1月
市衛生局向直屬單位黨委（總支、支部）下發了《北京市衛生局基層黨建帶團建工作情況自查表》，對2008年度工作進行調查摸底。
1～2月
市衛生局組織對市屬醫療衛生公益性科研院所的基本情況和學科發展情況進行專題調研，並製訂了《北京市市屬醫療衛生公益性科研院所科技發展規劃（2008～2015年）》。
1～6月
市衛生局加強對直屬事業單位工資總額使用的宏觀管理，對2008年下半年工資總額執行情況進行了檢查。針對發現的問題，人事處會同市人力資源與社會保障局工資管理部門開展了實地調研。
本市於2002年開始安裝使用繼續醫學教育管理係統（ＩＣＭＥ係統）和配套硬件設備，市衛生局對ＩＣＭＥ係統軟件進行了升級，並實現在線動態管理，涉及各級衛生行政部門、醫療衛生單位、醫學社會團體等單位700餘家。
2月
1日
印發《北京市衛生局關於2009年首都醫療行業醫藥價格管理工作的指導意見》。
4日
召開區域醫療服務體製改革試點研討會，市衛生局副局長鄧小虹、醫政處副處長陳靜，市人力資源和社會保障局醫保處副處長王培亮，西城區衛生局局長邊寶生，各有關醫院院長參加。
6日
召開全市愛衛辦主任工作會，部署全年愛國衛生工作。
市衛生局召開2008年首都衛生係統“平安醫院”建設工作彙報會。衛生部辦公廳、首都綜治辦、市公安局、市民政局、市城市管理綜合執法局的領導參加。經過區、市衛生局兩級檢查驗收，推薦23家醫院參加市級“首都平安示範醫院”評選。
9日
市衛生局接到中央電視台新址配樓發生火災的報告，立即啟動重大突發火災事件醫學救援應急機製。現場轉運傷員9人，派出急救車85輛、大型物資供應車2輛、指揮車4輛，現場急救人員285人，急救物資200人份。同時，啟動由朝陽醫院、中日友好醫院、解放軍292醫院、積水潭醫院、同仁醫院和垂楊柳醫院等組成的院內救治網絡醫院，開展緊急醫學救治工作。
9～11日
北京市社區衛生工作領導小組相關成員單位（市衛生局、財政局、發改委、監察局、勞社局、人事局、編辦）派出成員與社區衛生工作專家組成考核組，對18個區縣社區衛生工作進行專項考核。
10日
市衛生局召開衛生係統安全生產工作會議，全市三級醫院、局直屬單位的黨政一把手，相關部門負責人200人參加，並邀請衛生部辦公廳和北大醫學部的領導參加。市衛生局黨組書記、局長方來英傳達了市委、市政府安全生產會議精神。
2月11日～3月30日
市衛生局審計處受組織處委托，對安定醫院、信息中心、宣傳中心、回龍觀醫院4家直屬單位的領導幹部進行離任審計。
12～13日
市衛生局召開北京市質控中心2008年度工作評估會。市血液透析質控中心、市體檢質控中心、市醫學美容整形質控中心等7個質控中心分別作了工作彙報，參會的16個質控中心主任彙報了2009年質控中心工作計劃。
14日
召開首都預防艾滋病宣傳誌願者“1＋1”十進行動之“安全的愛，相伴終生”進影院主題活動。活動覆蓋全市70多家影院，新發展誌願者1500餘人。
14～15日
市衛生局舉辦中國醫藥衛生體製改革高峰論壇。國家發改委、衛生部、人力資源和社會保障部的領導以及清華、北大、人大、協和醫學院的專家學者從多角度解讀了衛生改革政策。首都醫務界與會者800多人次。
16日
市衛生局召開中蓋艾滋病項目2008年工作進展彙報會。中國疾控中心性病艾滋病防治中心副主任、中蓋項目國家項目辦副主任孫江平，中國性艾協會會長戴誌澄，蓋茨基金會北京代表處主任葉雷，市衛生局副局長、北京市中蓋艾滋病項目辦公室主任趙春惠等領導和專家參會。
17日
市衛生局召開老幹部工作會議。局黨組副書記張秀芳作了《科學發展，與時俱進，全麵做好離退休幹部工作》的報告，市直機關工委老幹部處處長徐瑞霞出席會議。
市衛生局副局長鄧小虹，醫政處處長邱大龍、副處長陳靜，物價處處長徐濤，法規處副處長薛海寧；衛生監督所副所長李揚，市政協教文衛體委員會的政協委員到英智眼科醫院、美中宜和醫院考察北京市民營醫院運營發展情況。
19日
市衛生局局長方來英、副局長於魯明與林秉恩署長率領的香港特別行政區衛生署代表團和張偉麟總監率領的醫院管理局代表團，就京港兩地基本醫療衛生服務、醫療衛生體製改革等問題進行了交流與研討。代表團參觀了東城區社區衛生服務管理中心和西城區衛生局，就雙方合作達成初步意向。
22日
北京市衛生係統領軍人才和學科帶頭人評審會結束。市屬13家醫院和研究所的13名領軍人才候選人、20名學科帶頭人候選人參加了答辯。
24日
北京市副市長丁向陽，北京市政府副秘書長魯勇，市衛生局局長方來英、副巡視員郭晉和，市糾風辦主任何群，市藥監局副局長叢駱駱等領導參加了藥品集中采購各有關委辦局會議。落實衛生部、國糾辦等六部委印發的《關於印發進一步規範醫療機構藥品集中采購工作的意見的通知》精神，調整北京市醫療機構藥品集中采購局級聯席會議及辦公室組成與職能，組織各有關委辦局對其他省市藥品集中采購工作進行考察、研究。
25～26日
國家中醫藥管理局召開全國中醫醫政工作會議，市中醫局局長趙靜參加，並進行了經驗交流。
27日
市愛衛辦以“清潔家園，迎接兩會”為主題，以各區縣社區和社會單位為重點，開展了第二個城市清潔日活動，口號是“從我做起，人人參與，全民動員，美化家園”。
3月
2日
北京市第二期社區護士骨幹培訓班開班，14個區縣的49名社區衛生服務骨幹護士在首都醫科大學接受為期6個月的理論與技能培訓。