就在商毅接見了朝鮮使團的第二天，李定國和三名原大西軍的將領，孫可望、劉文秀、艾能奇都到達了南京，為二十五軍違紀事情，進京請罪。而甴大西軍整編的第二十五軍駐紮在南京西南的大勝關。
在南方的戰場上，也包括在中原大戰中，中華軍都俘虜了大量的敵軍，並且有大批俘虜直接轉化為中華軍的士兵，雖然這批士兵在後來的一些戰鬥中的表現不錯，但畢竟是剛剛成為中華軍不久，還保留著許多原來舊式軍隊的陋習作風，違反軍紀的現像頻頻發生，而且大部份都是發生在整體轉編成為中華軍的部隊中。不過大的違紀事件到是沒有多少，基本都是一些小搶小劫，強買強要的事件，敢明目張膽的殺人搶劫，**婦女，還真的沒有過。因此這次二十五軍中發生的這件違紀事情，可以說是非常嚴重的。
不過對二十五軍的違紀事件，有人認為二十五軍畢竟是一支剛剛投降的部隊，如果對這一事件大作文章，一來怕是讓孫可望、劉文秀、艾能奇等人生嫌，二來也容易看成是中華軍在有意打壓降軍，動搖其他的降軍軍心，認為不訪可以不大張旗鼓，驚動社會，暗中處罰了結。
但商毅則認為軍紀就是軍紀，在實施的過程中，可以靈活掌握尺度，但決不能違反原則。無論是老兵、降兵都是一率平等的，隻要是能夠做到一視同仁，降兵也不會有其他的想法，同時還可以當作典型反麵例子，警戒其他的降兵認識到尊守軍紀的重要性，而對那些還有桀傲不遜的降軍降將，同樣也是一個嚴厲的警告，並且借這件事情，對全軍做一次整風行動。因此商毅也立刻下令，在武英殿招見四人。
見了商毅之後，四個人都有一些不大自在，李定國首先代表四人，向商毅請罪，承認過錯。
等李定國說完之後，商毅這才沉聲道：“李定國，你也是中華軍的老兵，應該明白我們中華軍能夠戰無不勝，攻無不克，靠得並不是火槍火炮，而是嚴格的軍紀，和百姓群眾對我們中華軍的支持。在中原大戰中，清軍也有不少火槍火炮，但為什麼還是失敗了，就是因為他們沒有民群的支持，在我們中華軍作戰的時候，有百萬戰場支前的民役，在後方還有數千萬全力支持我們作戰的廣大百姓群眾，正是有了這些支持，我們中華軍才能一直取勝到今天。還記得我們中華軍付責是什麼，保國衛家，護境安民。因此這一次你帶他們到南京來，沿路上也多加教導，想不到還是出了這樣的事情。”
李定國低著頭，道：“皇上，這件事情臣確實有錯，願意接受處罰。”
商毅點了點頭，道：“你先退下，等著處罰吧。”
李定國答應了一聲，退到了一邊。商毅又看了看另外三人，道：“孫可望、劉文秀、艾能奇，雖然你們三人是剛剛加入中華軍。但朕想無論是羅遠斌, 還是李定國, 都會對你詳細的說明中華軍的軍紀, 你們要加入中華軍, 朕歡迎之致, 而且你們過去是什麼樣子，朕也可以不問，但加入了中華軍, 就要尊守中華軍的規據,不能向你們過去那樣亂來。這一次的事情, 並不是針對你們，而是在軍紀麵前，無論老兵新兵，全都一視同仁，照章行事，絕沒有區別對待。因此對你們的處罰，是否心服。”
當然在這個場合，誰敢和商毅抬扛，硬說自己不服呢？因此孫可望也代表劉文秀、艾能奇道：“回稟皇上，這一次都是臣等失望，才犯下大錯，因此臣等都願接受處罰，絕無怨言。”
商毅又點了點頭，道：“你們回去，聽候處置，希望你們以後記住這個教訓，嚴格約束手下的士兵，嚴肅軍紀，不得再犯。”
到了下午，統戰部下達了對這一事件的處罰決定，參與這一事件的九名士兵，全部從中華軍除名，削去所有軍銜，並交刑部治罪。經過調查，有六名士兵參與過殺人，全部判以死刑，而另外三名士兵各判十年監禁。九名士兵的直屬連排班上司，全部降職、降級、記過處份，師團營級上司記過，而三名軍部軍官，各降一級軍銜，記過一次，但保留軍職。並責令三人，對死者家屬當麵公開道謙。並給予陪償、撫恤。而李定國也有間接過失，給予記過一次。
不過就在第二天，商毅再次招見孫可望、劉文秀、艾能奇三人，則是對他們主動歸順中華軍，放棄抵抗，減少戰爭的進為進行讚揚，並且賜給他們一些錢財物品，以示表彰，同時也對二十五軍全軍都給予了一定的獎賜。這是早就談好的條件，並不能因為一件過失而取消。該賞則賞，該罰責罰。