不久，各部多有反叛的，大元帥便討伐平定了他們。太祖崩世的訃告送到東丹時，耶律倍當日便奔赴先帝崩所。當耶律倍得知皇太後想要立耶律德光為帝時，便對公卿們說：“大元帥功業及德行及於人民與神癨，內外官員同心擁護，應該為社稷之主。”於是便與群臣向太後請求而讓位於德光。於是大元帥耶律德光即位為皇帝，這便是太宗。
然而太宗做了皇帝之後，耶律倍卻受到猜疑，於是太宗便以東平為南京，讓耶律倍遷居於此，同時也將那的百姓全部遷出。不僅如此還設置了衛士秘密偵候他的行止動靜。
耶律倍回東丹國之後，命王繼遠撰作《建南京碑》，並造書樓於西宮，然後又做了《樂田園詩》。唐明宗聽說後，便派人跨越大海帶著書信秘密招徠耶律倍。耶律倍當時正田獵於海上。使者兩次前來，耶律倍便是對左右說：“我將天下讓給主上，現在反而受到猜忌，
不如到外國去，以成就像吳太伯那樣的聲名。”然後立木於海上，並在上麵刻詩曰：“小山壓大山，大山全無力。羞見故鄉人，從此投外國。”便攜著高美人，載著書卷渡海離開了故國。
唐用天子的儀仗及衛士迎接耶律倍，耶律倍坐在船殿之上，由眾官員陪侍祝壽。到了汴京，見明宗。明宗將莊宗後宮夏氏嫁給他，並給他賜姓東丹，取名慕華。改瑞州為懷化軍，拜耶律倍為懷化軍節度使、瑞慎等州觀察使。而後又賜姓李，名讚華。移鎮滑州，遙領虔州節度使。耶律倍雖然身在異國，但每每思念親人，問安的使者不絕於道。
耶律倍密告從珂遭身死
後來明宗養子李從珂弑君自立，耶律倍便秘密寫信給太宗說：“從珂弑君，何不討伐他?”待到太宗立石敬瑭為晉主，對洛陽用兵。從珂想自焚，召耶律倍與他同死，耶律倍不聽從他的，從珂便派壯士李彥紳殺害了他，時年三十八歲。有一僧人收了他的屍骨並將他掩埋了。石敬瑭進入洛陽後，便著喪服前往吊孝臨哭，並以天子禮儀暫時停柩待葬，後來太宗將耶律倍改葬於醫巫閭山，諡為文武元皇王。世宗即位，諡曰讓國皇帝，陵曰顯陵。統和年間，改諡文獻。重熙二十年(1051)，增諡為文獻欽義皇帝，廟號義宗，又諡兩位皇後為端順、柔貞。
耶律倍當初購書萬卷，並將它們藏在醫巫閭山絕頂的望海堂。他不僅通曉陰陽五行，了解音律，而且精通醫藥、砭灸之術。不僅如此，他的遼、漢文章也都寫得很是精妙，他還曾翻譯過《陰符經》。也很擅長描繪本國人物，如《射騎》、《獵雪騎》、《千鹿圖》，這些作品均藏於宋秘府。然而他性情苛刻嚴峻而嗜殺，婢妾有些小過失，常常用錐刺燒灼的刑罰懲罰她們其中有夏氏因為害怕而請求削發為尼。有五子：
長子世宗，次為婁國、稍、隆先、道隱。
耶律倍滿腹才學，卻命運坎坷，讓位遭忌，又出走他國，最終克死他鄉，不能不讓人悲憫他的心酸人生。然而悲憫之餘我們也不難發現這樣的多舛人生其實是由其性格鑄就的。因而他的故事告訴我們，學習固然重要，然而修身養性，培養良好的性格也同樣很重要。