組織申報北京市和教育部質量工程項目25項，其中獲得立項17項，包括國家級教學成果二等獎1項、北京市教學成果獎6項。獲得市級以上大學生課題70項。
確定了依托ＢＢ數字教學平台的課程建設發展目標，開展了結合ＢＢ網絡課程建設同時開展的校級精品課程評審，組織了ＢＢ數字平台係列培訓。配合北京市大學生科學研究與創業行動計劃和教育部大學生創新性實驗計劃，開設了大學生創新能力培訓課程，麵向各專業一、二年級學生開放，培訓合格的同學將獲得申報教育部大學生創新性實驗計劃和北京市大學生科學研究與創業行動計劃課題的資格。全年發布校級教育教學研究課題31項。
學生工作：截至8月31日，畢業生就業率95.18％，其中升學276人，占13.86％；未就業96人，占4.82％。到醫療衛生單位就業555人，占27.87％。
年內，建立了學生月報製度，在關鍵節點加強值班，製訂了《本專科學生工作突發事件處理預案》，保證校園穩定。
以“學生思政教育和輔導員隊伍建設”為主題開展下半年的調研工作，形成了《北京中醫藥大學大學生思想政治教育現狀調查報告》，並創建了學工部思政教育中心、學生思政課外活動小組和學生國旗班。建立輔導員信息庫，發放了《輔導員、班主任深度輔導工作實施指導意見》和《輔導員、班主任深度輔導手冊》等。同時，開展調研，形成了《輔導員隊伍建設現狀調查報告》，製訂了《輔導員隊伍建設實施辦法》（討論稿），並開展了學校輔導員隊伍的建設和管理大討論。
7～10月，完成國慶遊行團隊校內管理組的組織保障、慰問激勵、組織迎送等各項任務和國慶聯歡團隊的組織訓練工作，完成國慶遊行、聯歡任務。學校共有850多名師生參加國慶60周年慶祝活動，包括715名群眾遊行第三方陣“浴血奮鬥”遊行隊員、52名“浴血奮鬥”彩車隊員、44名廣場聯歡隊員、40餘名國慶誌願者。組建了醫療專家指導隊伍，成立了國慶遊行公共衛生醫療保障組。在訓練之餘，向參訓的國慶遊行隊員和誌願者開辦中醫養生保健和中華傳統健身操大講堂，其中穴位按摩緩解疲勞、頸肩腰腿保健操、中華傳統健身操很受歡迎，並研製了健康涼茶。采用針灸、拔火罐、中醫推拿和中藥治療等，提供高效專業優質的中醫藥服務。
繼續關注學生心理健康教育工作的開展，設立了心理健康教育工作專項經費。開展了心理健康月活動；在學生班級中設立學生心理委員，建立了第三級心理健康教育網絡；對在校學生和2009級新生開展心理普查；加強個體谘詢和團體輔導工作；繼續在學生中開設《生活教育》選修課，普及心理健康教育。與學校信息中心合作，進行學生信息係統一體化建設，從學生日常教育管理的各個方麵進行梳理，將所需內容整理歸納，編製了一套全方位學生信息係統和學生管理係統，並進入試運行階段。
大學生職業發展和就業指導課程作為大學通識必修課，在2008級和2009級學生中開設。10月18日，在第五屆國際亞太生殖健康大會上，北京中醫藥大學誌願者參加安保、外賓注冊、綜合調度、外語翻譯、境內外媒體接待等工作，得到了大會組委會的肯定。
11月30日，在首都防治艾滋病誌願者活動周中，本校17名岐黃誌願者與胡錦濤總書記一起參加編織紅絲帶和手語表演等活動。中醫藥大學共有30餘名誌願者參與誌願者招募、紅絲帶編織以及手語表演等活動。科研工作：全年獲各級科研課題253項，其中國家級課題37項、省部級課題34項、校級課題83項、橫向課題20項、其他課題79項。獲國家自然基金項目28項，國際科技合作項目4項，教育部社科新世紀人才3項，首次獲得教育部社科新世紀人才1項，教育部人文社科基金項目1項，科技部國際科技合作基地1項，國家科學技術學術著作出版基金項目1項，北京市自然基金6項。獲北京技術市場金橋獎集體二等獎。全年科研項目中標總經費7181萬元。年內，獲教育部成果獎4項，其中一等獎1項、二等獎3項；中華中醫藥學會科技成果獎8項，其中一等獎1項、二等獎4項、三等獎3項；中華中西醫結合學會科技成果獎2項，其中二等獎1項、三等獎1項；中國商業聯合會服務業科技創新人物獎1項。ＳＣＩ收錄論文21篇，國際科技會議索引2篇，ＥＩ1篇，核心期刊873篇。
首次獲得科技部國際科技合作基地1項；首次獲市教委工程中心1項，中標經費500萬元；獲批國家中醫藥管理局三級實驗室14個。
國際交流與合作：全年接待來訪外賓490人次。派出129人次，分赴22個國家和地區。2月，校長高思華陪同國家副主席習近平出訪墨西哥和哥倫比亞，與墨西哥科技大學簽署了合作協議；5月，派代表團出席全球傳統醫學大學網絡成立大會；10月，13名專家赴台灣參加海峽兩岸中醫合作發展論壇。與墨西哥科技大學、沙特阿拉伯王國阿卜杜勒·阿齊茲國王大學、英國泰晤士河穀大學、奧地利格拉茨大學、美國南加州醫科大學、日本福岡縣立大學、馬來西亞管理科技大學等簽署了合作協議或備忘錄；與英國諾森比亞大學重新簽訂諒解備忘錄；完成與德國慕尼黑科技大學、德國魁茨汀醫院、西班牙歐洲中醫基金會合作協議的續簽；與泰國嗬勒學院、新西蘭懷阿裏奇理工學院、馬來西亞國際醫科大學及美國抗衰老協會的合作正在商談中。有校際合作關係的境外大學增至55所，分布於21個國家和地區。接待新加坡中藥學院、奧地利格拉茲醫科大學、意大利佛羅倫薩醫科大學、韓國慶熙大學等130多名交流學生，安排新加坡南洋理工大學2006級學生來校學習，向奧地利派出交流學生14人。