建安四年春，雷雲派議郎王浦攜帶漢獻帝的詔書給孫策，任命他為騎都尉，襲父爵烏程侯，兼任會稽太守，並命他與呂布、陳瑀等一起討伐袁術。孫策覺得自己統領兵馬，騎都尉的職務有點低了，想得到個將軍的的封號以自重。派人向王浦微露其意。王浦當即以皇帝的名義宣布孫策權代明漢將軍。當時，陳瑀軍駐海西，孫策按詔書要求，整頓兵馬，要去與呂布、陳瑀會麵，謀劃軍機，參同形勢。但他率軍走到錢塘時，情況卻發生了變化。原來陳瑀想要乘機奪取孫策的地盤。他派人秘密渡江，拿著三十多個印信給各地散寇及諸險縣大帥，讓他們作內應，等孫策的部隊一開拔，馬上攻取他的郡縣。孫策發現這一陰謀，大怒，派呂範、徐逸統兵直撲海西，大破陳瑀，俘獲陳瑀和他的將士、妻兒等共四千多人。全部腰斬於市 。
為了不得罪雷雲隨後孫策派張結向漢廷貢獻方物，雷雲為了自己的利益著想，安此孫策，與之結納，上表奏準任命他為討逆將軍，封為吳侯。
孫策得知袁術兵敗後，借口幫雷雲打擊占據揚州江東的袁術勢力，趁機脫離袁術、自己經略江東。許貢在由拳被擊敗後投奔在吳郡烏程割據的山賊頭領嚴白虎。不久後嚴白虎又被孫策擊敗，兩人隻得投奔在餘杭的許昭。孫策說：“許昭有義於舊君（指盛憲），有誠於故友（指嚴白虎），此丈夫之誌也。”因此沒有繼續對他們趕盡殺絕。
許貢失勢後，仍然積極找機會奪回吳郡。他向朝廷上表，認為孫策驍勇冠世，指出放任孫策勢力坐大，對中央政府以及曹操來說將終成大患，提出以皇命召孫策進京的主張。若許貢上表成功，則會給雷雲理由召孫策進京，對孫策來說凶多吉少。而已經被孫策統一的江東又將重新陷入分裂的境地，許貢可以從中得利。此表被孫策截獲，孫策找許貢來對質，許貢推說沒有上表，孫策於是命令武士將許貢絞殺。
袁術的長史楊弘、大將陸勉欲率部投奔孫策，不料被廬江太守劉勳截擊，全體被俘。而袁術的女婿黃猗等人，也懾於雷雲、曹操的威力，不敢向朝廷投降，帶領袁術的家小和部曲男女，到皖城投奔劉勳。劉勳的兵力驟然大增，但糧草不繼。劉勳便派堂弟劉偕向豫章太守華歆借糧，華歆也正缺糧，隻好派人領著劉偕到海昏、上繚，向劉繇的舊部告借三萬斛。劉偕去了一個多月，才借得兩千斛，於是報告劉勳，並讓劉勳領兵前來攻襲。
當時劉勳兵力相當強，孫策想借機解決掉，也寫信來，勸劉勳攻襲海昏、上繚。信中，孫策屈己下人，說：“上繚地方十分富饒，希望您能興兵討伐，我願出兵做您的外援。”
劉勳決定攻取上繚。他悄悄率軍經過彭澤，來到海昏地方。當地守將堅壁清野，留下一座空城，劉勳一無所獲。
當時，孫策引兵再度西征黃祖，正走到石城，聽說劉勳已到海昏，立即讓孫賁、孫輔率領人馬駐在彭澤，準備攔擊劉勳，自己則與周瑜率兵兩萬繞襲劉勳的大本營皖城，一舉攻破，俘虜三萬多人。於是，任命李術為廬江太守，撥給他三千人馬保守皖城，其餘人眾，全部移往吳地。
劉勳聞訊大驚，星夜回軍彭澤，孫賁、孫輔出兵截殺，劉勳大敗，逃往流沂，向黃祖求救。黃祖派他的兒子黃射率水軍五千人來援，孫策揮師進攻，劉勳敗逃，投奔曹操，黃射也逃跑了。孫策又得到劉勳兩千多兵士和一千多艘戰船。於是，乘勝進攻黃祖。
十二月八日，孫策進至沙羨。
劉表派侄兒劉虎和南陽人韓唏帶領長矛隊五千人趕來支援黃祖。十一日，孫策率周瑜、呂蒙、程普、孫權、韓當、黃蓋等將領同時並進，與敵大戰，黃祖幾乎全軍覆沒，韓唏戰死，黃祖隻身逃走，士卒溺死者達萬人，孫策繳獲戰船六千艘。