乃木希典心有不甘地點點頭，坐了下去，樺山資紀沉聲說道：“我們不能不懲罰華夏帝國，給近衛師團師團長北白川能久發出消息，請他擇機嚴懲華夏帝國。”近衛師團師團長北白川能久是親王，是明治天皇的叔叔，所以樺山資紀用上了一個“請”字。
日軍開始了秘密安排，林飛也繼續行動，他在指示帝國宣傳部發出消息之後，又把劉永福等人安排妥當，齊磊這才得到空當，拿著那包日軍士兵拚死保護的東西說道：“陛下，這是我們在戰場上繳獲的。”
林飛哈哈一笑，說道：“今天戰場上繳獲的東西多了，總不能每一件都拿來給我看吧？”
齊磊急忙說道：“陛下，這個東西很不尋常，首先有七八個日軍士兵死在它的周圍，而且抱著它的日軍士兵到死都沒有鬆手，我們的戰士費了好大勁才把他的手掰開。”
林飛聽到齊磊這樣說也來了興致，接過包裹，打開一看，見到裏麵是一大堆書信一樣的東西，一邊拿出一封拆開一邊說道：“不知道裏麵寫的什麼，竟然讓日軍士兵那樣用心保護。”
林飛在說話的時候已經把信展開，看了起來，齊磊問道：“上麵寫的是什麼啊？我能知道嗎？”
林飛麵色一沉，說道：“這是用密語寫的信，不知道密鑰就無法破解。”
齊磊聽得似懂非懂，問道：“密鑰是什麼？”
林飛隨口答道：“就是破解密碼的東西。”林飛說完把手中信一一拆開，發現它們都是用密語寫成的，便把信交還給齊磊，說道：“把這些東西送到參謀部，讓他們收好，以後看看能不能用上吧。”
齊磊“哦”了一聲，接下了信，然後問道：“不能想法子把密語破開嗎？”
林飛苦笑一聲，說道：“密碼破譯哪有那麼容易？密碼破譯的一個充分條件就是有足夠多的密語，這樣才能從中尋找規律，進而破譯，就這麼幾封信，肯定是不夠破譯的……”林飛正說著，突然看到齊磊露出滿臉疑惑，不禁暗自苦笑，我和他說這些做什麼？他又聽不懂。
林飛笑了笑，揮了揮手，讓他下去，齊磊告辭走了，自此，龍蛇穀之戰全部結束，林飛整建製殲滅日軍步兵第十六聯隊，擊斃聯隊長福島庸智以下三千餘人。
日軍騎兵第二大隊因為第十六聯隊被全殲而放棄直撲嘉義的計劃，撤回近衛師團的駐地--台中，阪井重季的步兵第二聯隊不敢再守彰化城，也隨之撤退。
龍蛇穀之戰具有極其重大的政治和軍事意義。政治意義，這場戰役是華夏帝國第一次出國作戰，標誌著華夏帝國走出國門，以武力參與國際事務，這也是華夏帝國和日本帝國的第一次碰撞，為日後兩國在東亞地區的爭霸埋下了伏筆。
這場戰役還極大鼓舞了南洋和清國東南沿海民眾的抗日愛國熱情，進一步加快中華民族的民族意識覺醒。這場戰役也讓華夏帝國收服了以劉永福為首的台灣義軍，為日後華夏帝國開發台灣奠定了基礎。
軍事意義，這場戰役是近代戰爭史上第一次大規模使用地雷的戰役，輕機槍也是第一次登上戰爭舞台。這場戰役之前林飛實施的戰略戰術欺騙極大地啟發了各國的軍事家，軍事欺騙被廣泛研究。龍蛇穀戰役被寫入了多本軍事教科書，是日後每個指揮官必須學習的戰役。
戰役結束之後，林飛召開部眾開會，商討下一步的作戰計劃，在會上，劉永福首先發言，林飛看重他的聲望，所以把他留在軍中，任命他為高級顧問，他說道：“我軍全殲日軍第十六聯隊，現在應該趁熱打鐵，向台中進軍，日軍近衛師團就駐紮在台中，隻要殲滅了近衛師團，台灣就是我們的了。”
林飛點頭說道：“我軍的確應該打近衛師團，不過近衛師團和第二師團吃了這麼大的虧，一定會反攻的，我們何不以逸待勞，等待日軍趕來，再將其一舉殲滅？彰化城東北部有一座八卦山，易守難攻，是南下的必經之路，我軍就在那裏構築陣地，等待日軍。”
眾人點頭稱是，林飛提高了聲音，朗聲說道：“這是我們華夏帝國亮明身份後的第一場大戰役，世界上無數雙眼睛都在看著我們，我們這一戰，隻許成功，不許失敗！”
眾人齊聲高呼：“隻許成功，不許失敗！”
林飛隨即命令各部隊趕赴八卦山構築防線，9月12日，防線構築完畢，9月13日上午8點，偵察兵向林飛報告，日軍一部趕到八卦山外，正在構築進攻發起陣地，部隊番號不明，人數大約有一千多。