而他的幼子拖雷，則常年跟隨在他左右，成為他最信任的那可兒，事無巨細都要谘詢的重要人物。按照幼子守灶的老規矩，毫無疑問拖雷要繼承他的大部分財產、營帳、牧場、大斡爾朵和軍隊。
整個蒙古軍隊12萬9千，大諾顏拖雷繼承了其中的10萬1千，其餘由他的三位哥哥和幾位叔叔繼承。
正是成吉思汗深謀遠慮的籌劃，保證了蒙古帝國沒有像草原上千百年來重複上演的一幕幕悲劇一樣，沒有因為他的去世而內亂、分裂、衰落。他的子孫繼續把蒙古帝國的光榮推到頂峰。
巴根台像所有的蒙古人一樣，是成吉思汗的崇拜者、擁護者。他自幼就是成吉思汗蒙古大軍中的一員，對成吉思汗大海一樣的智慧，對他生前死後的各項安排都佩服的五體投地，絕對服從。
唯獨對於汗位繼承的安排他大惑不解。毫無疑問，成吉思汗最愛的兒子是大諾顏拖雷，而拖雷正是巴根台的老長官。拖雷大諾顏剛毅勇猛，正直友愛，是傑出的戰略家和戰術家，深受蒙古軍民愛戴，黃金家族擁護，幾乎是繼承汗位的不二人選，而成吉思汗卻留下遺命汗位由三子窩闊台繼承。
他又安排他最信任的巴根台和他的特種兵保護拖雷，這是為什麼呐？按照蒙古民族自古以來的老規矩，軍國大事都要召開庫裏台大會，由黃金家族成員，德高望重的重臣和將領集體決定。難道成吉思汗就不怕庫裏台大會推翻他的遺命麼？
在成吉思汗生前，西夏國主李睍已經約期一個月投降，成吉思汗同意了。一月期限未到，成吉思汗已經病逝於秦州清水。
成吉思汗生前六攻西夏，對這個反複無常的國家他從心裏不信任，在他看來，一次失信終生都不值得信賴。而西夏對蒙古失信豈止一次，如果西夏人不失約，他的大將木華黎早就占領鳳翔，平定關中了。
但是西夏人約期不至，讓木華黎遺憾而死，成吉思汗是絕不會饒恕西夏的，他不能把這個禍胎遺留子孫。因此，他密囑諸將，秘不發喪，待西夏皇帝來降時將之殺死，隨後屠滅西夏國都興慶府。
成吉思汗去世後，二王爺察合台正在也兒的石河主持後勤，三王爺窩闊台威望不足，實際主持軍中事物的是大諾顏拖雷。他忠實的執行了成吉思汗的遺囑，待李睍等西夏皇族來降的時候，喝令巴根台撲殺之。
隨後蒙軍入城，將城中數十萬饑餓的西夏人驅出城外，除工匠和孩子以外屠殺殆盡。接著蒙軍將興慶城中的財物洗劫一空，然後放起大火，將這個偉大城市燒成一片廢墟，大火半月不熄。西夏，這個唐兀惕人創立的偉大國家綿延了200年，終於在戰火和殺戮之中徹底滅亡了。
巴根台遠遠望著熊熊的大火，感到巨大的悲愴，建立一個真正的理想之國的信念從來沒有那樣強烈。
西夏，這個賀蘭山下的明珠，已經被戰火蹂躪成了不毛之地，沒什麼可留戀的了。拖雷、窩闊台率蒙軍主力和成吉思汗的靈柩回師，按照蒙古習俗，蒙軍屠殺了沿途所見的一切人畜，於這一年冬天回到了不兒罕山下三河源頭。那是蒙古先祖所居之地，停靈於大斡爾朵，這才發喪。
拖雷在大斡爾朵中派出報喪使者，將成吉思汗的死訊傳遍蒙古帝國，宗王公主顯貴重臣將領從帝國的四麵八方紛至遝來，向偉大的成吉思汗致最後的敬意，最遠的3個月才到達不爾罕山川。
送葬的那天，巴根台和諸將跪伏成吉思汗靈前，以刀剺麵，鮮血和淚水沿著麵龐流淌。木華黎之子孛魯國王帶傷奔喪，因為悲痛傷心過度，一病不起，終於病逝。如果不是窩闊台勸阻，不知道多少將領要以身殉葬，永遠陪伴成吉思汗。
喪禮過後已是第二年春，將成吉思汗葬於不兒罕合勒敦群山中的阿剌篩山中，這是成吉思汗生前選定的墓地。一代天驕成吉思汗的時代結束了，蒙古新的一頁即將開始。
成吉思汗的喪事料理完畢，宗王貴人諸將返回各自的封地，公推由拖雷大諾顏坐鎮大斡爾朵，在未召開庫裏台大會選出新汗之前暫時監國。