國會、內閣、司法三個係統都建立了起來，同時也開始製定【中華憲法】，但所有的這些，都屬於中央的機構，而帝國的新體製中，當然還包括對地方機構進行重新調整。
從原則上來說，各地方，由其是省級地方機構，也應該和中央一樣，實行三權分立，建立地方議會、地方行行和地方司法糸統。但地方機構的建立，要遠比中央複雜得多，因為各地方的社會、經濟發展水平不一樣，對帝國的新體製，三權分立的理解程度也不一樣，相對來說，被商毅統治時間較長的地方，如浙江、江蘇、安徽、江西、湖北、湖南、山東、台灣這八個省的發展較快，對三權分立、國會、民主這些概念都了解一些，被商毅統治的時間短，由期是北方地區，就要差得多，因此地方機構的調整，也不能一概而論。
按照商毅的構想，首先應該在地方上建立起完善的行政統係和司法係統，然後再慢慢建立地方的議會。
其實在商毅稱帝之前，就己經將地方的行政係統劃分為省、直轄市。。省會市、市。。縣。。鄉、鎮四級，雖然和以前的朝代相比，多了一個鄉、鎮級的劃份，對地方的控製力度也加強了一些，但各級的行政製度，官員機構的設置，和明朝相比，並沒有太大的變化，隻是名稱不同而己。
中國古代的地方行政機構最大的一個特點就是：官少吏多，政經財一把抓，而且越到基層的地方，官員的數量就越少。以明朝為例，在省一級的地方行政機構還有一定的行政分工，一般是由巡撫主管行政軍政、布政使管財政、按查使管刑法，至少還有三套班子，但到了知府以下，就隻剩下一套班子了，而且這一套班子的人數也不多。
按明朝的官製，一個府級的行政機構的政府官員是：知府一人、通判無定員，推官一人，經曆司經曆一人，照磨所照磨一人，檢校一人，司獄一人。不計無定員的通判，其他的全部加起來，也就是六個人，就算多加幾個通判，撐破天也就十來個人，就要管理一個府的事務。
府級是如此，而縣級就更慘了，全部的官員就是：知縣一人，縣丞一人，主簿一人，典史一人，再有一個縣教諭，通共就隻有五個人。因此管理事來就隻好胡子眉毛一把抓，什麼都管。
雖然說古代的府縣規模不能與現代相比，但也不是隻靠這麼幾個人就能夠管得過來的，因此各地方官員就隻能依靠什麼師爺、幕僚、衙役、班頭、仵作、團頭等一批下層的吏員，來管理地方的行政、稅收、差役、保甲、緝捕、獄訟等等事務。
結果這一批人雖然都不算是正式的朝廷官員，但卻在實際上牢牢的把持著地方基層的權力，或是蒙上壓下，或是駕空上級，或是上下串通，吃拿卡要，中飽私襄，在地方上的種種弊端，十有**都是這一批人弄出來的。朝廷的官員到了地方之後，還要和這一批人敲好關糸，否則就很難開展工作，好一點的最多就是不同流合汙，而差的就是一拍即合，大家一起悶聲發大財，等任期滿了以後，拍屁股走人，換一個地方官來之後，就一切照舊。
而且朝廷的官員還可以一批一批的換，而這些吏員卻都是終身製，隻要不犯什麼大錯，就可以一直當到老死，甚致還是世襲製，老子死了兒子接班，哥哥沒了兄弟頂上，所謂“官無封建、吏有封建”，就是指得這種現像。
這也是一個讓後世的曆史學家很難理解的現像，一方麵曆代以來，每一個王朝都會肖許多的閑散官員，由其是在科舉製度完善之後的宋明清三代，毎年政府都會產生大量的閑散官員，最多的時候可以達到數萬之多，全都是白拿工資不幹活的主，當然不是他們不想幹，而是朝廷沒有那麼多的職位，隻能靠政府養活著他們，成為政府沉重的財政付擔，而在另一方麵，在地方基層的行政官員又極少，根本管不過來地方的事務，隻能依靠大批的吏員維持地方的行政製度。確實令人覺得匪夷所思。
即然總是要養著這樣官員，那麼幹嘛不索性把他們都放到基層去做官，至少也不會比那些吏員更差吧，而國家也不致於是白養活著他們呀。
而更為讓人難以想像的事實是，官差、衙役、隸卒這些吏員中的主要構成者，在明朝居然是被劃為賤民一類，而廣大的農民，卻算是良民，在政治權力上，良民是比賤民大的，而在實際的生活中，良民卻是被賤民欺壓剝削。這種顯像，恐怕己經不能用怪異來形容了。
因此自從商毅成勢之後，在這方麵，就做了大量的變革，在中華帝國成立之後，取消了賤民、良民之分，推行眾民平等原則，同時也把所有的吏員全部都納入到了政府官員的行列中，並且又加設了鄉鎮一級的行政機構，才算是加強了對地方行政的控製。由其是在商毅最早統治的八個省裏，地方的各級行政製度都基本建立完成了。