這份“檢查”直到近一個月後才正式發揮作用。3月2日晚上，孫楊在微博發布一張師徒兩人的合照，並配以文字：“陽光總在風雨後！”兩天後，浙江體院召開新聞發布會，孫楊師徒雙雙現身，兩人在頻繁閃爍的閃光燈中擁抱了對方，隻不過，那個擁抱實在過於應付，而兩人整個亮相的過程，隻有34秒。
4月中旬，孫楊和朱誌根再一次爆發衝突，這一次，甚至動了手。
事情的起因是孫楊的某讚助商的公司代表進入遊泳館打斷了孫楊的訓練，朱誌根責令其離開，兩人發生了口角，朱誌根揮起手中的秒表朝打了過去。此時，泳池中的孫楊選擇了站在讚助商的一方，並對朱誌根進行了言語還擊，惱羞成怒的朱誌根同樣拿秒表帶抽了孫楊，孫楊則以潑水回擊。場麵就這樣一步步地升級，直到有人報警叫來了警察。
但是，時至今日，這次衝突仍然隻能以“傳聞”的身份出現，浙江體院沒有對此給出任何官方的闡述和解釋，直到今年6月，事態進入了幾乎不可挽回的局麵—由於感覺自己在訓練中被教練冷落、受到了不公平的待遇，孫楊正式向浙江體院提出了更換教練的申請，並徹底脫離朱誌根開始單獨訓練。羅雪娟曾經的主管教練、浙江體院副院長張亞東臨時接管了孫楊的訓練。隨後，張亞東帶著孫楊前往香港，在香港體育學院進行了封閉訓練。
積怨
冰凍三尺，非一日之寒，十年的師徒能鬧到如此地步，過往的積怨或許才是重點。
朱誌根是那種傳統的中國家長式教練，認真、不苟言笑，認同“棍棒成才”。有“匿名知情人”爆料稱朱誌根在訓練中經常打罵孫楊。對於記者們打來的詢問電話，朱誌根再一次表現得很直接，“我是打過他，但是打傷沒有，而且我打他都是有原因的。”
2010年春節後，朱誌根帶著孫楊前往澳大利亞開始留洋生活。一天訓練後，大大咧咧的孫楊在大庭廣眾下直接把裹在身上的浴巾拿掉換起褲子，結果被一名外國女運動員看到並找到朱誌根進行了投訴。朱誌根向孫楊了解情況，連續問了兩次“有沒有這件事”，孫楊都表示“絕無此事”。在第二個“絕無此事”話音未落時，朱誌根的巴掌已經落在了孫楊的臉上，當時的孫楊並沒有過多的反抗，但事後，孫楊的母親楊明給浙江院的領導打了電話，痛斥朱誌根不尊重孫楊，嚴重侵害了孫楊的自尊心。
沒過多久的廣州亞運會前夕，孫楊在生活上的不拘小節再一次觸怒了朱誌根。他的宿舍裏有個洗衣機，有天他洗衣服時水流到地板上，不僅泡壞了房間的地板，還泡壞了變壓器。朱誌根知道後生氣地教訓了孫楊一番：“房間怎麼弄成這個樣子，萬一觸電怎麼辦？”這一次，挨了打的孫楊當麵頂撞了朱誌根。
這一幕在去年倫敦奧運會之前再次上演。當時，中國遊泳隊在北京進行最後的備戰，某天，孫楊與一名隊友發生口角並動了手，吵鬧聲驚動了朱誌根。隨後，他來到了兩人的房間，在聽完當事人和旁觀者的敘述後，朱誌根先給了孫楊隊友一巴掌，訓斥其“不懂事”，緊接著又轉身給了孫楊一巴掌，但還沒等他開口訓斥，孫楊便瞪著眼睛朝朱誌根怒吼道：“你憑什麼打我？”在孫楊喋喋不休地挑釁下，朱誌根幾度失控，整個衝突曆經15分鍾。隻是奧運當前，這件事在當時並沒有成為新聞。
青春期不斷增長的自我意識和成名後的膨脹，都使得孫楊個性中衝動、自我、張揚和反叛因素急速擴張，而這時，並沒有人給他正確的指導和疏導。而朱誌根過於嚴厲的訓練方式對於如今90後的年輕人而言，顯然已經不太適用。浙江體院作為主管單位在整個事件中的危機公關能力也被人詬病，學院本身除了粉飾太平並沒有過多地同公眾溝通，而對於孫楊本人的危機公關，更是可以用“沒有”二字完全概括。
“這些事情發生之後，我曾打電話給孫楊，我認為這些事情其實有更好的處理方式，盡管隊裏沒有安排，他也應該自己即時通過微博等渠道，真誠地道歉。”跟隨中國遊泳隊多年的央視專項記者王平如此說道。在整個6月和7月，他一直嚐試通過各種方式和孫楊取得聯係，但孫楊沒有給他任何回應。直到中國遊泳隊登上飛往巴塞羅那的航班時，他終於收到了孫楊的短信：“我們巴塞羅那見。”
待續
“巴塞羅那見”，對於在危機處理上幾乎毫無建樹的孫楊來說，或許這也是他唯一能夠想到且利用的方式—用自己無可比擬的天賦繼續取得勝利，然後用勝利解決一切問題。顯然，在巴塞羅那，他做到了。
男子400米自由泳決賽，輕鬆獲勝的孫楊在走向混合采訪區時看到了在過去兩個月時間內一直苦苦尋覓他的王平，後者說了句“不容易，”這三個字卻勾出了孫楊的眼淚，在抱著王平哭了近一分鍾之後才平複下來接受采訪。
男子800米自由泳決賽，孫楊贏得毫無懸念。他平靜地接受了采訪，卻在領獎台上哭成了淚人。男子4×200米自由泳接力，孫楊的表現幾乎逆天，他在最後一棒遊出的成績竟然本次比賽男子200米自由泳冠軍快了整整一秒。