雖然挾狼城大捷的巨大聲威，但是反抗的土司依然還是冒出來了。
大明崇禎八年（1635年）的五月，蕭嚴統帥二萬軍隊出現在貴陽，一舉殲滅圍攻貴陽的三萬土司聯軍，隨後一口氣攻破了二十九個寨子，處死了十七個不肯服從新製度的土司。貴州的局麵才宣告安定，並且新的土司改革製度得以推行。
至於廣西，張振嶽沒有照搬雲南模式，他可沒興趣帶著軍隊在十萬大山裏麵跟土司們玩躲貓貓。所以他的辦法很簡單，付錢。也就是花錢雇傭土司的軍隊，當然是有需要的時候，平時則支持這些土司沒事的時候跟交趾發生些邊境摩擦什麼的。
到大明崇禎九年，張振業這個西南經略的威望終於成功的樹立起來了，變成了名副其實的西南王，西南的土司們已經不記得黔國公是誰了。
大明崇禎九年（1636年），孫傳庭設伏，擒殺闖王高迎祥，李自成成為新闖王。農民軍的隊伍越來越多，而且曆史在這裏發生了一個重大偏差，而這個偏差是由於某種不負責任的蝴蝶引起的。
由於孫傳庭和盧象升分別在陝西和山西重創了農民軍，李自成和張獻忠不得不帶著隊伍逃入了河南，結果，農民軍發展的速度比曆史來得更快更猛。
這中間，當初在南陽曾救過張振嶽等人一命的陳奇瑜因為戰功顯赫，被擢為總督陝西、山西、河南、湖廣、四川軍務，進馳均州，調集諸將圍擊各路起義軍。李自成等部農民軍被迫退入興安（今陝西省安康市），困於車箱峽，因明軍包圍嚴密，遂詐降。而陳奇瑜就因為中了李自成生平唯一一次詐降，結果屢立戰功的他被朝中百官參劾，不得不含恨去職，回山西老家種地去了。
張獻忠的起義軍尚未進入湖北就發展到了十五萬人，李自成則變成了二十萬，這樣的規模已經脫離了原來的曆史。而這個時候原本應該能打敗他們的左良玉卻還沒成氣候，結果曆史再次偏差，左良玉讓張獻忠打得落荒而逃。
不過共患難易共富貴難，這句話放在李自成和張獻忠身上是再恰當不過了。成了氣候以後，這個兩人變得誰也不服誰起來，最終選擇了各幹各的。
張獻忠帶著十五萬人殺入了湖廣，而李自成則在河南、安徽、山東這個中原攪了個天翻地覆。
大明的氣數進一步消耗，朝廷不得不調集盧象升、孫傳庭部，以熊文燦為六省軍務總督，再行進剿。。。
就在大明局勢糜爛之時，位於昆明狼城的軍工局建設完畢，正式投入生產。
這個軍工局和當年江南那個軍工局已經不可同日而語，孫元化任總監造，下設火炮司、火槍司、弩箭司、兵器司、護具司和武備司。
這個弩箭司是張振嶽要求設立的，畢竟火槍的威力在這個時代還是有限，也做不到人手一支，所以弓箭還是用得上的。但是明軍畢竟不是遊牧民族出身，論及騎射自然是不如別人的緊，這個時候弩就變得很重要了，因為把弩箭從兵器司分出來單獨設立一個弩箭司是必須的。
至於武備司，則不單單是製造殺人武器，還包括運輸工具，防禦工具，進攻工具，包括攻城車之類的。