等羅遠斌發出的消息傳到南京的時候，南京政府剛剛正式宣布了商毅將要稱帝的消息，舉行大典的時間就定在十月十八曰, 離現在大約還有兩個多月。因此大西軍向中華軍投降、將雲南全境都移交給中華軍的消息，也正好為宣布商毅稱帝的消息送上了一份賀禮。
不過大西軍的歸降，和雲南的和平收複，也確時居有很重大的意義，這就意味著中國西南二省貴州、雲南都己經正式納入了南京政府的版圖內。
這個時代的貴州、雲南二省的地域和後世相比，在大體上差不多，隻是一些細節地方略有一些不同，總麵積大約有六十萬平方公裏左右。在萬曆年間，統計戶籍人口是：貴州省四萬三千四百五十戶，二十九萬九百七十二口，雲南省一十三萬五千五百六十戶，一百四十七萬六千六百九十二口。
不過這些數字的準確性並不高，因為這時雲貴二省兩省都是少數民族比較集中的地區，明朝在這兩個省設立了相當多的宣慰司、宣撫司、安撫司、長官司等地方行政機構，相當於少數民族自治區一樣，因此人口戶籍的統計，有相當大的漏洞，否則以雲南者一百四十多萬的人口基數，根本供應不起十萬以上的軍隊。
但不管怎麼說，收複了雲貴兩省，也使南京政府的版圖再度擴大，整個西南地區，也是整個南方地區，隻剩下一個四川了。
商毅首先下令內閣，立刻著手向雲貴兩省派遣官員，建立地方行政機構，並且著重強調，雲貴兩省的少數民族眾多，因此派出二省的地方官員們一定要注意處理好與民族關係，尊重各少數民族的風俗傳統，不得歧視，更不許侍強淩弱。
其實漢族總體來說，是一個包容很強的民族，對於大部份的少數民族，都能夠接納並且與之很好的相處，許多少數民族己經完全和漢族溶合了。
而且中國的各朝各代也都比較重視處理和少數民族之間的關係，因此到於這個時候，絕大部份的少數民族和漢族總體來說還是十分友好，和平相處，當然也會出現明朝的地方官員和少數民族中的頭人、酋長相互勾接，欺圧少數民族平民的事情，另外也有一少部份少數民族的野心者、頑固份子或極端民族主義者借這些事情搬弄事非，挑拔少數民族與漢族不和，甚致聚眾反叛，自立為王等等。
因此商毅也製定了三條處理民族關條的原則：努力的團結少數民族中的親漢份子，盡可能的爭取少數民族中的中間派；但對少數頑固份子，決不能手軟，堅決消滅，以儆效尤。同時江西軍區暫時也就駐紮在雲貴兩省，幫助地方官員盡快穩定兩省的局麵，恢複社會秩序和農業生產。
而這時在四川地區，前線的指揮官段鵬和李牟聯名將南京政府的決議，派人轉交給了吳三桂。對於吳三桂提出投降的條件，南京政府的答複是：吳三桂必須接受無條件投降，南京政府除了可以保證吳三桂的生命安全之外，其他一切的條件都不能答應，隻能等吳三桂投降之後，聽候南京政府的處理，並令吳三桂限期答複。
接到了這一份決議，吳三桂又悔又恨，後悔自己當初怎麼就利令智昏，拒絕了南京政府提出的優厚條件，弄得現在走投無路，隻能坐以待斃；而又恨商毅太不講道理了，完全是逞強壓弱，仗著中華軍的兵勢強大，連一條退路都不給自已留，硬是逼自已無條件投降，將生死全部都拱手交給他人，這也太欺負人了吧。
不過吳三桂心裏十分清楚，自己對南京政府的怨恨是沒有道理的，畢竟是自己拒絕在先，而南京政府這一次顯然是準備要拿自己開刀，警告現存的其他勢力，南京政府不會給任何人第二次機會，如果再拒絕南京政府開出的條件，先要想一想是否有能力承擔拒絕的後果。
但吳三桂也陷入了十分為難的境地中，打肯定是打不過中華軍的，但如果無條件投降，自己將全無反抗之力，幾個獄吏就可以要了自己的命。雖然說南京政府也保證吳三桂的生命安全，但吳三桂並不敢相信這種保證。而且就算保住了自己這一條命，在商毅建立的新朝中成為一介平民，兩手空空，就這麼庸庸碌碌的渡過這一生，吳三桂也有些不甘心。
因此吳三桂足足想了一夜，最後連頭發都己經花白了，終於下定決心，如果要自己平平凡凡的過這一生，到不如轟轟烈烈的大戰一場，寧死不降。
於是吳三桂立刻招集夏國相、馬寶等一幹自已的心腹大將，首先將南京政府的決議交給他們觀看，然後向他們表明，這樣投降了南京政府，自巳決不甘心，因此決定死守成都，和中華軍決一死戰，如果運氣好，中華軍對成都久攻難下，或許還能以一定的條件投降；不過這種結果的可能性不大，而更大的可能是，中華軍攻破成都，自己與城共存亡。不過吳三桂對眾將則表示去留尊便，並不強求。