這裏成了國民政府和蔣委員長最後的避難所。四川盆地擁有良好工業基礎也使得其可以作為日後戰略反攻的基地之一。
在四川盆地也有兩個選擇，即川西平原上的成都和川東丘陵中的重慶。由於日本最終未能占領蒙古高原，使得其無法從西北威脅渭河平原陝西和四川盆地，國民政府的主要防禦方向是東方。
由於地處山地丘陵，又可扼守長江三峽，重慶要比成都更適合防守。同時重慶也更容易通過長江長江黃金水道與江漢平原等地進行聯係，將影響力輻射至未淪陷區。
蔣委員選擇遷都重慶，是經過長時間的考察和思量的。195年，蔣委員帶領他的高級將領和德事顧問藉追擊紅軍的機會來到四川，但他的另一用心是尋找一個可以長期支撐中華民族對日作戰的根據地。
當時東北與熱河已淪為日本控製，委員長很明白，中國薄弱空軍的製空權短時間內就會被日本人控製，接著日本6軍將長驅直入，因此武漢不做考慮；而主力為清朝遺留下來的南洋艦隊也絕非日本帝國海軍的對手，中國海岸線將遭日本封鎖，廣州也不盡理想。
在孫中山的建國方略中，很大的建設核心是圍繞廣州、重慶、上海而進行的，在198年國民政府形式上統一中國後，委員長便著手參考建國方略來實行建設，因此重慶在當時，還具有比成都、西安、太原、洛陽更達的現代工業基礎。
從戰略位置上看，重慶，它東麵有長江三峽和大巴山作然屏障，日軍地麵機械化部隊無法進入，海軍也無法上溯三峽；它的山地條件能夠彌補中國製空權上的缺失：日軍若從武漢起飛至重慶，來回直線距離也要二千公裏，當時日本還未展出長程轟炸機，戰鬥機加掛油箱也飛不到。
另外由資源來看，四川擁有四千多萬人口，占當時中國十分之一，也是北起陝甘、西達青藏、南抵雲貴這些還未遭受日軍侵染的區域核心位置，物產與然資源相對豐富。重慶有得獨厚的長江與嘉陵江環繞，可以把整個四川盆地兵源、戰爭物資、軍備，通過水道向重慶彙集，這對當時極度依賴人力運輸的條件，是遠勝華北幾個大城的。
政治上考量，不論是西安或太原，距離紅軍根據地延安太近，臥榻之側豈容他人酣睡？若一麵對日抗戰，背後卻遭紅軍伏擊或分化，將是莫大牽製。而且西南舊軍閥勢力相對北方來得，軍隊掌握度較高。
基於這些主要因素，蔣委員決定未來中國對日作戰的核心就在重慶。國民政府的西遷行動，在197年11月15日秘密布中央政府西遷指令，自上午開始，先搬重要檔案、文件、印信；然後隨行人員6續登船。11月17日國民政府主席林森率領中央官員，攜帶中華民國印信旗幡登上「永綏艦」，正式撤離南京，沿長江而上重慶。
11月日林森到達武漢，脫離日軍威脅範圍後，中央通訊社才公開布國民政府移駐重慶宣言，重慶名義上成為中國戰時都：
自盧溝橋變生以來，平津淪陷，戰事蔓延，國民政府鑒於暴日無止境之侵略，爰決定抗戰自衛，全國民眾敵愾同仇，全體將士忠勇奮，被侵各省，均有劇烈之奮鬥，極壯烈之犧牲。而淞滬一隅，抗戰亙於三月。各地戰士，聞義赴難，朝命夕至。其在前線，以血肉之軀，築成壕塹，有死無退。暴日傾其海6空軍之力，連環攻擊，陣地雖化煨燼，軍心仍如金石。陷陣之勇，死事之烈，實足昭示民族獨立之精神，而奠定中華複興之基礎。邇者暴日更肆貪黷，分兵西進，逼我都。察其用意，無非欲挾其暴力，要我為城下之盟。殊不知我國自決定抗戰自衛之日，即已深知此為最後關頭，為國家生命計，為民族人格計，為國際信義與世界和平計，皆已無屈服之餘地。凡有血氣，無不具寧為玉碎，不為瓦全之決心。國民政府茲為適應戰況，統籌全局，長期抗戰起見，本日移駐重慶。此後將以最廣大之規模，從事更持久之戰鬥，以中華人民之眾，土地之廣，人人本必死之決心，以其熱血與土地，凝結為一，任何暴力不能使之分離，外得國際之同情，內有民眾之團結，繼續抗戰，必能達到維護國家民族生存獨立之目的。特此宣告，惟共勉之!