陳碩真聞知童文寶在婺州受阻，帶領主力來到婺州支援，參戰的義軍達數萬人。義軍雖然在人數上占優勢，但起義才一個來月，戰士未經訓練，戰鬥力有限，過去能克州陷府，憑的是聲威和拚勁，如今聲威和拚勁雖在，但麵對訓練有素，指揮得當的官兵卻有些力不從心。
兩軍在婺州境內僵持著，陳碩真為打破僵局，改變客地作戰、敵情不熟等不利條件，不斷派出間諜刺探敵情，有一次僅被唐兵擒住的間諜就達數十人。而崔義玄這邊也沒閑著，向四方發出了求援。
就在兩軍僵持之際，一天晚上，忽然有一顆隕星墜落在陳碩真的大營中。崔義玄立刻大造輿論，說這就是陳碩真的將星隕落，陳碩真必死無疑。崔義玄統帥的軍隊頓時軍心大振，而陳碩真一方的士氣則大大低落。在下淮，兩軍大戰。唐軍以大盾牌保護刺史崔義玄，崔義玄說：“刺史避箭，還有誰拚死作戰！”命撤去盾牌。唐軍士卒受到激勵，陳碩真軍大敗，被斬首數百人。唐軍允許陳軍投降，追擊進入睦州境內時，投降的人達到一萬。
公元653年十一月底，揚州長史房仁裕的援軍到達婺州，與崔義玄前後夾擊義軍。戰鬥情況相當慘烈，參戰的數萬義軍，最後除一萬多被俘外，其餘大部戰死。“文佳皇帝”陳碩真及仆射章叔胤在戰鬥中被俘，最後英勇就義。崔義玄因功被唐政府任命為禦史大夫。
陳碩真在故鄉青溪留下了“天子基”、“萬年樓”等遺跡，這些遺跡在北宋末年曾使方臘受到啟示。
陳碩真是中國史上女性自稱皇帝的第一個人，她的舉兵事件規模不算大，最後雖然被鎮壓了，但因她開天辟地般的女性稱帝行為，現代史學家翦伯讚稱她為“中國第一個女皇帝”。
傳說，陳碩真與後來當了武周皇帝的武則天還有一段情和怨。
那是在唐高宗永徽元年（公元650年）三月的一天。天高氣爽，春和景明，京都長安城裏的一班紈絝子弟來到了城西十五裏的名勝古跡感業寺踏青。這班人見到了寺中一位漂亮的小尼姑，便垂涎三尺，上前調戲。小尼姑的哭喊聲被寺中的慧覺尼姑聽到了，見這班人對小尼姑欲行非禮，不由“惡從心頭起，恨向膽邊生”，猛喝一聲：“大膽狂徒，佛頭淨地，休得無禮！”棍隨聲出，一個騎馬蹲襠式，手中柴棍便向這班潑皮橫掃過去，“嘩”的一聲，就撩倒了十幾個，餘者目瞪口呆、手足無措。慧覺厲聲斥責道：“青天白日，朗朗乾坤，作此醜行，豬狗不如，下次膽敢再犯，姑奶奶決不輕饒，還不快滾！”這班紈絝辮子如逢赦令，紛紛抱頭鼠竄。
這被解救的小尼姑原來就是被唐太宗李世民臨幸過的武則天武才人，她是遵從太宗遺命，在永徽元年正月來到這皇家尼庵削發為尼的。
慧覺尼姑就是陳碩真，唐貞觀年間才十五歲的她就得到異人傳授，學會了兵法和武藝。十九歲那年，為了解救同鄉一個打抱不平殺了狗財主的後生章叔胤而受到官府的通緝。於是她女扮男裝，隻身前往在揚州城裏開木材行的舅父處避難。陳碩真饑餐露宿，受了千辛萬苦，步行到楊州，一打聽，才知道舅父的木材行已被知府的妻弟強行霸占了，舅父已在幾年前攜家北上，到京都長安城裏謀生去了。陳碩真風塵仆仆，整裝北上，一個月後，經多方打聽，才打到了這位曾在家鄉辦過義學、樂善好施、闊別多年的親人。舅父見外甥女長得英俊高大、一付男兒模樣，且又雄才大略、武藝超群，心中大喜，主張陳碩真隱姓埋名，到皇家尼庵感業寺以帶發修行掩護，積極進行農民大起義的各項準備工作，舅父交遊廣、熟人多、閱曆深，自願為外甥女南下北上，聯絡四方豪傑、結識各路英雄，成了農民義軍的無名英雄。
武則天不僅天生麗質，而且博學多才；陳碩真武功絕倫，又富有正義感；倆人心意相投。武則天受欺淩被解救的事發生後，倆人更加親密無間，背著人以姐妹相稱。
這年冬天，武則天的光頭上已長出披肩青絲。一天，高宗皇帝李治派大內總管到感業寺宣召，封武則天為昭儀，迎取她回宮。臨行前夕，姐妹倆作了徹夜長談，她們從佛門談到農事，從國家前途談到個人抱負。晨曦初露，迎接昭儀的車駕來到了感業寺，登輦前，姐妹倆千叮嚀萬囑咐，依依惜別。陳碩真對武則天細語曰：“兩年後東南有戰事，即姐所為也，望妹不以姐為不忠，給予讚助。”武則天略作沉思，微微含首，姐妹灑淚而別。
感業寺來了兩位不速之客，一個是後來被陳碩真拜為仆射的章叔胤，另一位是日後被封為大將軍的童義寶，他們向陳碩真詳細地報告了三年來為起義所作的各項準備工作，認為時機已經成熟，請陳碩真立即南下，領導起義。陳碩真讓他倆先行出發，她自己對京城的內線工作作了布置，便於春節前趕到了田莊裏。
陳碩真率眾數萬，在田莊裏舉行起義。就在陳碩真全力抗擊揚州刺史房仁裕和鶩州（金華）刺史崔義玄的聯合進攻時，曾派潛伏在京城“內線”通過“關係”為武昭儀送去一封信。然而，“胸懷大誌，別有所圖”的武則天卻置之不理。後來起義失敗，陳碩真在睦州受刑前責怪武則天“義妹不義”。