雖然修史諸人已將文中不利於清廷的文字一一刪去，但字裏行間仍讀得出懷念前朝、揚明貶清的意味。更大的遺漏是，文中曆年仍按明代年號編排，稱清先祖和清兵為“賊”，稱清為“後金”等等。湖州人士吳之榮抓住這個漏洞，想借此升官發財，將此書以“反書”的名義告了上去，一直告到刑部。參加修訂工作的十多人自然脫不了幹係，因牽連入獄的達2000多人，處死的有70多人。列名參訂的18人除查繼佐外，無一幸免(時莊廷NC030已死，被開棺戮屍)。
查繼佐能夠在這場文字獄中逃脫厄運，是與他數年前一段奇緣有著重要的關係。
那年年終，天降大雪。查繼佐獨自飲酒，頗覺無聊，到戶外走賞雪景，見一乞丐在屋簷避雪。那個乞丐雖隻穿了一件破舊單衣衫，在寒風雪凍中卻絲毫不以為意。走近一看，查繼佐見他生得身材魁梧，骨格雄奇，心下非常奇怪，便對那位乞丐說：“雪一時不會停，去喝杯酒如何?”乞丐爽快地答應了，無絲毫忸怩受寵之態。乞丐喝了20多碗仍無酒意，查繼佐卻已趴在了桌子上。
第二天醒來，查繼佐忙去瞧那位乞丐，見他正在園裏負手賞雪舉手投足之間的氣度，絕非尋常乞丐可比。寒風吹過，查繼佐隻覺冰氣入骨，於是掏出一錠銀子讓他去買件冬衣禦寒，那乞丐大大方方接過銀子，道聲“好說”，也不言謝，揚長而去。
原來這位乞丐身負絕世武功，名叫吳六奇，一時落魄江湖，受阻於風雪中，後因軍功累官至廣東省提督，在《明史》一案牽連到查繼佐時，出麵救助了他。查繼佐雖為一時之興，未必真識出吳六奇的才幹氣運，但仍有“那乞丐非一般可比”的見識意氣，因此在《明史》一案中逃脫性命。
從言談看透對手
《韓非子》中曾有過這樣一句話：“去好去惡，群臣見素。群臣見素，則人君不蔽矣。”意思就是，君王如果不顯露自己的真實情感，群臣就會顯示出自己真正的麵目，一旦他們露出真麵目來，君王就不會被他們外在的表現所蒙蔽。
楚莊王主政三年了，不理國政，隻是喜歡一些隱語玩樂，社稷瀕於危險，但這隻是表麵的現象，莊王是用這種方法來測試他的臣子的真實想法和忠奸。
當時不少進諫的人，都被楚莊王攆了出來，一些小人趁機討好莊王，一時間聲色狗馬，無不用其極。士慶是莊王的臣子，被認為是進諫的最佳人選，可是士慶進朝，一拜再拜之後，進言說：“有一則隱語說，有隻大鳥，棲息在南山的南麵，三年不飛也不叫，不知道是什麼原因?”
莊王說：“你可以走了，我自己很清楚原因。”
士慶說：“臣說也死，不說也死，希望能聽一聽原因所在。”
莊王說：“此鳥不飛，在豐沛它的羽翼；不叫，在於觀察群臣的是非對錯。這隻鳥雖然不飛，一飛必然衝天；雖然不鳴，一鳴必然驚人。”
士慶叩頭拜說：“所期望的已經聽到了。”
莊王非常高興士慶提出的問題，於是就任士慶為令尹，授給他相印。