小小的府內城哪裏容得下明朝和朝鮮的十萬大軍？於是，在島津光久派出家臣新納忠堯率領一千五百人作為向導和先頭部隊之後，明軍先頭部隊孔有德部五千人和朝鮮軍樸中環的朝鮮軍三千人一起殺向細川家的本城——熊本城。
熊本城與大阪城、姬路城合稱為日本的三大名城，為名將加藤清正耗費七年心血完成，前身是室町時代隈本城加以改建成。加藤清正是戰國末期數一數二的勇將，其“虎之退治”和一係列以軼事更使其成為戰國時期人氣最高的武將之一。在侵略朝鮮時，由於清正的努力奮戰，日軍在朝鮮戰爭的初期相當順利，在明朝的史書中更是這樣記載著：“倭人清正，強悍、嚴厲，實乃酋中名將也。”在這之後，加藤虎之助清正之名，傳遍整個日本。
加藤清正的築城才能，是在築造大阪城時為豐臣秀吉所發現的，當時隻有二十四、五歲的清正，確立了如今大阪城的確切位置並擔任了築城下準備工事的奉行，為日後建成雄偉的大阪城立下大功。在發現了清正築城的潛力後，秀吉命令清正與寺澤廣高等築造了日軍侵略朝鮮的大本營肥前名護屋城，完工後，其五層七重的天守閣以及本丸，二之丸，三之丸的美觀使用連德川家康，伊達政宗，蒲生氏鄉等後世築城名手都讚歎不已。
天正十六年，佐佐成政因為失政被秀吉勒令剖腹，並沒收領地後，肥後一國分為南北兩國，由清正和小西行長兩人分別領取。清正拜領二十五萬石，以隈本為居城。熊本的建設地，位於隈本東南的茶臼山丘陵地帶，橫跨坪井川，而肥後的白川和井芹川則成為了天然要害，是日本築城史上並不多見的占據天險的平山城。
新納忠堯介紹加藤清正時，語氣甚是敬畏，但是孔有德和朝鮮將軍樸中環越聽越來氣。你加藤清正越勇武善戰，朝鮮戰爭時殺的朝鮮人和明人越多。尤其是加藤清正在朝鮮時。壬辰戰爭中，最令朝鮮人民痛恨的，恐怕非加藤清正莫數了。
樸中環不屑地對自己的部下說道：“兄弟們，圍城是很枯燥的事情，咱們唱兩首民歌來助興吧！”
朝鮮士兵們問道：“樸將軍，我們唱什麼民歌啊？《桔梗謠》嗎？”
樸中環用極為煽動性的語氣說道：“這座城名叫熊本，是當年倭將清正建造的！我們唱《真痛快，清正逃跑啦！》和《就是你——倭將清正》。”
“什麼？倭將清正？”朝鮮士兵們嘩然。
清清清，清清清清，清清，
真痛快，清正逃跑啦！
狠打猛殺，狠殺猛打，痛擊莫留情！
真痛快，清正逃跑啦！
揍敵人，抓俘虜，真痛快！
快看啦，敵人抱頭鼠竄啦！
真痛快，清正逃跑拉！……
就是你——倭將清正！
安東三十裏，。
膽敢來竄犯？
請來吧，叫你成我刀下鬼，
有來沒有回！
朝鮮士兵們有人滿含熱淚，有人咬牙切齒，放聲高唱這兩首民歌。
在侵朝日軍諸部中，加藤清正一部是軍紀最差、最惡劣的一部，作為日軍侵朝第二軍團的軍團長，加藤清正繼小西行長在釜山登陸後，直奔漢城而去。而小西行長作為先鋒隊，一路橫衝直撞，橫掃怯弱的朝鮮守軍，連下數城，加藤清正隨後急追而寸功未立，不由怒火中燒，於是可憐的朝鮮人也就跟著遭了殃。在加藤清正激發手下士兵戰鬥力的方式中，“縱容”占了很大比例，他每至一地皆縱容士兵屠城，甚至自己也參與到燒殺搶掠中，動輒屠戮數萬朝鮮當地居民。僅在晉州一地，就屠殺朝鮮平民六萬餘人；在蔚山屠殺朝鮮平民兩萬餘人；慶州殺朝鮮百姓三萬餘人；尚州殺兩萬，聞慶殺兩萬……數不勝數，從釜山到漢城這一路，至少有數十萬朝鮮軍民喪生於清正和他的部下的屠刀下。攻入漢城後，清正縱容士兵劫掠三日，屠殺平民八萬餘人，其中包括五千名投降的官兵，掠奪財物無數，最後還縱火焚城，數萬間房屋、宮殿毀於一旦。
種種劣跡令加藤清正在朝鮮惡名昭著，以至於當是明朝和朝鮮的文獻中都用“瘋狗”來形容加藤清正，至今，“加藤清正”一詞在朝語中仍然是“狗”的代名詞。所以，高麗半島狗肉館興隆，人們天天開膛破肚切狗宰狗，原來之意是殺“加藤”泄憤。
但這位在朝鮮人民心目中罪大惡極的日軍將領，在日本本土，自己的領地上，卻有著極好的口碑，是那種為數不多的身後極少受到非議的人。熊本當地的百姓今天依舊將虎之助尊稱為“清正公”可以毫不誇張的說，當地百姓對加藤清正的種種愛慕之情已經形成了一種“清正信仰”，在九州同樣具有極高聲望的戰國武將新納忠元（新納忠堯的父親）受百姓愛戴的程度遠遠不能與清正相比，所以新納忠堯在提到加藤清正的時候才會語帶敬畏。