近幾天來，楊嗣昌看出來皇帝有意派他去湖廣督師，又想留他在朝廷“翊讚中樞”他自己也把這問題考慮再三，拿不定最後主意。他很明白自己近幾年身任本兵，對內對外軍事上一無成就。幾個月前因清兵人塞，連破城池，折損主帥，皇上為輿論所迫，不得已將他貶了三級，使他戴罪視事。不料如今熊文燦又失敗了，而文燦是他推薦的。若不是皇上對他聖眷未衰，他也會連累獲罪。春天，他建議增加練每年七百三十萬兩，隨田賦征收，以為專練民兵之用，遭到朝廷上多人反對。如今練響馬上就要開征，必然會引起舉國騷亂。可是編練數十萬民兵的事，決難實施。倘若練餉加了之後而練兵的事成了泡影，他就不好下台。 。
近一年來，朝野上下罵他的人很多，他很清楚。雖然他全是遵照皇上的旨意辦事，但是一旦皇上對他的寵信減退，朝臣們對他群起抨擊，皇上是決不會替他擔過的。如其到那時下詔獄，死西市，身敗名裂，倒不如趁目前皇上寵信未衰時自請督師。他相信自己的做事練達和軍事才能都比熊文燦高明得多，加上皇上的寵信，更加上以輔臣之尊，未出師就先聲奪人，成功是有指望的。但是他也想到目前將驕兵惰，兵切兩缺，加上天災人禍弄得人心思變，大江以北幾乎沒一片不亂土地。萬一出師無功，將何以善其後呢？
形勢急迫，不管對崇禎說，對楊嗣昌說，這個問題都必須趕快決斷。在文華殿召對時候，雙方都在揣摩對方心思。崇禎先問了問軍餉問題，隨即轉到湖廣和陝西軍事方麵，歎口氣說：“朕經營天下十餘年，用大臣大臣讀職，用小臣小臣貪汙，國家事遂至於此，可為浩歎！如今決定拿問熊文燦，置之重典，以為因循誤事、敗壞封疆者戒。洪承疇尚能做事，但他督師薊遼，責任艱巨，無法調回。舉朝大臣中竟無可以代朕統兵剿賊之人！”
楊嗣昌趕快跪伏地上說：“熊文燦深負陛下倚任，拿問是罪有應得，就連微臣亦不能辭其咎。至於差何人赴湖廣督師，請陛下早日決斷。倘無適當之人，臣願親赴軍前，竭犬馬之力，剿平逆賊，借贖前愆，兼報陛下知遇之恩。”
崇禎點點頭說：“倘先生不辭辛勞，代朕督師剿賊，自然甚好。隻是朝廷百事雜亂，朕之左右亦不可一日無先生。湖廣方麵究應如何安排，倘若先生不去，誰去總督請將為宜，須要慎重決定，以免債事。先生下去想想，奏朕知道。”
兩天以後，崇禎見到了楊嗣昌的奏疏，情詞慷慨，請求去湖廣督師剿賊。他仍然因中央缺少像楊嗣昌這樣的大臣，將無人負責同滿洲秘密議和，猶豫很久。直到八月底，又接到湖廣和陝西兩地軍事失利的奏報，他才下最後決心，命司禮監秉筆太監替他擬了一道給楊嗣昌的諭旨。他提筆改動幾句，再由秉筆太監謄寫在金花箋紙上，當天發了出去。那諭旨寫道： 。
間者，邊陲不靖，卿雖盡瘁，不免為法受罰。朕比國優敘，還卿所奪前官。卿引愆自貶，堅請再三，所執甚正，勉相聽許。朕聞《春秋》之義：以功覆過。方今降徒於紀，西征失律；陝寇再熾，圍師無功。西望雲天，殊勞朕憂！國家多故，股肱是倚；以卿才識，戡定不難。可馳驛往代文燦，為朕督師。出郊之事，不複內禦。特賜尚方劍以便宜誅賞。卿其芟除台賊，早奏膚功！《詩》不雲乎：“無德不報。”賊平振旅，朕且加殊錫焉。 。
過了一天，崇禎下旨恢複楊嗣昌原來的品級，賜他精金百兩，做袍服用的大紅紵絲表裏四匹，鬥牛衣一件，賞功銀四萬兩，銀牌一千五百個，紵絲和排絹各五百匹，發給“督師輔臣”銀印一顆，餉銀五十萬兩。宮廷和主管衙門辦事從來沒有像這樣迅速，崇禎本人也很少像這般慷慨大方。楊嗣昌深深明白皇上對湖廣和陝西軍事有多麼焦急，而對他的期望是多麼殷切。他當天就上疏謝恩和請求陛辭，並於疏中建議七條軍國大計。崇禎對與楊嗣昌的奏請，無不一一應允。
楊嗣昌離京之後，沿路不敢耽擱，急急趕路。轎夫們輪流替換，遇到路途坎坷的地方他就下轎乘馬。每日披著一天星星啟程，日落以後方才駐下。每隔三天，他就向朝廷報告一次行程。自來宰相一級的大臣出京辦事，多是行動遲慢，沿途騷擾，很少像他這樣。所以單看他離京以後“迅赴戎機”的情形，滿朝文武都覺得他果然不同，就連平日對他心懷不滿的人也不能不認為他到襄陽後可能把不利的軍事局麵扭轉。至於崇禎，他平日就認為楊嗣昌忠心任事，很有作為，如今每次看見楊嗣昌的路上奏報，感到很大欣慰。