位於近江南部的要地，離東京很近，運送的伊勢的貨物又必須經過甲賀的鈴鹿峠，可以說這裏是近畿圏的軍事、經濟的重要據點。基於自己的家鄉自己守護的想法，後來就產生了被稱為“郡中惣”的自治係統。甲賀流甲賀忍與忍者，這個日本曆史上著名的武裝團體，一直以來在民間傳說及文學作品中都帶有極其濃重的神秘色彩。
所謂甲賀流，世代與伊賀並立為最強的忍者眾.早期為京都附近的諸侯，如六角氏，筒井氏，細川氏服務.後期臣服於天下霸者織田信長，在信長事業最輝煌的10年間（1572-1582）.依托信長的甲賀迅速發展，並趁伊賀遭到屠殺之際一度有獨霸忍界的趨勢.然而，這種趨勢隨著1582年信長在京都被部下謀殺，織田家四分五裂而停滯.但憑借這10年的積累，甲賀依然可以在日後德川幕府的時代與\"禦用忍者\"的伊賀分庭抗禮。在名稱上，這一忍者流派是因“甲賀”這一詞的誤讀而來。
現在的日本滋賀縣甲賀市、湖南市，正是甲賀流忍術的發源地。和伊賀流忍者一樣，甲賀流忍者表麵上也是以農業商業為謀生手段，而在需要的時候，則以忍者的身份活躍在戰場上。比較特殊的是，甲賀流忍者尤其擅長藥物的使用。
日本15——16世紀一百多年中，群雄割據，幕府統治名存實亡，原來中央政府統治力量就不強的伊賀地區一時間出現幾十家割據勢力，紛紛造反與相互攻伐，由於各勢力土地兵力有限，因此靠培養“特工”——“忍者”，進行偵察、偷襲、暗殺等活動，很快在日本湧現三十多個忍者流派，最有名的要數伊賀流與甲賀流。
上野忍者村的“傳承館”通過文獻和實物揭開忍者日常起居與修煉的神秘麵紗，原來，武功隻是忍者所修行的“忍術”中一小部份，除此外還有“食、香、藥、氣、體”五種必修科目，俗稱“忍者五道”。
忍者（日語：忍者にんじゃ）既是武士又是刺客，接受日本忍術的訓練（即秘密行動的技術）。“忍者”這個名詞最早可以回溯到江戶時代。忍者像日本武士道和日本武士一樣，遵循一套自己引以為榮的專門規範（忍術），與大眾的想法相反的是忍者專門從事間諜活動而不是暗殺。
忍術的理論基礎是由中國傳來日本的孫子兵法而來，之後再加上修練道，以及在山中的伏擊技巧發展而成。在平安時代時，由於武士階級興起，在山中伏擊的兵法就由武士去發展。在源平時代，學會在山中伏擊的源義經成功的使用了山中伏擊的技巧，完成了攻擊麵戰法的理論。在南北朝時代，楠木正成發展出防禦麵的兵法，在此同時，忍術跟武術才分開成不同的係統。
在戰國時代，忍術開始有長足的進步，因為這個時代非常需要忍術，武術和兵法。但是和兵法，武術不同的是，忍術有他的獨特性。忍術發達的地區有以下幾處忍術的流派也就是用以下的地名當作流派的名稱：武藏，甲斐，越後
信濃，伊賀，等四州
甲賀，紀伊，等叁州
其中後叁州的忍術在日本是最為發達的。
猿飛佐助佐助是日本戰國時代非常有名的忍者真田十勇士之首。是居住在信州鳥居峠的山林中的隱士鷲尾左太夫之子。一天傍晚在山中與山猿追逐嬉戲時偶遇甲賀流忍術高手戶澤白雲齋，並拜其為師學習甲賀流忍術。三年後忍術學成，達到免許皆傳（日本各種武術流派弟子中最高水平的稱呼）段位。十五歲時一天，在鳥居峠狩獵時遇到真田幸村，成為幸村之家臣，並改名為猿飛佐助幸吉。大阪保衛戰前，幸村在九度山蟄居，這時佐助遊曆日本，並將天下情勢及時報知幸村。
戰國時代，甲賀忍者與伊賀忍者分別為不同的主公賣命，早期為京都附近的諸侯，如六角氏，筒井氏，細川氏服務.後期臣服於天下霸者織田信長，在信長事業最輝煌的10年間（1572-1582）.依托信長的甲賀迅速發展，並趁伊賀遭到屠殺之際一度有獨霸忍界的趨勢.然而，這種趨勢隨著1582年信長在京都被部下謀殺，織田家四分五裂而停滯.但憑借這10年的積累，甲賀依然可以在日後德川幕府的時代與\"禦用忍者\"的伊賀分庭抗禮.
戰國時期的甲賀有一種被稱為「郡中惣」的獨特的合議機製，大小事情都由「郡中惣」來決定.在1487年發生的長享之亂中的鉤之陣中活躍者的住在甲賀的五十三個地侍（鄉士）被稱為甲賀五十三家，其中最重要的被六角家授予感狀的二十一家被稱為甲賀二十一家.