔、漢中、鞏昌、泯州、洮州六府，或是山西省的平陽、汾州、遼州、泌州、潞安州、澤州六府。如果勢不可解，甚致可以將陝西全省都割讓也南京。
因為現在的淸廷對陝西的控製力度很差，幾乎是孤懸於西北，而且陝西在明末的時候就經受十幾年的戰亂，社會生產幾乎全被破壞，而清廷入關之後，雖然也在陝西搞過屯田開荒，招撫流民，但又因年年征戰，這些工作大部份都流於表麵，加上年初的時候，陝西也爆發了反清的起義反正，本來稍有一點起色的恢複重建，又被破壞了大半，因此現在陝西的情況和明末相比，也不過是五十步笑百步。
這樣一來與其還強留著陝西，還不如把這個包袱甩給商毅去背，如果商毅接手了陝西，也要花費大量的人力物力去恢複重建，一但弄得不好，還容易激起民變，要是再鬧出一次流寇作亂，也夠商毅受的，致少拖住他二三年的時間，是完全有可能的。