由皇帝直接掌握最後一個勢力，其實並不是一個部門, 而是一支軍隊, 也就是皇城禁衛軍團。
現在禁衛軍團的編製是二個步兵師、一個步兵旅、一個騎兵旅和一個特種兵團，共計兵力在三萬五千人左右，在裝配上，全部都換上了線膛槍和線膛迫擊炮等最新的武器。其中有一個步兵旅，現在留守在北京。其餘全部都駐守在南京，全部都駐紮在南京城裏。
在名議上，這支軍團是屬於南京軍區管轄，但將領的任命、罷免，都是由皇帝決定，而且這支部隊的士兵都是從各軍區抽調的精銳士兵，不僅專業技能過硬，而且在政治上也絕對可靠，任務除了保護皇城安全之外，還擔任皇帝或皇室成員的護衛，儀仗等等任務。當然在必要的時候，還可以上戰場。
如果真的有人想要圖謀反判的話，就憑著這支軍隊，商毅也就可以在短時間內控製南京城裏的局勢，發動一場全麵的政變。因此這也是商毅手裏掌握的最為重要的一張王牌。
當然商毅設立這三個機構的目地，並不是說要加強皇權，全麵控製國家，如果是那樣的目地，也就不用費心去搞什麼三權分立了，隻要沿用明朝的製度，就可以確保國家權力永遠掌握在皇帝的手裏，因此主要還是防止出現緊急情況。現在帝國己經形成的三權分立的結構，正是商毅最希望的政治結構，商毅並不會主動去破壞，但也不能不防，畢竟在這個時代的皇權思想仍然很重，很難說沒有人不想挺而走險，來謀奪皇位。
雖然說帝國政治結構決定了，很難有人能夠控製得了國會和內閣，但凡事都有萬一，在另一時空裏，既使是在三權分立的架構中，仍然出現了為數眾多的獨裁者，何況現在帝國的改製並不徹底，還保了大量的封建殘餘，而且商毅也己經讓出了大部份的權力，因此一但出現了危急情況，商毅不可能一點還手之力都沒有，必需對自巳保留一手。而這三個機構，就是保證商毅在出現危急情況，有足夠的反擊甚致是主動出擊的力量，從一定意義上說，還可以保護現有的體製。
掌握了這三個機構，加上對國會的否決權，對內閣和司法部的提名權，盡管商毅讓出了大量的權力，但也差不多可以保證，皇位的穩定。
國家體製在一點一點的建立中，內閣、司法的各部門也都在構建中，但隻有國防部，因為需要等新任的國防部長周少桓從山東軍區趕到南京來，才能開始國防部的組建工作，另外也隻有等國防部組建之後，商毅才有可能對軍隊係統進行改組，因此在周少桓還沒有到達南京之前，軍事係統的組建也隻能先放一放。
最後要製定的就是帝國的品級散官、勳爵製度，還有就是官員的俸祿製度。
中國古代的官員大體都有三個稱號：一個是品級散官，也就是所謂的幾品官員，如宰相是當朝一品，知縣是七品等。雖然從晉代實行了九品中正製以後，曆朝都使用正從九品做為品級散官的標準，不過在每一品裏又分了二或三等，因此實際的等級往往都有四五十級，明朝的官職是文散官三十一級，武散官五十二級。而每一級都有一個相應的名稱，這就是品級散官。
第二個是實際的職務，如內閣首輔、各部尚書、巡撫、知府、知縣等，當然每一個職務也都有相對應的品級，一邊來說，做官都是重職不重品，隻要是職位好，占一個肥缺，品級差一點都沒關係。
第三個就是勳爵，其實在唐、宋、明時期，勳和爵是兩個概念，在明朝開國的時候，設了文勳十級，分別為左、右柱國、柱國、正治上卿、正治卿、資治尹、資治少尹、讚治尹、讚治少尹、修正庶尹、協正庶尹。武勳十二級分別為左、右柱國、柱國、上護軍、護軍、上輕車都尉、輕車都尉、上騎都尉、騎都尉、驍騎尉、飛騎尉、雲騎尉、武騎尉。而爵就是人們熟知的公候伯孑男五爵。雖然都有相應的品級，但都屬於榮譽稱號。但按一般的習慣，是重爵不重勳，到了清朝，才將勳爵合一，不分文武，統稱為爵。當然在官員封爵之後，除了榮譽之外，相應也會另外增加一份俸祿。因此曆代以來，官員也都以封爵為榮。
雖然品級散官、勳爵製度，並不是官員最關心的事情，但也有必要製定出來，而且中華帝國畢競建立了一種新的政治製度，比如說國會的議員，到底應該怎樣算才合適，另外有了品級，也就能製定相應的俸祿製度。這就是關係到每一個官員的切身利益了。因此隻有確定了官員的品級，整個官僚體糸才算是真正的完善起來。