永德元年五月初一，大明王朝正史記載的第十六位皇帝朱慈煥在南京祭祖，並舉行了第一次正式的大朝會。
這次朝會並不是一個簡單的儀式，而是決定了大明王朝未來命運走向的朝會。
朝會的第一件事，就是明詔天下，還都南京。這個是必須的，所謂名不正言不順，這個事情雖然隻是個儀式，但卻是不能省掉的重要步驟。
群臣們自然是山呼萬歲，並齊聲預祝大明在眼前這位十二歲的皇帝帶領下早日驅除韃虜了。
朝會的第二件事情，就是眾人比較關心的，當初紹宗登基的時候，由臨時設立的總理衙門牽頭，搞出了一個政治改革方案，或者叫朝廷機構改革方案雖然出台了，但是遲遲沒落實，如今新君登基，自然要把這個事情徹底定死，這樣大家才能在一個規則下有得玩。
不過今日朝會最終公布的方案和紹宗時的預案還是略有不同。
最終朝廷改為五院製，即政務院、軍務院、議政院、考試院和都察院，其中政務院和議政院是威國公和各方博弈之後妥協讓步的結果。
政務院就是原案的總理事務衙門，不過現在變了，由於忠君社的不斷反對，最終政務院的權力大大削弱，不再設立宰相，而是設立掌院大學士三名，也就是傳統意義上的首輔、次輔。所轄的部門也大大減少，原有的外務部、財務部、陸軍部、海軍部、吏務部、法務部、工務部、內務部、商務部、交通部、農務部、學務部、醫務部十三個部中的陸軍和海軍部被劃去了軍務院，而吏務部、學務部則劃歸了考試院。
於是新的政務院實際上就隻餘下外務部、財務部、法務部、工務部、內務部、商務部、交通部、農務部、醫務部九個部門。而且經過整合和更名，變成了戶部、刑部、工部、農商部、民部、外務部，人稱新六部。和舊六部相比，吏部這個權力最大的部沒有了。
而軍務院實際上是把五軍都督府和海軍、陸軍部合並而來，雖然叫軍務院，但掌院的卻不叫大學士，而叫大都督、左都督、右都督。其中左都督分管陸軍部、右都督分管海軍部。除了陸軍部和海軍部外，還設立了後勤部、軍情局、軍工局、皇家陸軍學院和皇家海軍學院這五個部級單位。
都察院則沿用之前的名稱，但是機構設置有些變化，左都禦史為尊，設右都禦史兩名輔佐之，右都禦史分管軍務督察、政務督察、法務督察、稅務督察四個局，各局下設禦史若幹。值得一提的是，政務院下屬六部的各科給事中這個職務被保留了，而且權限不變，隻是他們不再隸屬於都察院，而是歸於議政院。
考試院設掌院大學士一名、學士二名。下設學務部、吏務部、皇家政務學院三個部級單位。
議政院其實是舊案中立法院的變種，當初提出來的時候就因為嚴重不合祖製而遭到了官紳們的強烈反對，急於反動北方的張振嶽不得不做出讓步，把立法院從舊案中拿了下來。
而現在該為議政院再次打包推出來的時候，這個機構的職能就變得更清楚、目標也變得更明確。這就是一個為了限製皇權和相權而搞出來的機構，其原型就是英國和荷蘭議院，和後世的美國國會沒什麼關係。